29 мая в 10.30 утра с борта 1-10 стартовал гидросамолет E14Y1 для разведки побережья Мадагаскара. На следующий день, используя результаты авиаразведкм, к острову направились две японские малые подводные лодки с целью блокирования порта Туамасина. Они атаковали и потопили танкер, а также серьезно повредили английский линейный корабль Ramilles, который пришлось отбуксировать для ремонта в Дурбан. Одна малая подводная лодка с задания не вернулась.
Тем временем 1-я эскадра подводных лодок, в состав которой вошли I-9, 1-15,
1-17, 1-19 и I-26, а также уже упоминавшаяся I-25, взяла курс на Алеутские острова. Задачей E14Y1 являлась разведка прибрежной полосы. Плохая погода усложняла выполнение этой задачи. Однако E14Y1 все же стартовал с палубы I-25 в районе Кадьяка. В ходе разведывательного полета экипажу удалось определить местонахождение крейсера противника и даже атаковать его.
В июне 1942 года 1-я эскадра участвовала в операциях по захвату островов Атту и Киска японскими войсками, после чего возвратилась в Японию.
Прототип японского бортового самолета E14Y1в полете
15 августа 1942 года субмарина I-25 под командованием капитан-лейтенанта Меиджи Тагами с E14YI на борту оставила порт Йокосуку и к началу сентября пришла к Западному побережью США около мыса Бланко штата Орегон. Задачей экипажа E14YI, состоящего из летчика Фуджита и наблюдателя Окуда, был сброс 76-кг зажигательных бомб на лесные области штата Орегон, что должно было вызвать сильные пожары.
В течение четырех дней плохая погода не позволяла выполнить полет. Только 9 сентября небо просветлело, и Фуджита со своим напарником стали готовиться к взлету. Подводная лодка стала против ветра, и катапульта подняла в воздух гидросамолет, который взял курс на мыс Бланко.
Самолет углубился от береговой черты на растояние 11–15 км, где экипаж сбросил бомбы на лесной массив. На обратном пути японские летчики обнаружили два транспортных судна — их пришлось обойти, чтобы избежать обнаружения. После посадки гидросамолет быстро демонтировали, и когда техники заводили его в ангар, над субмариной пролетел патрульный самолет береговой охраны США Lockheed А-29 Hudson.
Подводная лодка немедленно опустилась на 70 м с целью избежать атаки противолодочного самолета. Через некоторое время раздался первый взрыв глубинной бомбы, а чуть позже — еще два. Хотя атака противолодочного самолета не причинила субмарине серьезных повреждений, вызвав лишь незначительное нарушение работы электросистем и временную потерю радиосвязи, Меиджи Тагами решил быть более осторожным и приказал выполнить следующий полет в ночное время.
Такой вылет состоялся в ночь на 29 сентября. На маршруте к цели проблем не возникло, зато при возвращении экипаж с трудом определил местонахождение своей подводной лодки, которая ожидала самолет на удалении 30 миль от побережья. Летчики все же сумели найти свою субмарину, когда в баках оставались последние капли бензина.
Эти две бомбардировки вызвали очень небольшой ущерб, главным образом из-за длительных дождей, прошедших в районах, выбранных для атаки. Однако эти бомбардировки имели историческое значение, поскольку стали единственными во Второй мировой войне, когда на Американский континент вражеским самолетом были сброшены бомбы.
На обратном пути 4 октября субмарина I-25 торпедировала американский танкер Camden, а двумя днями позже пустила на дно и второй — Lam Dohery. Как оказалось, это было последнее судно, потопленное японцами у Тихоокеанского побережья США.
История подводного авианосца 1-25 завершилась 3 сентября 1943 года на дне океана в районе Соломоновых островов — он был потоплен военным кораблем США USS Patterson. Наблюдатель с гидросамолета E14YI, атаковавшего побережье США, погиб в октябре 1944 года в районе Формозы (Тайвань) во время атаки на американский авианосец. Единственным участником атаки на побережье США, пережившим войну, остался летчик Фуджита. Спустя двадцать лет после окончания войны Фуджита вместе с женой переехал в США и поселился в штате Орегон, там, где когда-то японский летчик сбрасывал зажигательные бомбы.
6 июля 1943 года субмарина I-8 с самолетом E14YI на борту вышла из порта Пананг на Суматре и отправилась к берегам Европы. 6 сентября она зашла во французский порт Брест. С борта лодки сгрузили курьерскую почту и некоторые стратегические грузы. В обратную дорогу японцы загрузили различные образцы новой боевой техники, включая ракеты V-1 и РЛС.
С конца 1943 года, после начала активного применения союзниками РЛС, использование для разведки гидросамолетов E14YI потеряло свою актуальность. Подводные лодки не могли себе позволить долго находиться на поверхности без опасности быть обнаруженными противником. В этом же году закончилось серийное производство E14YI — всего было выпущено 138 самолетов.