Диего, самый младший браг, за время отсутствия адмирала не очень хорошо справлялся с делами колонии. Он был слишком слабым, чтобы усмирить вырвавшиеся из оков страсти алчущих поселенцев, считавших, что им все дозволено. Постоянно происходили грабежи, разбои, изнасилования, угрозы и драки. Маргарит, назначенный комендантом крепости, утопил остров в огне и крови. Он и брат Буи ль, тоже каталонец, обращались с индейцами как со скотом. Ни один туземец не был крещен. Рамон Пане, будущий этнограф, смог начать евангелизацию лишь в 1496 году. В довершение всего Маргарит и Буиль захватили корабли, которые привел Бартоломео, и ушли в Испанию. Там они оклеветали братьев Колумбов, насколько это было в их власти.
Нужно было положить конец этой анархии, но вместо этого Колумб принялся за туземцев, убивших нескольких своих мучителей. Он преследовал их на лошадях и с собаками. Происходила настоящая кровавая бойня. Дикарей, схваченных живыми, превращали в рабов и отправляли в Испанию. Индейцы, которые не находили достаточно золота для своих корыстолюбивых завоевателей, должны были жертвовать своей свободой. Их продавали на рынке. Так индейцы были вознаграждены за свой радушный прием, который прославлял Колумб в своем отчете повелителям после первого плавания. Из четырех сотен рабов, отправленных 24 февраля в Европу на каравеллах под командованием Антонио де Торреса, двести скончались между Мадейрой и Кадисом. Большая часть остальных стала жертвой болезней вскоре после того, как они были проданы архиепископом Фонсека на рынке в Севилье.
Попытки бунта заканчивались новой бойней и новым рабством. Маленькому, но пылкому Охеде хитростью удалось захватить Каонабо, касика, приказавшего убить жителей Навидада. Охеда прибыл с десятью всадниками и пообещал ему большой бронзовый колокол для капеллы в Изабелле. Это чудо возбудило жадность касика, и он отправился в путь с вооруженным отрядом и десятью всадниками-идальго. На одном из привалов Охеда показал ему железные наручники и цепи для ног и рассказал, что король Испании носит такие же, когда ездит верхом. Хотел ли касик быть похожим на испанского короля и сесть на страшного коня, которого так боялись индейцы? Вероятно, хотел! Охеда велел ему с наручниками на руках и цепями на ногах сесть на коня позади себя, и чтобы он не упйл, крепко привязал его к себе. По сигналу остальные девять всадников набросились на охрану Каонабо, а Охеда пришпорил своего коня и умчался в Изабеллу…
Само собой разумеется, в городе начали процветать всевозможные ремесла, к которым присоединились теперь уже и европейские женщины. Особенно важен был труд кораблестроителей. Буря повредила некоторые стоявшие там корабли, поэтому построили новую каравеллу и назвали ее «Индия». Это был первый корабль, построенный в американской «Индии».
Время с мая 1495 по март 1496 года оба брата Колумба использовали, в основном, для того, чтобы подчинить себе остров и вынудить коренных жителей платить дань. Каждый индеец старше четырнадцати лег должен был сдавать раз в три месяца рожок, полный золотой пыли. Касик каждые два месяца должен был приносить целую бутылку из тыквы. Если в той местности не было золота, туземцы в течение квартала должны были напрясть и наткать 25 фунтов хлопка. Когда дань была выплачена, на шею туземцу вешали медную пластинку, марку. Все эти методы были достаточно жестокими. Золотые изделия, которые испанцы вначале просто отбирали у туземцев, были плодом труда целых поколений. А чтобы добыть достаточно золота для уплаты дани, понадобились бы еще целые поколения. И как можно было требовать у дикарей ежегодно сто фунтов обработанного хлопка, если они сами ходили почти голыми? Дань, которой хотели их обложить, даже если представить себе, что все это возможно выполнить, моментально превратила бы их в рабов. И на рынке не нужно было бы продавать.
Вскоре адмирал заметил, что трудно получить и половину требуемой дани. Но он настаивал на этом, опасаясь трудностей, которые могут возникнуть по его возвращении, если он привезет не очень много золота. Туземцы скрывались в горах, убивали христиан, но за это еще в большем количестве убивали их. Многие отравляли себя соком маниоки. Население быстро сокращалось. Из ста тысяч жителей в 1492 году к 1548 году осталось всего лишь пятьсот. Это были страшные последствия фискальной колониальной политики, проводимой Колумбом.