Удар показался командиру мягким, положение корабля не безнадежным. Однако попытка сняться с мели полным задним ходом потерпела неудачу, а через час в носовой кочегарке показалась вода, которая быстро прибывала. Корабль накренился до 10° на левый борт и на волнении сильно бился днищем о грунт. Командир, думая о спасении людей, решил свезти команду на берег. Сообщение с островом установили с помощью двух спасательных лееров. К 15 часам переправу людей успешно завершили.
Об аварии нового броненосца в С.‑Петербурге узнали из телеграммы командира крейсера «Адмирал Нахимов», который на переходе из Кронштадта в Ревель заметил сигналы бедствия, подаваемые «Апраксиным». Немедленно из Кронштадта к месту аварии вышел броненосец «Полтава» с пластырями и аварийными материалами. К спасению «Апраксина» привлекли ледокол «Ермак», пароход «Могучий», два спасательных судна частного Ревельского спасательного общества и водолазов Кронштадтской школы.
Руководителем спасательных работ был назначен контр‑адмирал Ф. И. Амосов, который прибыл к месту аварии 15 ноября. Он нашел положение «крайне опасным» и зависящим от погоды. Борьбу со льдами мог обеспечить «Ермак», а вот телеграф для поддержания связи с С.‑Петербургом имелся только в Котке, что затрудняло руководство работами.
Проблему организации связи решили с помощью недавно изобретенного радио. На островах Гогланд и Кутсало у Котки соорудили мачты для установки антенн.
К этому времени выяснилось, что «Апраксин» буквально «влез в груду каменьев». Вершина огромного камня и 8‑тонный гранитный валун застряли в корпусе броненосца, образовав левее вертикального киля в районе 12–23 шпангоутов пробоину площадью около 27 м2, и через нее водой заполнились носовые отсеки до броневой палубы. Три других камня произвели меньшие по размерам разрушения днища. Всего корабль принял более 700 т воды, которую нельзя было откачать без заделки пробоин. Застрявшие в днище камни мешали сдвинуть «Апраксин» с места.
Было решено удалить верхнюю часть большого камня с помощью взрывов, разгрузить корабль, по возможности заделать пробоины, откачать воду и, используя понтоны, стащить броненосец с мели.
Затянувшаяся до ледостава борьба с камнями при неудаче попыток сдвинуть броненосец с места буксирами 27 декабря привела морского министра к решению отложить снятие его с мели до весны будущего года. Ф. И. Амосов с «Полтавой» и большинством экипажа аварийного корабля отозвали в Кронштадт. Для обеспечения работ были оставлены 36 матросов во главе с боцманом И. Сафоновым. Опасности разрушения «Апраксина» нагромождением льдов удалось избежать с помощью «Ермака» и укреплением ледяных полей вокруг броненосца.
К началу апреля 1900 г. в условиях сравнительно суровой зимы удалось расправиться с камнями, временно заделать часть пробоин и разгрузить броненосец примерно на 500 т. 8 апреля «Ермак» предпринял неудачную попытку стащить корабль. Через три дня попытку повторили, затопив кормовые отделения «Апраксина» и помогая «Ермаку» паровыми и береговыми ручными шпилями. Броненосец наконец тронулся с места и к вечеру с введенными в действие собственными машинами отошел на 12 м назад от каменной гряды.
13 апреля по проложенному «Ермаком» каналу он перешел в гавань у Гогланда, а 22 апреля благополучно ошвартовался в Аспэ, у Котки. В корпусе броненосца оставалось до 300 т воды, которую непрерывно откачивали насосами. 6 мая «Генерал‑адмирал Апраксин» в сопровождении крейсера «Азия» и двух спасательных судов прибыл в Кронштадт, где вскоре был поставлен на ремонт в док. Ремонт поврежденного броненосца, оконченный в 1901 г., обошелся казне более чем в 175 тыс. руб., не считая стоимости спасательных работ.
Крейсер «Богатырь» во время Русско‑японской войны 1904–1905 гг. входил во Владивостокский отряд крейсеров. Утром 2 мая 1904 г. командир отряда контр‑адмирал К. П. Иессен вышел на «Богатыре» (капитан 1‑го ранга А. Ф. Стемман) для того, чтобы лично ознакомиться с условиями морской обороны Посьетского района. С утра стоял настолько густой туман, что крейсер проходя через боны, чуть не попал на один из них. В проливе Босфор Восточный пришлось из‑за тумана стать на якорь, и было даже решено возвратиться на рейд, если туман не разойдется к 10 часам. Но начало рассеиваться, и несмотря на протесты командира крейсера, адмирал решил идти дальше. После выхода в Амурский залив видимость значительно улучшилась, стали ясно видны отдельные острова, и горизонт очистился.