Тем временем Кортес, долгое время не имевший вестей о ходе карательной операции, решил сам отправиться в Гондурас. Все приводившиеся доводы о том, что в его отсутствие могут возникнуть новые волнения в Мексике, не изменили его решения. Назначив заместителя, он в середине октября 1524 года в сопровождении блестящей свиты, соответствовавшей его положению губернатора и генерал-капитана, отправился в Гондурас. Для собственной безопасности он вез в составе своей свиты в качестве заложников насильно взятых Куаутемока, которому, как правителю, оказывались прежние почести, вождя Таку бы и других представителей высшей мексиканской знати. Его сопровождали также донья Марина, верная спутница и в хорошие, и в трудные времена, и испытанные офицеры Гонсало де Сандоваль и Луис Марин.
Предприятие не ознаменовалось большим успехом. Следует отметить два события: Кортес выдал донью Марину замуж за испанского идальго Хуана Харамильо и в качестве приданого подарил ей землю на родине, у Коасакоалько, где она и жила в дальнейшем. Второе событие бросает тень на характер завоевателя. В Ишансанаке, в провинции Акалан, ацтекский вельможа, обращенный в христианство, сообщил ему о якобы существующем заговоре мексиканцев против белых. В ответ на это Кортес приказал заковать индейских вождей в цепи и допрашивать по отдельности. Во время допросов с применением пыток они сознались лишь в том, что ранее однажды строили подобные планы, которые, однако, не встретили одобрения со стороны Куаутемока и короля Такубы. Но их заверения в своей невиновности успеха не имели. Все они были приговорены к смерти и повешены на ветке старого дерева-великана.
Обвинение, суд военного трибунала, оглашение приговора и приведение его в исполнение последовали в течение неполных 12 часов. Так последний правитель ацтеков умер позорной смертью на виселице 28 февраля 1525 года. Францисканец Торквемада в 1615 году писал в своей «Monarchia Indiana»:
«Если меня спросят о причине этой казни, то я должен сказать, что она была не иначе, как следующей: для Кортеса было большой нагрузкой постоянно охранять этих вождей».
Берналь Диас, бывший участником экспедиции, также не верил в заговор мексиканских вождей. По-видимому, как считает известный историк и знаток иберийской и латиноамериканской истории Р.Конетцке, этот поступок можно объяснить как «срыв под влиянием аффекта вследствие критического положения экспедиции», которая уже в течение нескольких месяцев с трудом пробиралась сквозь болотистую чащу девственных тропических лесов Центральной Америки. При известных условиях случившееся можно рассматривать как чисто политическое убийство, которое было совершено почти в соответствии с советом, данным Никколо Макиавелли в «Государе»:
«Для того, чтобы после завоевания государства, бывшего прежде свободным, безопасно управлять им, достаточно истребить семью прежнего правителя».
Результатом экспедиции в Гондурас был ряд важных географических открытий. Так, был установлен полуостровной характер Юкатана, который до сих пор считался островом. В Никарагуа экспедиция вступила в контакт с идущей из Панамы группой испанцев, которая была послана губернатором Педрариасом Давилой. Это доказывало, что между Мексикой и Панамой не существует пролива в Тихий океан.
Между тем Франсиско де Лас-Казас вновь установил порядок в Гондурасе и подавил мятеж Олида, поэтому Кортес 25 апреля 1526 года смог из Трухильо отплыть обратно в Мексику. После короткого пребывания на Кубе, — старый недруг Диего Веласкес умер вскоре после завоевания Мексики, — в июне 1526 года, после года и девяти месяцев отсутствия, Кортес снова высадился в Веракрусе.
В Мексике его уже объявили мертвым и организовали пышную панихиду, но при этом не забыли конфисковать его имущество. Однако его возвращение вызвало всеобщее ликование, ведь население уже поняло, насколько более справедливым и великодушным правителем был Кортес по сравнению с теми, кто уже считал себя его преемником. Постоянное недоверие испанского двора к конкистадорам и серьезные подозрения со стороны королевских чиновников в самой Мексике не позволили Эрнану Кортесу завершить осуществление своей мечты — распространить власть Испании до Южного моря и до берегов Азии. И это не установило бы еще пределов обширной монархии Австрийского дома. Теперь же отважный завоеватель вынужден разбираться с мелочными и абсолютно несправедливыми обвинениями. Его, принесшего своему монарху в качестве трофея могущественную державу, расширившего владения испанской империи, теперь обвиняют в стремлении к отделению от испанской короны. Эти сомнения в его безусловной лояльности по отношению к испанскому монарху были, разумеется, совершенно необоснованными, ибо Кортес всегда оставался верным слугой своего господина и короля.