Вскоре нашли плодородную долину. Ее красота поразила Колумба, и он назвал ее Вега-Реаль, Королевская долина. Между холмами, возвышавшимися вокруг долины, соорудили форт, названный им фортом Святого Фомы. Для его защиты построили небольшую крепость. На карте Доминиканской Республики она еще и сегодня называется Форталеза. Форт Святого Фомы превратился в центр оживленной торговли золотом. Туземцы приносили его в виде самородков или песка. Официально все предназначалось для короны. Но, само собой разумеется, было достаточно таких, кто приобретал золото для себя, в своих собственных интересах. Они выдавали друг друга. Нескольким из них отрезали уши и даже нос, что не способствовало повышению их авторитета у Колумба.
Между тем в Изабелле с тропической пышностью зрел урожай. Поспевали дыни, наливались первые колосья, многообещающими были сахарный тростник и виноград. Так появились виды на растениеводство, которое должно было преобразовать сельское хозяйство Антильских островов, что превратило этот край в яблоко раздора европейских держав.
Несмотря на природные богатства, люди болели. Многих уже не стало. Почти все оставшиеся в живых хотели вернуться в Испанию. Им не совсем по душе пришлась жизнь в этих двухстах хижинах первого колониального «города» Нового Света. Но прежде чем прибудет новая флотилия, Колумб хотел закончить заграждение, построить церковь и вокруг нее заложить «plaza mayor», возвести каменные дома. Он даже начал проводить канал для питьевой воды и работы мельницы. Но европейские рабочие болели и были сильно утомлены от постоянного напряжения, которого от них требовали. К работе привлекали даже гидальго. Долгое время они из-за этого относились к Колумбу с глубоким презрением. Они прибыли в «Индию», чтобы разбогатеть и грабить, но совсем не для того, чтобы работать как простой люд. И несмотря на все эти трудности адмирал стремился поддерживать дисциплину!
Колумб освободился от четырех сотен бунтовщиков, отправив их во главе с Охедой в форт Святого Фомы. Однажды тот велел отрезать уши одному индейцу, укравшему несколько платьев. Касика, которому принадлежал этот индеец, он заковал в тяжелые цепи и отправил к Колумбу, чтобы тот его обезглавил. Это чуть было и не случилось. Идиллия, царившая в отношениях во время первого плавания, заметно убывала.
Адмирал устал от всех этих раздоров и спешил вновь отправиться в плавание. Ему так хотелось обнаружить азиатский континент, прежде чем прибудет подкрепление. Поэтому управление Изабеллой он передал своему брату Диего и 24 апреля 1494 года снова вышел в море.
Ему необходимо было, наконец, выяснить, была ли Куба действительно полуостровом азиатского континента, как он предполагал после первого плавания. И кроме этого, нужно было все-таки найти Великого хана.
Адмиральским кораблем была снова «Нинья». Для обследования побережья ее сопровождали две каравеллы с небольшой осадкой и латинскими парусами. На борту было всего около 60 человек.
В торжественной обстановке он объявил о введении Кубы во владения Католических королей и на одном мысе соорудил колонну с крестом. Посовещавшись со своими капитанами, он пошел вдоль южного берега большого острова. Это была высохшая местность, заросшая агавой и кактусами. Пройдя далее в глубь страны, они натолкнулись па селения. Индейцы были миролюбивыми и гостеприимными, как и при первой встрече с ними.
Но так как ничего не привлекло их особого внимания, 3 мая адмирал покинул побережье Кубы и направился на юго-восток к Ямайке, которую туземцы описали ему как золотой остров.
Индейцы Ямайки тоже были тайны, как в Эспаньоле и на Кубе, но более воинственные. Прежде чем бросить якорь, адмирал хотел измерить глубину лотом. К нему на большой скорости приблизились около шестидесяти легких лодок с одним веслом, каноэ. Они смогли успокоиться лишь после выстрела из пушки. Потом можно было начать меновой торг. Впоследствии из лука убили нескольких индейцев, чтобы внушить им уважение к кастильскому оружию, на других спустили огромную испанскую собаку. Так впервые на индейцев натравили охотничью собаку. С этого момента возникла жгучая ненависть между этими страшными животными и индейцами. Испанцы это вскоре заметили и повсюду использовали собак. В ходе всех колониальных завоеваний их острые зубы перегрызли горло тысячам туземцев.