Однако Деницу ответ, полученный из Службы связи, показался неубедительным. 17 июня 1940 года он опять позвонил туда и сообщил о подозрительном маневре английского морского каравана. Дениц полагал, что внезапное изменение курса каравана было вызвано информацией, которую англичане получили, прочитав немецкие шифровки с помощью документов, найденных на «U-13». В Службе связи снова заверили Деница, что это невозможно. Даже если команда «U-13» не успела уничтожить «Энигму» и секретные документы к ней, англичанам пришлось бы определить преобразование, которому были подвергнуты содержащиеся в этих документах ключевые установки (например, проанализировав ключевые установки «Энигмы», находившейся на борту «U-13»), И наконец, использовать полученную информацию для чтения немецких шифровок, имевших отношение к английскому морскому каравану. Вывод, к которому пришли криптографы из Службы связи, был однозначен: «Выполнение любого из этих условий, и особенно выполнение всех их одновременно, в наивысшей степени маловероятно».
Служба наблюдения, дешифровальный центр немецких военно-морских сил, который летом 1940 года читал шифрованную переписку английского флота, не отметил никаких изменений в процедуре обмена сообщениями у англичан. В Службе наблюдения сочли это признаком того, что англичанам не удалось взломать военно-морскую «Энигму». Тем не менее 12 июня немцы предприняли попытку уничтожить затонувшую подводную лодку «U-13». Несколько немецких самолетов сбросили бомбы в месте ее затопления, а пилоты, выполнив задание, доложили, что место было отмечено буями, которые вряд ли были бы поставлены, если бы англичане успели поднять и отбуксировать «U-13».
Впервые с начала войны немцы усомнились в надежности своей «Энигмы». Еще в феврале 1940 года, после захвата англичанами подводной лодки «U-33», капитан Людвиг Стаммель из Службы связи проанализировал методы обеспечения безопасности связи на флоте и гордо заявил, что благодаря «Энигме» «они лучше любого другого метода, в том числе и используемого противником».
Озабоченность у немцев вызвал не только факт затопления врагом подводной лодки. Еще больше они были обеспокоены пропажей «С-26» у берегов Норвегии — ведь секретные документы к «Энигме», находившиеся на борту надводного корабля, было значительно проще захватить в качестве трофея, чем на подводной лодке. В мае 1940 года Служба наблюдения проанализировала содержание всех немецких шифровок, посланных 26 апреля, — в день, когда исчез «С-26». В одной из них сообщалось время прибытия «С-26» к месту назначения. Однако гипотеза о том, что благодаря именно этой шифровке англичане смогли обнаружить «С-26», не подтвердилась, поскольку выяснилось, что эта шифровка была отправлена спустя час после того, как английский эсминец «Грифон» засек немецкое судно. В итоговом отчете, подготовленном Службой наблюдения 21 мая 1940 года, говорилось, что команда «С-26» была должным образом проинструктирована о необходимости уничтожить секретные документы, имевшие отношение к находившейся на его борту «Энигме». По мнению составителей отчета, поскольку на «С-26» не было документов с ключевыми установками для «Энигмы» за июнь 1940 года, можно было не опасаться, что англичанам удастся прочесть немецкие шифровки, датированные этим месяцем.
В мае 1940 года войска Германии вторглись на территорию Франции. Два дня спустя польские криптоаналитики, которые после разгрома Польши в сентябре 1939 года бежали во Францию и начиная с октября трудились в дешифровальном центре в Арменвильере, были спешно привезены во французскую столицу — в здание штаб-квартиры Второго бюро на улице Турвийя. Наибольший интерес для французов представляли шифровки люфтваффе, имевшие отношение к боевым действиям во Франции. Примерно через неделю полякам удалось наладить чтение этих шифровок. Работа велась день и ночь. В здании круглосуточно дежурили французские офицеры, которые сразу же забирали дешифрованные немецкие сообщения, чтобы без промедления доставить их в Генеральный штаб. Поляки воспользовались двумя ошибками, допущенными немецкими операторами «Энигмы» в люфтваффе. Во-первых, польские криптоаналитики с успехом применили на практике «подсказку Херивела». А во-вторых, взломав код, который немцы использовали для засекречивания своих сводок погоды, заметили, что суточный ключ к нему всегда совпадал с соединениями на коммутаторной панели «Энигмы», используемой в люфтваффе. Поэтому, вычислив ключ к «погодному» коду, можно было установить и эти соединения.