Ранний период его деятельности на этом посту тоже остался малоизученным. Можем предположить, что это была защита приграничных земель Речи Посполитой и Запорожской Сечи от ногайских, крымских и белгородских татар, которые еще с конца ХІУ века терзали приграничные земли польско-литовской державы своими набегами.
Большее количество данных дошло до нас о так называемом периоде морских походов гетмана Сагайдачного. Под его командованием запорожские казаки неоднократно совершали морские походы на Крым и юго-восточное побережье Черного моря, выступая из Запорожья довольно многочисленными флотилиями. В такие казачьи флотилии входили десятки, а иной раз и сотни челнов, прозванных чайками. Эти быстроходные кораблики, каждый из которых нес 50-70 человек, был хорошо вооружен, и даже имел артиллерию небольших калибров, во времена Сагайдачного стали довольно весомой силой на Черном море. Империя Османов, которая к тому времени привыкла доминировать в этих водах, должна была не только считаться с казаками, но и жестоко страдала от их набегов.
Первостепенным направлением казацких морских операций было побережье Турции, а также оккупированные османами Балканы. В 1606 году казаки Сагайдачного захватили турецкую крепость Варну, которая до того считалась неприступной. В ходе операции под Варной, помимо других трофеев, казаками было захвачено несколько турецких галер с продовольствием, товарами и экипажами. Во время этого похода Петр Сагайдачный заставил говорить о себе как во дворце императора Высокой Порты, так и при дворах многих европейских правителей. Разъяренный наглостью запорожских казаков султан, который считал себя властелином половины мира, приказал после нападения на Варну провести целый ряд мероприятий, направленных на обеспечение безопасности империи от нападений гетмана Сагайдачного. В число этих мероприятий входило строительство целого ряда крепостей, предназначенных сдерживать запорожских казаков. Дошло даже до того, что турки перегородили Днепр около острова Тавани (немного выше входа в Днепровско-Бугский лиман) железными цепями, блокируя казакам выход в море. Однако даже такие препятствия не могли остановить лихих «гуляний морем», которые учащались с каждым годом. Уже в 1607 году запорожцы с Сагайдачным провели большой поход на Крымское ханство, захватили и дотла сожгли города Перекоп и Очаков. В следующем 1608-м и в начале 1609 года Сагайдачный опять осуществил морской поход, имея под своим командованием несколько десятков чаек. Казаки вошли в устье Дуная и атаковали Килию, Белгород и Измаил. Временем героических походов назвали историки и очень успешные для запорожцев морские походы 1612-1614 годов. Под овеянным славой штандартом Сагайдачного казацкий флот нанес немало ощутимых ударов могучей армаде турецкого капудан-паши.[2] Иногда из Сечи выходило свыше трехсот чаек, в которых размещалось до 20 тысяч казаков — колоссальное для того времени количество. В 1614 году казаки взяли штурмом Синоп, а также могучую, с мощными укреплениями, турецкую крепость Кафу (ныне Феодосия), в которой находился один из крупнейших центров работорговли того времени. Четырнадцатитысячный гарнизон Кафы пал почти в полном составе. Слава Сагайдачного, как талантливого и весьма удачливого полководца, гремела далеко за пределами Запорожской Сечи.
Наиболее ярким эпизодом жизни великого гетмана по праву считается Хотинская битва. Осенью 1621 года юный султан Осман II, одержимый идеей взять под протекторат Речь Посполитую, присоединив ее к своим и без того безграничным владениям, двинул через Балканы и Валахию к Днестру огромную по тем временам армию. По разным оценкам, ее численность составляла от двухсот тысяч воинов до полумиллиона. Варшава, только год назад потерпевшая сильнейшее поражение от тех же турков в Молдавии под Цецорой, не смогла организовать достойный отпор Осману. После долгих дебатов в сейме, лихорадочного поиска денег на армию и оглашения королем Сигизмундом III посполитого рушения (шляхетного народного ополчения), неоспоримым фактом стало то, что силы сторон явно не равны. И слабой стороной выступала именно Речь Посполитая.