Весь 1846 год Уоллес обсуждал перспективы поездки со своим другом, молодым энтомологом Генри Бейтсом.
Сходив в Британский музей в отдел насекомых, Уоллес признался Бейтсу, что был ошеломлен количеством бабочек и жуков, которых ему удалось осмотреть. «Мне следует выбрать какое-нибудь одно семейство для тщательного изучения, в основном с точки зрения теории о происхождении видов.
Я убежден, что таким образом можно получить определенные результаты».
С направлением друзья определились в этом же году, после публикации «Путешествия вверх по Амазонке» американского энтомолога Уильяма Генри Эдвардса. Книга открывалась дразнящим вступлением: «Это страна покажется действительно многообещающей тем, кто любит чудесное… здесь могущественнейшие из рек величественно катят свои воды сквозь безгранично простирающиеся леса, скрывающие в себе, но дающие жизнь самым разнообразным формам существования животных и растений. Здесь перуанское золото манит, а амазонские женщины отвращают беспринципных искателей приключений, а христианские миссионеры и неудачливые торговцы становятся жертвами индейцев-каннибалов и ненасытных анаконд».
Бейтс и Уоллес должны были отплыть из бразильского портового города Пара и дальше продолжить путь по Амазонке, периодически посылая образцы обратно в Лондон. Их агент, Самюэль Стивенс, должен был финансировать их продвижение, продавая лишние чучела и насекомых в музеи и коллекционерам. За неделю до отбытия в северную Бразилию Уоллес приехал в поместье к Бейтсу, чтобы обучиться стрельбе по птицам и препарированию их тушек.
20 апреля, 1848 Уоллес и Бейтс взошли на борт судна «Мисчиф», чтобы отправиться в двадцатидевятидневное плавание в Пару. Большую часть путешествия Уоллес провел в своей каюте, страдая от морской болезни. Из Пары они отправились в самое сердце Амазонки, по пути ловя бабочек и преодолевая многочисленные пороги на грубых каноэ. Друзья ели аллигаторов, обезьян, черепах и муравьев, пили свежевыжатый ананасовый сок. В письме Стивенсу Уоллес упоминает, что им постоянно угрожали ягуары, летучие мыши-вампиры и смертоносные змеи: «На каждом шагу я ожидал ощутить под ногой прикосновение холодного скользкого тела, или ядовитые зубы, вонзившиеся в лодыжку».
Спустя два года, пройдя вместе несколько тысяч миль, Уоллес и Бейтс решают расстаться: пока каждый из них не начал собирать что-то уникальное, по сути, они были конкурентами друг другу. Уоллес собирался отправиться вверх по Рио-Негро, тогда как Бейтс устремился к Андам. Время от времени Уоллес отправлял вниз по течению коробки с образцами, надеясь, что посредники сумеют переправить их в Лондон.
В 1851 году желтая лихорадка вычеркнула из жизни Уоллеса несколько месяцев. С большим трудом он готовил себе дозы хинина и разводил в воде винный камень. «Пребывая в этом апатическом состоянии, – писал он – я постоянно то ли бредил, то ли размышлял о своей прошлой жизни и надеждах на будущее, что все они, возможно, пойдут прахом тут, в Рио-Негро». В 1852 он решил уехать с Амазонки на год раньше.
Он нагрузил каноэ, на котором собирался отправиться в Пару, ящиками, в которые были уложены тщательно выделанные образцы и клетками, собранными вручную, где находилось тридцать четыре животных: обезьяны, попугаи всех сортов и размеров, туканы и редкий вид фазана – черная лофура. На остановках в пути, Уоллес узнал, что многие из его посылок были задержаны таможней по подозрению в контрабанде. Чтобы их выкупить, он заплатил небольшое состояние, – и погрузился на «Хелен», которая должна была отправиться в плаванье 12-го июля. С момента его прибытия в Бразилию прошло четыре года.
И вот теперь десяток тысяч птичьих тушек, яйца, растения, рыбы и жуки, которых с лихвой бы хватило, чтобы получить признание как крупнейшему натуралисту и посвятить остаток жизни исследованиям, жарились в брюхе «Хелен», в тысяче километров к востоку от Бермуд. Все еще оставалась надежда, что пламя угаснет, поскольку команда капитана Тернера сбросила весь груз и вырубила палубный настил, отчаянно пытаясь найти шипящий очаг возгорания среди удушливых языков дыма. Внизу, в каютах, дым был настолько плотным, что моряки могли лишь пару раз взмахнуть топором перед тем, как выбежать, задыхаясь, обратно на свежий воздух.
Наконец капитан отдал приказ покинуть корабль, и команда спустила вниз толстые плетеные канаты, пришвартовывавшие дырявые шлюпки к «Хелен». Уоллес словно очнулся и метнулся в каюту, «жаркую до удушья и полную дыма» в поисках того, что еще можно было спасти. Он схватил часы и несколько рисунков с изображениями разных рыб и пальм. Натуралист чувствовал «какое-то безразличие», возможно, вызванное шоком и истощением, и не взял свои журналы, заполненные наблюдениями, ради которых столько раз рисковал своей жизнью. Все чучела птиц, все растения, насекомые и остальные образцы, оказавшиеся в ловушке в грузовом отсеке, пропали безвозвратно.