31 марта командующий флотилией контр-адмирал Холостяков приказал:
1. К 3 апреля штабу и береговым базам 2-й бригады речных кораблей перебазироваться в город Комарно, а штабу и базам 1-й бригады речных кораблей — в город Несмей.
2. Командиру отряда десантных судов сосредоточить в Новисаде самоходную десантную баржу №21, десантные боты №51, 52, 53 и 54, а также получить от 213-го отдельного зенитного артиллерийского дивизиона два вооруженных 40-мм орудиями бота и подготовиться к переходу в Комарно.
3. Командиру Измаильской военно-морской базы прибывший 143-й отдельный батальон морской пехоты направить железнодорожным эшелоном в Комарно в распоряжение командира Берегового отряда сопровождения флотилии.
Корабли противника— мониторы «Сегед», «Шопрон», несколько быстроходных десантных барж и свыше десяти сторожевых и патрульных катеров — сосредоточились к 31 марта в районе города Вена. Однако в бой с нашими кораблями они не вступали.
1 апреля на левом берегу Дуная противник, преследуемый 19-й и 25-й гвардейскими стрелковыми дивизиями 23-го стрелкового корпуса 7-й гвардейской армии, с боями отходил в направлении на Братиславу. На правом берегу реки части 10-го стрелкового корпуса 46-й армии 2-го Украинского фронта продолжали развивать наступление. Авиация противника активности не проявляла. Одиночные неприятельские самолеты вели систематическую разведку.
Наша фронтовая авиационная разведка обнаружила в районе Братиславы (у пристаней) до 60 судов противника; в районе Братиславы и Вены — до 180 судов; в районе Вены у пристани — до 100 различных судов.
Контр-адмирал Холостяков приказал бронекатера 1-й бригады речных кораблей вывести из подчинения командира 2-й бригады речных кораблей и сосредоточить в районе Тенью для содействия частям армии.
16-й, 144-й и 305-й батальоны 83-й бригады морской пехоты сосредоточились к 1 апреля в Комарно. А в 6 км выше, на переправе частей 23-го стрелкового корпуса через Дунай работали бронекатера №№ 111, 232, 233, 234, 242 и 244. В охранении переправы на 1781 км реки находились бронекатера №№ 5 и 243 и минные катера №№ 18, 20 и 21.
В 9 ч. 30 мин. 1 апреля в город Бая по каналу Короля Петра I прибыли бронекатера №№ 32, 33, 75, 121, 215, 314, 331, 412 и 432 для проведения размагничивания.
3 апреля войска 2-го Украинского фронта на левом берегу Дуная завязали бои за город Братислава. Основной удар наносили части 23-го стрелкового корпуса 7-й гвардейской армии. На правом берегу Дуная части 10-го стрелкового корпуса 46-й армии, наступавшие на пригород Братиславы Петржалка, были задержаны противником в районе населенного пункта Киттзее.
В целях содействия нашим войскам в овладении городом Братислава командующий Дунайской флотилией приказал:
1. Командиру 2-й Сулинской бригады речных кораблей сосредоточить корабли бригады в районе Братиславы, установить контакт с 23-м стрелковым корпусом и оказать ему поддержку в боях за Братиславу.
2. Командиру Берегового отряда сопровождения флотилии поддержать 10-й стрелковый корпус 46-й армии артиллерийским огнем, заняв для этого огневые позиции в районе Карльсбург на правом берегу Дуная.
К исходу дня 3 апреля в районе Карльсбург сосредоточились бронекатера №№ 3, 5, 232, 233, 234, 242 и 243 и минные катера №№ 17, 18, 20, 21, 23, 24 и 29.
В 10 ч. 30 мин. 3 апреля на 1798 км Дуная во время перехода из Комарно к Братиславе бронекатер № 244 подорвался на мине, перевернулся и затонул. Погибли четыре и ранены десять человек.
4 апреля войска 2-го Украинского фронта штурмом овладели городом Братислава — столицей Словакии, важным промышленным центром, крупным узлом путей сообщения и мощным опорным пунктом обороны немцев на Дунае.
Бронекатера №№ 5, 232, 233, 234, 242 и 243 с огневых позиций из района 1860 км Дуная и минные катера №№ 18, 20, 21, 23, 24 и 29 с огневых позиций из района 1863 км реки в течение ночи 4 апреля артиллерийским огнем поддерживали наступление частей 23-го стрелкового корпуса на Братиславу. Одновременно части 10-го стрелкового корпуса 46-й армии развивали наступление на правом берегу Дуная при артиллерийском содействии Берегового отряда сопровождения флотилии. Противник вел ответный артиллерийский огонь по батареям Берегового отряда сопровождения, выпустив в течение дня 120 снарядов калибра 105 мм, однако существенного урона не причинил (был ранен один матрос).