В своих мемуарах Гоген писал, что в одиннадцать лет поступил в семинарию при небольшой церкви Шапель-Сен-Месмен, то есть среднюю церковную школу, где учился довольно успешно. «Я далек от того, чтобы утверждать вслед за Анри де Ренье, что подобное семинарское образование никак не отразилось на моем интеллектуальном формировании, более того, убежден, что на меня оно подействовало весьма благотворно. Думаю, именно там еще в детстве я научился ненавидеть лицемерие, показную добродетель, доносительство [semper tres — всегда втроем (лат.)], не доверять тому, что противоречило моим инстинктам, моему сердцу и разуму. Пусть немного, но именно там я проникся духом знаменитого Эскобара, — силой, на мой взгляд, далеко не лишней в жизненной борьбе. Там я научился уходить в себя, постоянно наблюдая за игрой, которую вели мои преподаватели, сам себе придумывая развлечения, навлекая на свою голову неприятности и неся полную ответственность за вызванные ими последствия».
Поступление Поля в интернат совпало с переездом матери в Париж, где она стала портнихой, после того как продала недвижимое имущество деда — Гийома Гогена. Разлука с Алиной могла повергнуть ребенка в отчаяние одиночества, но примечательно, что он сумел взять себя в руки и осознать, что детство его закончилось, а далекий рай потерян безвозвратно. Отныне он будет хранить его в своем сердце.
В 1862 году, когда Полю исполнилось четырнадцать лет, он вернулся в Париж, чтобы готовиться к поступлению в военно-морское училище. Жан де Ротоншан, его современник и первый биограф, писал, что «когда пришло время экзаменов, школьник, склонный скорее к свободе, чем к занятиям, не был готов к успешному участию в них».
Вот почему 7 декабря 1865 года Поль поступил на флот в качестве военного курсанта с жалованьем двадцать франков в месяц. Судно «Лузитано», на котором он служил, курсировало между Гавром и Рио-де-Жанейро. Вступление во взрослую походную жизнь прошло по обычной схеме — избавление от девственности в Гаврском порту перед отплытием и приветливая французская певичка в Рио. «Эме, несмотря на свои тридцать лет, была еще очень хороша, [… она] довольно быстро поколебала мою добродетель. Как видно, почва была подходящая, поскольку я стал настоящим распутником», — вспоминал он. На судне обстановка была самая благоприятная. Дул попутный бриз. За весь поход не было ни одного шторма.
В 1861 году Алина подружилась с Гюставом Ароза (1818–1883), испанцем по происхождению, любившим принимать у себя соотечественников. Биржевой маклер, он жил на широкую ногу и, как и его младший брат Ашиль, коллекционировал произведения современных художников. Вероятно, это событие и стало решающим фактором в развитии художественных наклонностей Гогена. Ароза, например, обладал многими полотнами Делакруа, среди которых было несколько последних работ, приобретенных на посмертной распродаже картин художника в 1864 году. Огромный интерес вызывали у него картины Коро, Йонкинда, Домье, Теодора Руссо, а позже его внимание привлек Писсарро. Еще одним страстным увлечением этого коллекционера была керамика.
По возвращении во Францию Гоген обязательно должен был посетить Ароза, поскольку Алина, чувствуя, что ее здоровье ухудшается, назначила Гюстава опекуном своих детей. К тому же она переехала в Сен-Клу, что находился близ загородного дома Ароза. В следующее плавание — в Панаму — Поль отправился на судне «Чили» уже в чине младшего лейтенанта с жалованьем в пятьдесят франков в месяц. На «Чили» Гоген прошел через Магелланов пролив, где скончался его отец. Он стал очевидцем землетрясения в Перу и с рейда в Икике наблюдал, как рухнули несколько кварталов Лимы, а «море играло судами, словно мячиками, подбрасываемыми ракеткой». Точно не известно, возвращался ли он из Панамы через Полинезию, хотя это представляется вполне возможным, ибо о смерти матери, скончавшейся 7 июля в Сен-Клу, Гоген, по словам Шарля Мориса, узнал в Индии.
В Париж он вернулся только в декабре. Но едва Поль ступил на сушу, как его призвали на военную службу, и в феврале в качестве матроса третьего класса ему пришлось отплыть на быстроходном корвете «Жером Наполеон», переделанном для принца в яхту. Корвет бороздил моря почти без передышки. На его счету и плавание по Средиземному морю, и поход к Полярному кругу, а после объявления войны — патрулирование в Северном море.