Поэтому новая небольшая студия Genius Sonority, созданная The Pokémon Company совместно с президентом Nintendo Хироси Ямаути на собственные средства, подхватила разработку игры в конце 2001 года. В студию вошли ветераны Creatures и студии Heartbeat, недавно выпустившей Dragon Quest VII и ремейк Dragon Quest IV для PlayStation. Основал и возглавил студию Манабу Ямана, программист третьей и седьмой частей Dragon Quest. Сроки поджимали: игра была разработана за год и четыре месяца и представляла собой однопользовательский RPG-квест, вдобавок включающий режим в духе Stadium. Не имея возможности воспроизвести классическую охоту и поимку диких покемонов, студия сделала выбор в пользу рендеринга окружения и фиксированных камер в стиле модных тогда 3D-RPG, вроде Final Fantasy. Сценарий вывел в свет темных покемонов, которыми манипулировала еще одна властолюбивая команда: игрок должен был поймать и утихомирить их. Учитывая мрачную атмосферу, тусклую графику, пятнадцать доступных локаций (всего четыре города) и такое же количество часов геймплея, игра разочаровала и прессу, и поклонников, которые ожидали большего от первого трехмерного приключения. Только при разработке Game Freak Pokémon X и Y для Nintendo 3DS основная серия окончательно и единогласно перешла на 3D. За исключением незначительных спин-оффов (включая PokéPark и Pokémon Rumble), Pokémon практически не появлялась на домашних приставках – пока ей хватало портативных 3D-носителей.
FireRed и LeafGreen: ремейки наспех
Ввиду невозможности переноса покемонов с картриджей предыдущего поколения в Pokémon Ruby и Sapphire и того, что в последних версиях нельзя заполнить весь состоящий из 386 карманных монстров бестиарий, Национальный Покедекс не мог быть завершен. Во время разработки Ruby и Sapphire компания решила выпустить ремейк оригинальных игр, которые вышли всего шестью годами ранее, но нуждались в приличном обновлении. Это был отличный шанс сделать их совместимыми с новым поколением Pokémon на Game Boy Advance, чтобы фанаты могли поймать всех монстров. Технически эти версии позволяли (пусть и с трудностями и только при участии нескольких игр и консолей) перенести своих покемонов с версий для GBA в последние игры на 3DS и завершить весь Покедекс, несмотря на его чрезмерный объем. Это также давало возможность удвоить темп релизов ролевых частей Pokémon, чередуя в том же поколении неопубликованные издания и ремейки (и сиквелы, начиная с версий Black 2 и White 2). Трехлетний перерыв между поколениями пагубно сказался на серии: некоторые игроки бросали Pokémon и переключались на другие игры, выходившие практически ежегодно. В любом случае, сохраняя и улучшая для ремейков тот же движок, компания нашла хороший способ амортизировать стоимость технического развития.
Pokémon FireRed и LeafGreen поступили в производство после завершения разработки Ruby и Sapphire летом 2002 года. Развитие сюжета в целом оставалось верным оригинальным играм, но с некоторыми существенными изменениями. Основная задача заключалась в том, чтобы скрасить приключения Green и Red для Game Boy всеми дополнениями третьего поколения. Единственной новой областью стали острова Севии, которые позволили ловить покемонов из Gold и Silver и добавили пару новых приключений. Во время разработки этого ремейка, следуя традиции Game Freak использовать все гаджеты для консолей Nintendo, Сатору Ивата представил Цунэкадзу Исихару беспроводной игровой адаптер для GBA, который продавался в упаковке с FireRed и LeafGreen. Несмотря на значительные дополнительные расходы, этот адаптер с одной стороны помог Nintendo технически спроектировать беспроводную систему активно разрабатываемой в то время Nintendo DS, а с другой – позволил игрокам легче обмениваться и сражаться. Также адаптер облегчил дистрибуцию Pokémon в магазинах и на публичных мероприятиях. Тогда Nintendo внедрила устойчивую политику распространения особых покемонов и временных внутриигровых событий. Она действует и по сей день.
Представленные в сентябре 2003 года FireRed и LeafGreen были выпущены в Японии 29 января 2004-го. Эти версии распродали за выходные тиражом в почти 900 000 копий. Это меньше, чем 1,2 миллиона экземпляров Ruby с Sapphire за тот же период, но Nintendo испытала производственные трудности из-за беспроводного адаптера. От него зависели подключения игры, которую представили как первую беспроводную видеоигру Pokémon, а не как ремейк. FireRed и LeafGreen вышли 9 сентября в США и 1 октября в Европе: западные релизы вновь попытались сблизить. В общей сложности по всему миру продалось 12 миллионов копий.