Проложив курс на остров Сибирякова, корабль направился в море, идя посередине Амурского залива с 15‑узловой скоростью. Однако туман снова сгустился. Пришлось снова уменьшить ход до 10 узлов, несмотря на протесты командира, который считал, что ход надо уменьшить до 7 узлов.
Время подошло к 11.30. По традиции царского флота в воскресные дни (2 мая было воскресенье) адмирал и командир корабля обедали в общей офицерской кают‑кампании. Они спустились с мостика в кают‑кампанию. На мостике остались старший штурман и вахтенный начальник.
Туман тем временем сгустился. Крейсер продолжал идти с 10‑узловой скоростью по счислению. Имея приказание К. П. Иессена изменить курс влево, не доходя на 3 мили до острова Антипенко, старший штурман в расчетное время (12.30) спустился в кают‑кампанию, чтобы испросить разрешение на начало поворота. Получив соответствующее приказание, он только лишь успел добежать до мостика и начать поворот влево, как перед носом корабля из тумана выросли высокие обрывы скалистого берега. Был дан «полный назад», но это уже не могло предотвратить катастрофу – крейсер, ударившись тараном о камни, всей своей носовой частью сел на прибрежные скалы. В момент удара туман был настолько густ, что с половины длины крейсера береговые, находившиеся вплотную у носа утесы вырисовывались сквозь туман в виде силуэта. В первый момент на крейсере считали, что это не мыс Брюса, а остров Антипенко. После посадки туман значительно поредел, а затем почти полностью рассеялся.
Крейсер плотно сидел на камнях, поднявшись носом почти на 2 метра. Разломленный по стыку форштевень был резко свернут влево и открыл зияющую пробоину в таранное отделение. Носовые отсеки начали заполняться водой, но плотно сидевшему крейсеру не угрожала пока непосредственная опасность гибели.
Однако и попытки сойти с камней задним ходом не увенчались успехом. Начали перегрузку угля из носовых угольных ям в корму.
К месту аварии «Богатыря» подошли крейсер «Россия» и ледокол «Надежный». Утром 16 мая ветер от зюйд‑вестовых румбов, от которых крейсер не был прикрыт островами, начал постепенно свежеть и развел волну. Несмотря на усиливающийся ветер, весь день ледокол «Надежный» делал попытки стащить крейсер с камней. Но они были бесполезны, «Богатырь» продолжал стоять на месте. Крейсер «Россия» не пытался стащить аварийный корабль, так как под вечер еще более засвежело. В 20 часов ветер дул с силой 7–8 баллов, а к 23 часам превратился в жестокий 10‑балльный шторм.
Стоя лагом к ветру, «Богатырь» при каждом размахе получал разрушительные удары о подводные камни. Один за другим от новых и новых повреждений корпуса заполнялись водонепроницаемые отсеки. Положение становилось критическим.
При помощи единственной, спущенной с подветренного борта шлюпки – гребного катера (остальные шлюпки спустить было нельзя вследствие шторма и размахов качки, достигавших 22°) начали своз с корабля экипажа. Всю ночь перевозили команду на берег, используя относительное затишье, образовавшееся с подветренного правого борта крейсера и защищенное непосредственно тянувшимся от носа и далее к юго‑западу утесистым мысом Брюса. В 6 часов утра крейсер последними покинули командир и командующий отрядом. Крейсер остался безлюдным, продолжая испытывать жестокие удары корпуса о камни.
К полудню 17 мая стало стихать. На следующий день на аварийный корабль возвратилась часть экипажа. К этому времени четыре (из девяти) водонепроницаемых отсека крейсера были полны водой и корабль ветром и волнами несколько развернуло на камнях носом влево. Нос, сначала поднятый на два метра вверх, с части камней уже соскочил. Ощутительный дифферент на корму сменился приблизительно таким же, но на нос. При опускании носовой части в подводные пробоины проникли вершины подводных скал. Они прочно удерживали корабль от стаскивания при последующих попытках буксировки.
Было ясно, что самый новый и самый быстроходный крейсер Владивостокского отряда выведен из строя надолго, если не навсегда. «Богатырь» усиленно разгружали, снимали с него носовую артиллерию, якорные цепи, уголь и все прочее, что могло облегчить крейсер. 5 июня крейсер был снят с камней и отбуксирован во Владивосток, где встал в док. Ремонт корабля продолжался до конца войны. Авария «Богатыря» привела к значительному удлинению и без того затянувшегося периода бездействия Владивостокского отряда.