Он принял решение самому отправиться в Испанию и лично представлять свои интересы монарху. Он слишком хорошо помнил о своей преданности и об услугах, оказанных им испанской короне, чтобы смириться с позором столь недостойного обращения. В конце мая 1528 года Кортес с внушительной свитой, в которой находились дочь Монтесумы и некоторые другие индейские вельможи, высадился в порту Палое, откуда в 1492 году Колумб отправился в первое путешествие в неизведанные дали океана. В Палосе на Рио-Тинто, согласно сообщению Кортеса, произошла встреча с будущий завоевателем Перу Франсиско Писарро. Здесь его постигла и тяжелая утрата: Гонсало де Сандоваль, его земляк из Медельина, друг и соратник в сотнях сражений, умер через несколько дней после прибытия в молодом возрасте всего в 31 год.
При дворе императора завоеватель Мексики был принят со всеми почестями. Вскоре Кортес смог опровергнуть все обвинения и убедить монарха в своей преданности. Однако многочисленные внешние почести и доказательства благосклонности не могли уберечь конкистадора от горького разочарования, когда он понял, что правительство готово в будущем отказаться от использования его опыта и способностей. 6 июля 1529 года император пожаловал ему титул «Маркиз дель Валле-де-Оахака», наградил большим крестом ордена Святого Иакова и подарил ему обширные земельные угодья в Мексике. Однако должности губернатора Новой Испании он теперь не получил. Назначенный генерал-капитаном Новой Испании и островов Южного моря, Кортес не обманывался относительно того, что новые большие экспедиции смогут закончиться успешно лишь в том случае, если первооткрыватель будет располагать губернаторскими полномочиями. Во время второй аудиенции новоиспеченный маркиз выразил свою благодарность за присужденные ему отличия и вновь был принят самым милостивым образом. Когда вскоре Кортес опасно заболел в Толедо, император даже соблаговолил лично появиться у постели больного и пожелать скорейшего выздоровления человеку, который расширил сферу его власти вплоть до Тихого океана.
Два диплома, датированные июлем 1529 года, передали завоевателю новые участки земли в долине Оахака и сделали Кортеса сеньором 22 поселений и 23 000 вассалов-индейцев. Женившись на Хуане Суньига, дочери графа де Агилара и племяннице герцога де Бехара, Эрнан Кортес получил доступ в наиболее влиятельные дома высшей испанской аристократии. Один из его подарков молодой невесте — два сказочно красивых изумруда, вырезанных в форме роз (работа мексиканских художников) — вызвала восхищение всего двора. Слава завоевателя ярко сияла по всей Европе и в Новом Свете, так что Кортес, по свидетельству современников, соперничал в славе полководца с Александром и в богатстве с Крезом.
Весной 1530 года он в сопровождении супруги и своей престарелой матери доньи Каталины вернулся в Мексику. С этого момента местом жительства он избрал не столицу, где была резиденция представителя короля, а Тескоко, расположенный на другом берегу озера, а позднее Куэрнаваку, что на южном склоне Кордильер. Здесь он посвятил себя преимущественно задачам колонизации. В числе прочего он завез с Кубы сахарный тростник, разводил мериносовых овец и разрабатывал золотые и серебряные рудники. Но эти мирные занятия не могли удовлетворить его неустанную жажду деятельности.
В 1532 и 1533 годах он снарядил две небольшие флотилии, которые вышли из Теуантепека в Тихий океан и взяли курс на северо-запад. Эти флотилии достигли полуострова Калифорния; правда, один из кораблей пристал к побережью Новой Галисии и был конфискован Нуньесом де Гусманом, старым врагом Эрнана Кортеса. Кортес, исполненный надежды, собирался обратиться в королевский суд, однако не встретил сочувствия. Лишь когда генерал-капитан стал самостоятельно вершить суд, Гусман вернул корабль. Теперь Кортес предпринял попытку основать в Калифорнии поселение. Но подобные предприятия требовали больших денег, не принося ничего взамен. В 1535 году Кортес сам отправился в экспедицию, прошел вдоль побережья Калифорнийского залива до 30-го градуса северной широты. На юге Калифорнийского полуострова он основал город Сайта-Крус, нынешний Ла-IIac. В 1539 году флотилия под командованием Ульоа, состоявшая их трех кораблей, вообще не вернулась назад, и финансовый ущерб, нанесенный Кортесу, составил в итоге почти 200 000 золотых дукатов.