Лодки типа AM имели, по сравнению с исходными лодками А2, более широкий корпус и, соответственно, большую осадку и водоизмещение. Увеличенный ангар для хранения двух гидросамолетов с внутренним диаметром 3,5 м располагался над прочным корпусом, а боевая рубка (также в виде горизонтального цилиндра) была смещена к правому борту. На них устанавливалась менее мощная и более экономичная дизель-электрическая установка, оснащенная шнорхелем для работы дизелей под водой. Тем не менее использование существенно более громоздкого и тяжелого авиационного оборудования, увеличение запасов авиационного бензина и численности экипажа до 108 человек привели к значительному сокращению числа топливных танков. В результате дальность плавания 16-узловым ходом не превышала 21 000 миль, существенно ухудшились и условия обитаемости экипажа. После всплытия субмарины в надводное положение для подъема в воздух обоих гидросамолетов требовалось не менее 30–35 минут.
К 1-й подводной ударной флотилии был приписан и 631-й авиакорпус, оснащенный самолетами М6А1 Seiran. Уже с осени 1944 года летчики 631-го авиакорпуса (в него были собраны уцелевшие пилоты гидропланов с подводных авианосцев со всего флота, в том числе и знаменгитый Нобуо Фудзита, некогда атаковавший побережье Америки) приступили к освоению нового самолета и комплексным тренировкам. Для ускорения обучения с двух прототипов М6А1 Seiran даже сняли поплавки и установили их на колесное шасси — эта учебная модификация получила обозначение M6A1-Ki Nanzan.
Экипаж подводной лодки 1-400
В горах в северо-западной части острова Хонсю японцы построили макеты, изображавшие панамские шлюзы, на которых пилоты отрабатывали бомбометание. Учебные катапультирования осуществлялись прямо с лодок, стоящих у причала, при этом с них каждый раз приходилось убирать маскировку (стога сена и даже сенокосилки), скрывавшую лодки от бомбардировок американской авиации, которая уже безраздельно господствовала в небе над Японией.
Тренировки крайне осложнялись нехваткой горючего, 1 —я подводная ударная флотилия числилась в резерве, а имеющийся на базе флота в Куре небольшой запас топлива предназначался, прежде всего, для боевых подразделений. Поэтому в середине июня I-400 и 1-401 были отправлены в поход в китайский Дайрен, чтобы получить необходимое горючее и продовольствие. Однако в Японском море 1-401 наткнулась на американскую магнитную мину и получила серьезные повреждения, после чего ей пришлось возвратиться на базу.
К июлю 1945 года 1-я подводная ударная флотилия достигла боевой готовности (потеряв при этом в катастрофах два М6А1 Seiran вместе с экипажами), был утвержден и план удара по Панамскому каналу — флотилия должна была отплыть с Японских островов на юг, пройти через Индийский океан, обогнуть Африку у мыса Доброй Надежды, войти в Атлантический океан, а затем подняться на север к Карибскому морю, чтобы нанести удар по каналу с неожиданной стороны, не из Тихого океана, где американский флот ожидал нападения, а из Атлантического, где японских кораблей не ждали. Шесть из десяти самолетов флотилии должны были атаковать ворота шлюзов торпедами, а четыре — бомбить их с пикирования.
Однако в последний момент Морской генеральный штаб отложил атаку канала, решив использовать 1-ю ударную флотилию в более насущной, с его точки зрения, операции под кодовым названием «Хикари» по уничтожению американских авианосцев, находящихся у атолла Улити. Причем для нанесения авианосцам максимального ущерба летчикам флотилии предписывалось действовать методами камикадзе — все М6А1 Seiran должны были запускаться с лодок без поплавков (посадка не предполагалась) и с заправкой топливом только на путь до цели.
Летчик с I-400 Казуо Такаши вспоминает, что за два дня до выхода с базы командир лодки капитан 1-го ранга Арид-зуми вручил каждому пилоту персонально самурайский меч (короткий меч Токо) с выгравированной на нем подписью командующего Объединенным флотом адмирала Тойеда в знак того, что теперь они становятся отважными пилотами-камикадзе.
Подводная лодка 1-400. Стартовая тележка под самолет М6А Seiran в авиационном ангаре
Для обеспечения операции «Хикари» 3 июля лодки 1-13 и 1-14 были отправлены к атоллу Трук, еще удерживаемому японскими войсками, чтобы доставить туда разобранные разведывательные самолеты C6N1, которые должны были уточнить дислокацию американских авианосцев. Однако 16 июля 1-13 была потоплена самолетами с американского эскортного авианосца Anzio в 500 милях к востоку от Йокосуки.