Небольшие шаги вперед, пусть и без четкого плана, привели к значительному прогрессу – особенно изменилась эргономика игры, намного превзойдя первую версию. Пример – долгожданное появление отсеков для хранения и сортировки предметов в сумке, а также новый инструмент Покегир, объединивший в себе несколько функций: радиопроигрыватель музыки, дающей бонусы (невозможность встреч с дикими покемонами, пробуждение спящего Снорлакса и другие) и телефон для приема звонков от важных персонажей или тренеров, с которыми теперь можно было повторить бой. На экране начало отображаться количество опыта, нужного покемону для повышения уровня, и появились новые покеболы. Многие события также стали связаны со временем, днями недели и периодами – к примеру, некоторые ягоды нужно было собирать каждый день. Помимо символов Хо-оха и Лугии, соответственно изображенных на обложках Gold и Silver, были введены и другие легендарные покемоны, появившиеся в мультсериале и фильмах. Редкие виды, такие как Энтей, Суикун и Райкоу, нужно было пытаться поймать в высокой траве. Функционал Mystery Gift побудил игроков сближаться даже без обмена покемонами: при соединении двух Game Boy Color через инфракрасный порт каждый получал по случайному предмету. И наконец, сюрприз от шеф-повара: игроку предстояло искать не восемь, а шестнадцать значков. Завершение основного приключения открывало доступ к обновленной версии региона Канто из первых игр, где игру продлевали сражения со старыми чемпионами арены.
Масуду также осенили идеи о том, как развить механику геймплея и ублажить публику, мечтающую о более глубокой стратегической игре. Среди первых нововведений было добавление двух новых типов, стального и темного, а также «специальных показателей» – специальной атаки и специальной защиты – для большей ясности и разнообразия. Также появились крайне редкие блестящие покемоны разных цветов (шанс столкнуться с ними был всего 1 к 8192), Pokérus (полезный заразный вирус, на время упрощающий прокачку скрытых показателей) и система размножения на ранчо (теперь у покемонов мог быть мужской или женский пол). Улучшились принципы скрытых показателей, а еще покемоны научились носить с собой предметы. Game Freak удалось найти новый подход к своему творению благодаря этим нововведениям, не затронувшим ни суть игры, ни большинство принятых правил. Pokémon Gold и Silver во всех отношениях превосходят предшественников и предлагают более связный контент с десятками дополнительных часов геймплея, способными занять игроков после прохождения. Этот «десерт на дорожку», радующий преданных фанатов и не мешающий тем, кто не претендует на завершение своего Покедекса, стал одним из ключей к успеху будущих игр Pokémon.
Впервые анонсированные в июне 1999 года, Gold и Silver наконец вышли в Японии 21 ноября после активного промоушена. В июле вышел второй фильм о легендарном покемоне Лугии, чтобы представить публике карманных монстров следующего поколения. Также была издана серия карт по мотивам нового бестиария с сотней новых существ. Game Freak вновь, на сей раз умышленно, спрятала в игре секретного покемона Селеби, доступного только через официальные дистрибутивы в Японии (что обеспечило им огромный успех). И наконец, релиз сопроводила новая версия электронной игрушки Пикачу, дающая различные награды. Совместимость игры с недавно выпущенным принтером Game Boy тоже помогла в продвижении аксессуара. Nintendo с головой погрузилась в кросс-функциональный маркетинг.
Gold и Silver продались тиражом более шести миллионов копий в Японии за шесть месяцев, несмотря на связанные с климатической катастрофой трудности с поставками. Долгожданная игра выпускалась с тем же устройством для связи по всему миру. Всего было продано 23 миллиона картриджей. Перезапуск Red, Green, Blue и Yellow со временем принес 45 миллионов продаж по всему миру.
Подготовка к будущему и появление The Pokémon Company
2000 год выдался более спокойным для Pokémon в Японии. Game Freak работала над Pokémon Crystal, третьей дополненной версией игр второго поколения, продавшейся тиражом более шести миллионов картриджей. Это совместимое только с Game Boy Color издание впервые позволяло выбрать пол главного героя в начале и играть за девочку. Как и в случае с Yellow, нововведений было не так много, – лишь пара слегка измененных локаций и сюжетных моментов. Самые большие изменения – добавление Боевой башни для поединков с тренерами на турнирах, как в Pokémon Stadium, а также совместимость японских версий с новым мобильным адаптером Game Boy для онлайн-сражений и обмена покемонами посредством подключения консоли к телефону. Будучи любителем гаджетов и мобильной техники, Исихара регулярно подталкивал команду Game Freak к экспериментам с подобными аксессуарами. Во многом именно это позволило Pokémon быстро стать одной из самых взаимосвязанных франшиз в империи Nintendo. 14 декабря 2000 года, одновременно с выходом Crystal в Японии, HAL Laboratory представила третью часть Pokémon Stadium для Nintendo 64, совместимую с новым поколением. Версия получилась удачной и полной мини-игр: было продано более 2,5 миллиона копий, несмотря на поздний выпуск для уже стареющей Nintendo 64.