Колумб велел Хуану де ла Коса взять лодку и забросить якорь далеко вперед, чтобы освободить нос, сидевший не так глубоко, как корма. Оказавшись с несколькими людьми в лодке, баск решил перейти на «Нинью», но Висенте Яньес запретил ему подниматься на борт и, сопровождая его в собственной лодке, отправил его назад. Между тем «Санта-Мария» прочно зависла носом на рифе в направлении к суше. Прибой то поднимал, то опускал ее, каждый раз ударяя об острые кораллы рифа. Ничего не помогло и тогда, когда срубили тяжелую среднюю мачту. Швы разошлись, и вода хлынула в трюм. Корабль погиб. Вместе со своей командой Колумб перебрался на «Нинью» и, обессилев, ожидал наступления утра.
Примечательным был этот рождественский день! Весь он прошел в хлопотах по освобождению «Санта-Марии» от груза с помощью людей Гуаканагари. Время от времени касик посылал одного из своих родственников утешить адмирала. Но золото, которое все больше находили то здесь, то там, утешало европейцев гораздо лучше, чем симпатии аборигенов.
Вскоре Колумб убедил себя в том, что кораблекрушение «Санта-Марии» служило ему знаком провидения, которое вблизи золота Сипанго хотело видеть новое поселение. Люди, которые там останутся, смогли бы найти достаточно золота для того, чтобы Католические короли в течение трех лет смогли бы освободить Священную Могилу. Так был основан Ла-Навидад, первое испанское поселение в Новом Свете.
Найти людей, пожелавших остаться там, было совсем не трудно. Они даже спорили друг с другом о привилегии обогатиться здесь среди этих гостеприимных индейцев, только и мечтавших стать их рабами. Эти претенденты даже и не подозревали, что вместе с золотом они выбирают свою смерть. Но пусть судьба сама определяет их участь, которую тогда никто еще не мог предугадать.
В конце концов остались тридцать девять человек, комендантом был назначен Диего Гарана, кузен любовницы Колумба. Среди оставшихся были бесполезный толмач Луис де Торрес и секретарь Эскобедо, уже выполнивший свою миссию, не зная даже об этом, так как во время этого плавания никакие острова уже не были больше открыты. Остались и хирурги, скорее заботившиеся о золоте, чем о здоровье тех, кто вместе с адмиралом отправлялся в дальнейший путь, и, может быть, никогда больше не увидел Испанию.
4 января 1493 года Колумб покинул Ла-Навидад, последние остатки «Санта-Марии» и 39 золотоискателей!
6 января «Нинья», теперь уже адмиральский корабль, встретилась с «Пинтой». Обе каравеллы бросили якорь перед островом Ла-Кабра. Мартин Алонсо поднялся на борт «Ниньи», как будто бы ничего не случилось. Он извинился, заявив при этом, что не по своей воле отделился от корабля адмирала. Он тоже нашел золото. В душе Колумб, как и Пинсон, был рад снова обрести попутчика на обратный путь. Они не очень ценили один другого, но были нужны друг другу.
В Лас-Флехас, за несколько миль от восточного края Эспаньолы, враждебно настроенные туземцы, в отличие от миролюбивых таинов, чуть было не сыграли с испанцами злую шутку, когда те сошли на берег. Это была последняя остановка перед обратным переходом.
16 января, в среду, за три часа до восхода солнца, адмирал взял курс в открытое море. Он выбрал направление норд-норд-ост, предполагая достичь Палоса прямым путем. Так он обошел зону пассатов, которые никогда не позволили бы ему увидеть Испанию. Вторая счастливая ошибка! Человек, искавший Азию и нашедший Америку, смог вернуться в Европу только потому, что сбился в своих вычислениях широты.
Море было спокойным, как и во время плавания туда. Ветер заставлял их иногда менять курс, но корабли шли довольно быстро. В ночь со 2 на 3 февраля каравеллы буквально грохотали и кренились на бок. С 4 по 7 февраля скорость увеличилась до 598 миль. Это была самая высокая скорость за все плавание.
В эти недели попутного ветра Колумб записывал все события для Луиса Сантанхеля, помогавшего ему финансировать плавание. За несколько месяцев 1493—94 года этот отчет выдержал тринадцать изданий. Он послужил стимулом для подготовки второго плавания.
12 февраля погода ухудшилась. 13 февраля все трещало на борту. На «Нинье» было очень мало груза. Утром 14 февраля «Пинту» понесло в другом направлении. В своем журнале Колумб признался, что считал себя погибшим. Но 15 февраля показался остров Санта-Мария, один из Азорских островов. Лишь в ночь на 16 февраля Колумб позволил себе заснуть, это было впервые за последние четыре дня. Его почти парализовал ревматизм, который он подхватил из-за постоянного холода и скудного питания.