Постепенно начиная работу над новой Pokémon для 3DS, Game Freak вновь отошла от привычного, чтобы удивить игроков. В отличие от предыдущих поколений Pokémon, пятое не получило третьей дополнительной версии или ремейка. Game Freak решила сразу выпустить продолжение (совсем как с Gold и Silver во времена Red и Green) и интегрировать идею брелока, которую не удалось реализовать в оригинальных Black и White. Так в версиях Black 2 и White 2 появились специальные «ключи», которыми можно было обмениваться для разблокировки контента: поэтому было необходимо выпустить два новых картриджа, а не одну дополнительную игру. Кроме того, в первой игре мелькали неслучайные намеки на грядущий сиквел, такие как недостроенные здания и пустые участки на карте. Частичную модификацию карты разработчики оправдали тем, что ледяное дыхание легендарного покемона Кюрема заморозило регион. Так началась работа над Pokémon Black Version 2 и White Version 2. Как и в случае всех второстепенных игр, реализация была возложена на восходящую звезду Game Freak Такао Унно, художественного руководителя, который нарисовал множество покемонов с момента своего прихода в компанию в 2001 году. Отчасти именно ему мы обязаны графическим рендерингом игр для DS.
Разработчики внесли ряд изменений в геймплей, чтобы у игроков не возникло ощущения, что их надули. Ловить покемонов из предыдущих поколений стало возможно с самого начала игры. Первые этапы приключения также ускорились, а в стартовом городе, теперь уже не похожем на захолустную деревеньку, появился центр покемонов и арена. Предлагались и графические улучшения, а также новые локации и настоящая мечта игроков: чемпионат мира по покемонам, позволяющий сразиться со всеми чемпионами арены из предыдущих игр и со многими командами определенного типа. Разработка велась параллельно с будущими версиями X и Y для Nintendo 3DS с учетом того, что даже в случае выпуска Pokémon Black Version 2 и White Version 2 на DS эти игры должны были предлагать нечто помимо простой совместимости с новой консолью.
В начале 2011 года состоялся релиз Nintendo 3DS: японский в феврале, а европейский и американский – в марте. Поскольку большинство фанатов Pokémon также являлись поклонниками Nintendo, The Pokémon Company должна была поставить все на новую консоль, не пренебрегая и другими носителями. В июне 2011 года Creatures разогрела публику, выпустив бесплатное приложение Pokédex 3D с подробной информацией о покемонах пятого поколения. Изначально оно содержало всего с десяток профилей и имело социальную составляющую: для завершения виртуального Покедекса нужно было обмениваться данными с другими игроками. Также оно позволяло делать фотографии, перенося покемонов в реальный мир благодаря технологии дополненной реальности. Еще в 2011 году Ambrella выпустила на Nintendo 3DS Super Pokémon Rumble, чтобы облегчить ожидание игроков и придать сил молодой франшизе. Игра разошлась тиражом почти в полтора миллиона копий.
В том же году увидели свет и другие проекты. Условно-бесплатная компьютерная игра Pokémon Trading Card Game Online помогала игрокам ознакомиться с нюансами карточной игры, многочисленные расширения которой могли отпугнуть неопытную публику. Разработку возглавляла сама The Pokémon Company, поручив проект двум калифорнийским студиям. Creatures также выпустила в Японии на Nintendo DS приложение по обучению карточной игре под названием Pokémon Card Game: How to Play DS. Весной пришла очередь Genius Sonority выпустить Battle & Get! Pokémon Typing DS на Nintendo DS вместе с Bluetooth-клавиатурой. Программа учила игроков быстро печатать и чем-то напоминала образовательные игры Pokémon для обучающей консоли Pico от SEGA. Продолжение PokéPark также увидело свет в Японии в 2011-м.
В конце года на фестивале Jump Festa журнала Weekly Shonen Jump Исихара внезапно объявил о выходе неожиданного спин-оффа, Pokémon Conquest, назначенного на весну 2012 года. Это кроссовер с серией стратегических ролевых игр Nobunaga's Ambition (поклонником которой являлся директор The Pokémon Company) авторства Tecmo Koei (чей президент обожал Pokémon). Игра была переведена на английский язык для выпуска в США и Великобритании, но осталась без других адаптаций и получила сдержанные отзывы – под стать продажам.