Алонсо де Авила был взят в плен, но сумел передать доверенные ему доклады в надежные руки, так что они в конце концов попали в Испанию.
Третий доклад Карл V получил после своего возвращения осенью 1522 года. В конце марта следующего года доклад Кортеса появился в печати у немецкого книгоиздателя Кронбергера в Севилье. Королевский указ положил конец коварству епископа Фонсеки, и Карл V разрешил спор между Диего Веласкесом и Эрнаном Кортесом в пользу завоевателя. Кортес был назначен губернатором и генерал-капитаном Новой Испании. Одновременно в Мексику были направлены королевские чиновники, и следователь собирался произвести проверку деятельности нового губернатора.
Последовали годы интриг и соперничества, что, несомненно, неблагоприятно сказалось на окончательной колонизации Мексики. Однако в 1522–1524 гг. строительство города Теночтитлана продвигалось быстрыми темпами. На месте храма Уицилопочтли вскоре поднялся новый францисканский собор, а в различных районах города возникло еще 33 культовых сооружения. В стороне от индейского города рос отдельный испанский квартал, сооружаемый в плавучих садах Мексики. Испанский форт был вооружен семьюдесятью орудиями, отлитыми уже в Новой Испании. Усилия сохранить независимость от испанской метрополии и Кубы увенчались успехом. В своем четвертом докладе Эрнан Кортес с гордостью указывал на то, что столица уже вновь насчитывает 30 000 жителей и повсеместно наблюдается прежний порядок в торговле и обмене.
Большой прогресс был достигнут и в обращении индейцев в христианство. Кортес просил короля прислать миссионеров «доброй и образцовой жизни». Он хотел, чтобы обращение язычников было поручено членам монашеских орденов, например, францисканцам, которые дали обет бедности. По мнению конкистадора, богатая церковь Испании не смогла бы достичь такой силы убеждения в среде индейцев, чьи языческие жрецы жили в бедности и целомудрии.
Сам Кортес на протяжении всей жизни пользовался доверием туземцев, для которых он часто выступал в качестве адвоката и которые, по свидетельствам очевидцев, очень уважали и почитали его. Очарование, исходившее от его личности, значительно облегчило быстрое перерождение империи ацтеков. Для того, чтобы испанцы «оставались в стране, а не думали каждый день о том, чтобы покинуть ее и вернуться в Испанию», Кортес издал свои «Распоряжения», согласно которым каждый, женившийся в Испании или на Кубе, должен доставить сюда жену. Холостяки также должны подыскивать себе супругу, если не хотят лишиться своей земельной собственности. Кроме того, все владельцы вновь полученных земель, если хотят сохранить свои привилегии, должны дать обещание в течение восьми лет возделывать свой участок земли. Этим делалась попытка избежать практики, сложившейся, как известно, на островах Вест-Индии, когда испанцы, истощив землю и приведя ее в негодность, отправлялись дальше. Конкистадоры стали колонизаторами. Кортес сам подавал хороший пример и привез с Кубы свою супругу донью Каталину. Правда, она вскоре умерла, и Кортес позднее женился на представительнице одной из самых знатных аристократических семей Испании.
Неприятным происшествием того периода была измена его капитана Кристобаля де Олида, которого Кортес в 1523 году послал с флотилией из шести судов в Гондурас, чтобы на северном берегу основать поселение. Считалось, что эта местность богата золотом, и, кроме того, предполагали, что в районе сегодняшнего Панамского канала имеется пролив, дающий выход в Тихий океан. Олиду предстояло найти возможность выхода в Тихий океан. Но капитану, скорее смелому, нежели умному, по-видимому, ударили в голову самостоятельность и доверенная ему власть. Во всяком случае, он проявил достаточно тщеславия, чтобы основать собственную империю. Но капитан не был вторым Кортесом, а командир его не был Диего Веласкесом. Эрнан Кортес послал в Гондурас несколько кораблей под командованием своего двоюродного брата Франсиско де Лас-Казаса, чтобы наказать мятежника и образумить его. Он осознавал, что на этом примере должен дать другим наглядный урок, чтобы раз и навсегда отбить у них охоту к подобным действиям. Лас-Казасу, который вначале попал в руки Олида, удалось с помощью заговора офицеров убить своего противника.