В следующем году, учитывая пополнение флота подводными лодками среднего тоннажа, лодки XII серии М-104, М-105, М-107 и М-119 отправили в мае, согласно решения ГКО, по железной дороге из Молотовска для усиления Черноморского флота. На Севере осталась только М-171, находившаяся на капитальном ремонте на заводе №402. С этого времени борьба с судоходством противника на ближних коммуникациях велась исключительно торпедными катерами и авиацией.
К началу войны подводные лодки М-31, М-32, М-33, М-34, М-58, М-59, М-60 и М-62 входили в 7-й дивизион, М-35 и М-36 – в 8-й дивизион 2-й БПЛ. После начала боевых действий были форсированы работы на М-111, М-112 и М-113, находившихся в стадии передачи флоту. Уже почти под огнем противника удалось спустить на воду и увести из Николаева М-117, М-118 и М-120. Основным районом действия для черноморских «малюток» стали подходы к Одессе, Николаеву, Констанце и Сулину, где лодкам приходилось действовать на мелководье, преодолевая плотные минные заграждения, как советские, так и германо-румынские. Боевой счет открыла 26 октября 1941 г. М-35 (командир старшин лейтенант М.В.Грешилов), атаковала артиллерией группу судов противника в районе мыса Сфынтул-Георге (мыс Олинька).
| Номер лодки, командир | Дата | Результат деятельности |
| М-35, старший лейтенант М.В.Грешилов | 26.10.1941 | Артиллерийским огнем потоплен самоходный паром SF-25 (140 т) |
| М-31, капитан-лейтенант Е.Г.Расточиль | 17.08.1942 | Потоплен пароход «Дюренштейн» (100 т) |
| М-Зб, капитан-лейтенант В.Н.Комаров | 23.08.1942 | Потоплен теплоход «Анкара* (4768 брт) |
| М-118, капитан-лейтенант С.С.Савин | 01.10.1942 | Потоплен пароход «Зальцбург» |
| М-31, капитан-лейтенант Е.Г.Расточиль | 06.10.1942 | Потоплен буксир «Ольтул» (100 т) |
| М-33, капитан-лейтенант М.В.Грешилов | 21.10.1942 | Потоплен транспорт «Ле Прогресс» (6875 брт) |
| М-111, капитан-лейтенант Я.К.Иосселиани | 27.11.1942 | Потоплена несамоходная баржа |
| М-112, капитан-лейтенант С.Н.Хаханов | 23.04.1943 | Потоплена быстроходная десантная баржа F-127A (220 т) |
| М-117, капитан-лейтенант А.Н.Кесаев | 2106.1943 | Потоплена быстроходная десантная баржа F-139A (220 т) |
| М-111, капитан-лейтенант Я.К.Иосселиани | 18.07.1943 | Потоплен лихтер «Дунареа-1» (505 брт) |
| М-111, капитан-лейтенант Я.К.Иосселиани | 28.08.1943 | Потоплен лихтер «Хайнбург» (300 брт) |
| М-111, капитан-лейтенант Я.К.Иосселиани | 10.10.1943 | Потоплена быстроходная десантная баржа F-474C (220 т) |
| М-112, капитан-лейтенант С.Н.Хаханов | 25.10.1943 | Потоплен лихтер «Тира-5* |
| М-35, капитан-лейтенант М.В.Грешилов | 02.11.1943 | Потоплен лихтер CNR-1293 (1270 брт) |
| М-111, капитан-лейтенант Я.К.Иосселиани | 12.11.1943 | Потоплен пароход «Теодорих» (3814 брт) |
| М-117, капитан-лейтенант А.Н.Кесаев | 15.11.1943 | Потоплена быстроходная десантная баржа F-536C (220 т) |
| М-35, капитан 3 ранга М.В.Грешилов | 22.04.1944 | Потоплен танкер «Оссеаг» (2793 брт) |
| М-111, капитан-лейтенант М.И.Хомяков | 04.05.1944 | Потоплены корабли ПЛО UJ-2313 и UO-2314 |
На следующий день М-35 выпустила торпеды по пароходу «Лола» (4500 брт); к сожалению, торпеда, попавшая в борт, не взорвалась.
Осенью 1941 г. подводные лодки ЧФ перебазировались в порты Поти и Очамчири. Теперь «малюткам» приходилось совершать длительные переходы, часто в тяжелых штормовых условиях. Летом 1942 г. подводные лодки М-31, М-32, М-33, М-111, М-112, М-118 и М-120 использовались для доставки в блокированный Севастополь различных грузов, в том числе – бензина. Один из таких рейсов чуть было не закончился трагедией: 22 июня 1942 г. на борту М-32 (командир – капитан-лейтенант Н.А.Колтыпин) из-за сильной концентрации паров бензина потеряли сознание все члены экипажа, кроме старшины группы мотористов главстаршины Н.К.Пустовойтенко, который спас подводную лодку и экипаж.
В ночь на 2 июля 1942 г. из Севастополя последней ушла М-112 (командир старший лейтенант С.Н.Хаханов). Осенью 1942 г. М-32, получившую тяжелые повреждения после неудачной атаки 14 октября 1942 румынского миноносца «Змеул», по железной дороге отправили из Поти в Баку, затем морем – до Красноводска, и снова по железной дороге в Горький на завод № 112 для аварийно-восстановительного ремонта. Вместе с М-32 в Баку перевезли М-36, М-120, которые планировалось передать на Северный флот.
В кампанию 1943 г. наиболее активно действовали М-35, М-111 и М-112. В частности, М-35 с 16 по 25 апреля вместе с подводными лодками С-33 и Щ-209 участвовали в атаках конвоев противника на линии Одесса – Севастополь.
| Потери подводных лодок XII серии ЧФ | ||
|---|---|---|
| Номер лодки, командир | Дата | Место и причина гибели |
| М-34, капитан-лейтенант Н.И.Голованов | Октябрь— ноябрь 1941 | Пропала без вести у побережья Румынии |
| М-58, капитан-лейтенант Н.В.Елисеев | 18-21.10.1941 | Пропала без вести в районе Констанцы |
| М-59, капитан-лейтенант Г.А.Матвеев | 05.11.1941 | В районе Сулина таранена румынским эсминцем «Реджеле Фердинанд» |
| М-33, капитан-лейтенант Д.И.Суров | 14.11.1941 | Подорвалась на мине в районе Одессы |
| М-60, капитан-лейтенант Б.В.Кудрявцев | 26.09.1942 | Подорвалась на мине в районе Одессы |
| М-118, капитан-лейтенант С.С.Савин | 01.10.1942 | После потопления парохода «Зальцбург» в бухте Жебрияны атакована и потоплена гидросамолетом Аг-196 и румынскими канонерскими лодками «Локонент командор Стихи Эуген» и «Сублоконент Гикулеску Константин» |
| М-31, капитан-лейтенант Е.Г.Расточиль | 17.12.1942 | В бухте Жебрияны потоплена кораблем ПЛО UJ-80 |
| М-36, капитан-лейтенант В.Н.Комаров | 04.01.1944 | Пропала без вести в районе Кобулети во время ходовых испытаний |
В следующем году М-35, М-62 и М-111 действовали на путях эвакуации германских войск из Севастополя. Планируя активные действия подводных лодок у Балканского побережья, ГКО принял решение усилить Черноморский флот малыми подводными лодками. В течение года с Каспийского моря вернулись М-32, М-36 и М-120, из состава Северного флота прибыли М-104, М-105, М-107, М-119, с Дальнего Востока перевезли М-30, М-114, М-115, М-116, но из-за выхода Румынии и Болгарии из войны этим лодкам так и не пришлось принимать участие в боевых действиях на Черном море.