Весной 1865 года учреждена Туркестанская область, и Черняев назначен был ее военным губернатором. С отрядом в 1800 человек и 12 орудий он выступил под Ташкент и 9 мая разбил под его стенами кокандские силы. Жители Ташкента отдались под власть бухарского эмира, выславшего туда свои войска. Решив упредить бухарцев, Черняев поспешил штурмом и на рассвете 15 июня овладел Ташкентом стремительной атакой. В Ташкенте, имевшем до 30 000 защитников, взято 16 знамен и 63 орудия. Наш урон – 123 человека. Занятие Ташкента окончательно упрочило положение России в Средней Азии.
Подчинение Бухары
Успехи Черняева и распространение русского могущества на Коканд сильно встревожило Бухару. Это ханство было до сих пор ограждено от русских кокандскими землями, ставшими сейчас русскими областями. Эмир претендовал на Ташкент, ссылаясь на волю его жителей, но домогательства его были отвергнуты. Положив овладеть Ташкентом силой, эмир весной 1866 года собрал у русских пределов до 43 000 войск. Генерал Черняев, в свою очередь, решил не дожидаться удара, а бить самому – и в мае двинул на Бухару отряд генерала Романовского в 3000 бойцов при 20 орудиях.
Кампания 1866 года генерала Романовского была сокрушительной. 8 мая он разбил бухарские войска при Ирджаре, 24-го овладел Ходжентом, 20 июля приступом взял Ура-Тюбе, а 18 октября внезапным и жестоким штурмом покорил Джизак. В трех этих беспощадных штурмах русские войска, лишившись 500 человек, положили на месте 12 000 азиатов. Под Ирджаром перебито 1000 бухарцев и взято 6 орудий. При штурме Ходжента перебито 3500. Наш урон – 137 человек. При Ура-Тюбе перебито 2000, взято 4 знамени, 32 орудия, наши потери – 227 человек. Наконец, в самом кровавом деле, при Джизаке, из 11 000 бухарцев легло 6000, из 2000 русских убыло только 98. Взято 11 знамен и 43 орудия.
Потеряв Джизак, бухарцы бежали к своей столице – Самарканду и поспешили вступить в переговоры о мире. В безрезультатных переговорах прошел весь 1867 год. Бухарцы их намеренно затягивали, стремясь выиграть время и набрать новую армию; Россия же провела капитальную административную реформу. В этом, 1867 году Туркестанская область была преобразована в Туркестанское генерал-губернаторство, составившее в административном отношении две области – Семиреченскую (город Верный) с военным губернатором генералом Колпаковским и Сыр-Дарьинскую (город Ташкент) с генералом Романовским. Образован Туркестанский военный округ, и войска на его территории – 7-й Оренбургский и 3-й Сибирский линейные батальоны – развернуты в 1-ю стрелковую дивизию и 12 линейных туркестанских батальонов. Первым туркестанским генерал-губернатором был назначен генерал фон Кауфман, Черняев был отозван.
Человек ответственных решений и волевой военачальник, генерал фон Кауфман сразу оценил обстановку. Примирительная политика не удалась, злая воля Бухары стала очевидной – эту злую волю надлежало сломить. В конце апреля 1868 года Кауфман с отрядом в 4000 штыков и шашек при 10 орудиях двинулся от Ташкента к Самарканду, на подступах к которому эмир собрал до 60 000 человек.
2 мая 1868 года пехота генерала Головачева по грудь в воде перешла Зеравшан на глазах неприятельских полчищ, ударила на них в штыки, овладела высотами Чапан-Ата и обратила бухарцев в бегство. Самарканд закрыл ворота бегущим и сдался русским. В бой пришлось идти сразу же по переходе реки. Солдаты набрали полные голенища воды, разуваться же и вытряхивать воду не было времени. Наши линейцы становились на руки, и товарищи трясли их за ноги. После этого сразу пошли в штыки на бухарцев. «Халатники» решили, что постигли секрет русской тактики, и месяц спустя при Зарабулаке, подойдя на ружейный выстрел, их первые отряды стали головой вниз, тогда как задние добросовестно стали трясти их за ноги. По совершении этого обряда в победе никто из них не сомневался.
Оставив здесь гарнизон, Кауфман двинулся дальше на юг с войсками Головачева и Романовского. 18 мая он опрокинул бухарцев при Катта-Кургане, а 2 июня доконал армию эмира в жесточайшем степном побоище на Зарабулакских высотах. Зарабулак – первая проба игольчатых винтовок Карле, жестокая бойня, в которой перебито до 10 000 бухарцев, густые массы которых наш огонь косил, как траву. Наши потери – всего 63 человека. Всего в этом деле против 2000 русских действовало 35 000 войск эмира. Потрясенный эмир запросил аман. Бухара признала над собой протекторат России, уступила России Самарканд и все земли до Зарабулака.