Игровая система, в свою очередь, представила множество изменений. Появились двойные битвы (доступные для четырех тренеров при подключении через кабель), а также конкурсы покемонов и секретные базы, которые впоследствии приобрели большую глубину. Разведение покемонов начало превращаться в настоящую науку, без знания которой было невозможно блистать на соревнованиях. Появилось более сотни новых способностей. Покемоны также приобрели «характеры» – черты, влияющие на их показатели, – и получили по специальной способности (названной «талантом» в последних версиях), которая могла сыграть важную роль в бою. Была переработана и система скрытых показателей. Погода стала решающим элементом в битве, а еще появился первый покемон с разными формами, Деоксис. Наконец, эта игра совместима с e-Reader, – устройством для Game Boy Advance, читающим штрихкоды на специальных карточках, а также коллекционных картах Pokémon, которые прикладывались к продаваемым картриджам. К сожалению, их действие в игре ограничивается лишь сражениями с новыми тренерами.
Конец разработки Ruby и Sapphire ознаменовало личное событие: рождение дочери Дзюнъити Масуды. В своем блоге он рассказал, что ему пришлось руководить окончанием работы из роддома, где он отвечал по телефону на вопросы и звонки из студии. Когда игра вступила в фазу отладки и перевода, Масуда включил в нее нового персонажа с именем своей дочери, чтобы воздать ей честь. Все игры серии полны подобных отсылок, и разработчики даже сами появляются в них в качестве тренеров. Сотрудников Game Freak можно встретить в каждой важной части франшизы.
После разработки, о которой публике сообщали крайне мало, версии Ruby и Sapphire представили 14 июля, на следующий день после выхода фильма с участием Латиоса и Латиас. Выход игры в Японии был запланирован на 21 ноября 2002 года, и в кои-то веки обошлось без задержек: а значит, производство игр Pokémon наконец усовершенствовали, обеспечивая оптимизированную разработку трансмедийных продуктов. Изначально Nintendo of America тоже надеялась выпустить игру в 2002 году, чтобы продать как можно больше экземпляров к Рождеству. В итоге она вышла в США через четыре месяца после релиза в Японии, 19 марта 2003, а затем 25 июля – в Европе. Призванные сдвинуть с мертвой точки продажи Game Boy Advance, Ruby и Sapphire получили одну из самых быстрых локализаций в истории Pokémon (до введения одновременных мировых релизов с приходом Pokémon X и Y).
Оба картриджа продались тиражом более 16 миллионов копий по всему миру. Пусть цифра и уступает 23 миллионам Gold и Silver, игра стала главным бестселлером в истории Game Boy Advance, хотя пользовательская база консоли была в разы меньше, чем в свое время у Game Boy (если посчитать все модели, GBA продалась тиражом в 80 миллионов единиц, а Game Boy – 120). Именно достигнув рубежа в 15 миллионов продаж основной игры (без учета третьей версии и ремейков), франшиза наконец стабилизировалась.
Приключение с GameCube
В 2003 году без особой шумихи появились неизбежные спин-оффы Ruby и Sapphire. На GameCube можно было играть в разработанную Creatures Pokémon Box, позволяющую управлять своей коллекцией покемонов на телевизоре, а также Pokémon Channel, симулятор жизни от Ambrella. Летом для Game Boy Advance была выпущена Pokémon Pinball Ruby & Sapphire от Jupiter. 21 ноября 2003 года GameCube приветствовала видеоигру, о которой давно мечтали фанаты: Pokémon Colosseum. Это первая ролевая игра Pokémon в 3D, к тому же выпущенная на самой мощной консоли тех времен. Возможно, что ранее было начато несколько подобных проектов, но анонсов не поступало, так что ныне это лишь непроверенные слухи. Однако в то время Game Freak не могла справиться с таким объемом работы и оставалась убежденной, что успех Pokémon во многом зависел от портативного формата и что игру нельзя адаптировать для домашней приставки без искажения ее сущности. К тому же студия была очень привязана к формату 2D.