Боевой атеизм французского мыслителя был теоретическим выражением классовой борьбы революционной буржуазии против всех сил старого режима, среди которых одно из первых мест занимали католическая религия и церковь.
Гольбах направил против религии всестороннюю и убедительно аргументированную критику. Прежде всего он выступил против понятия бога. Образное выражение Плеханова, что «французские материалисты в небесных делах были ярыми республиканцами: они гильотинировали бога задолго до доброго доктора Гильотина. Они ненавидели его как личного врага» (39, 2, 72), можно прежде всего отнести к Гольбаху.
С материалистических позиций Гольбах выступает против основного тезиса теологии, будто мир создан богом. В противовес богословскому учению о сотворении мира он доказывает, что природа — сама себе причина и абсолютно не нуждается ни в какой надмировой силе.
По его глубокому убеждению, которое он передает и читателям его антирелигиозных памфлетов, никакой вне материи существующей духовной субстанции нет и быть не может. Реально существует лишь то, что может прямо или косвенно воздействовать на наши чувства и восприниматься сознанием. А это есть природа, которая существует сама по себе. Духовная же жизнь порождена и обусловлена особенностями физической организации человека и полученными им от внешнего мира импульсами. «Все, что мы делаем или мыслим, все, чем мы являемся и чем мы будем, всегда лишь следствие того, чем нас сделала всеобъемлющая природа. Все наши идеи, желания, действия представляют собой необходимый результат сущности и качеств, вложенных в нас этой природой...» (14, 60).
Гольбах критически рассматривает и убедительно опровергает все теологические доказательства бытия бога. Подвергая уничтожающей критике доводы церковников, в частности доктора теологии английского пастора и религиозного философа Кларка о существовании бога, он писал: «... бог доктора Кларка, как и бог величайших теологов, есть всего лишь химера, покоящаяся на необоснованных предположениях и созданная хаотическим соединением противоречивых качеств, делающих ее существование совершенно невозможным; наконец, можно будет удостовериться, что этот бог не что иное, как пустой призрак, занявший место энергии природы, которую всегда упорно игнорировали теологи» (14, 436).
Точке зрения теологов о вечном существовании чистого духа Гольбах противопоставляет материалистическую точку зрения о вечности и неуничтожимости материи. Он утверждает, что чистый дух не может являться творцом и двигателем материального мира. Теологи, отмечает философ, называют бога «духом», но «представляет ли собой дух на языке современного богословия что-либо как не отсутствие какого бы то ни было понятия? Понятие о духовности — это понятие без всякого представления» (16, 22—23).
«Материя» и «движение» — вот все, что нужно, чтобы объяснить все явления в мире. «Вселенная, это колоссальное соединение всего существующего, повсюду являет нам лишь материю и движение» (14, 66). Материя действует по собственным, присущим ей силам и не нуждается во внешнем божественном толчке.
Следует подчеркнуть, что Гольбах не ограничивается критикой и опровержением только теологических доказательств бытия бога. Автор «Системы природы» подробно разбирает также деистическую аргументацию, выдвинутую Ньютоном, Декартом, Мальбраншем. Он высоко ценит научные открытия Ньютона, но подвергает острой критике допущение им идеи бога как перводвигателя природы. «...Если материя существует, она должна действовать, — пишет он... — она существует от века, никогда не перестанет существовать и действовать в силу собственной энергии...» (там же, 81).
Гольбах решительно отвергает ньютоновского бога, который якобы привел в движение косную материю и является разумным устроителем мира. Он показывает несовместимость науки и религии, вскрывает противоречия между величайшими естественнонаучными открытиями Ньютона и признанием им божества как перводвигателя и разумного строителя Вселенной. Подобная критика, несомненно, способствовала освобождению естественных наук от пут теологии и их развитию.
С другой стороны, критика деистических взглядов Ньютона имела важное значение для разоблачения теологов, которые прикрывались авторитетом гениального ученого и спекулировали на его религиозности. Гольбах показывает, что если исходить из научных взглядов Ньютона, то его бог на самом деле «есть не что иное, как действующая по необходимым законам природа, олицетворенная необходимость, или судьба, которой дали имя бога» (там же, 473). Ньютон, по утверждению Гольбаха, не делает такого рода вывода только потому, что он запутался в противоречивых положениях богословия. Твердо придерживаясь принципа единства материи и движения, Гольбах опровергает и теологические и философские доказательства бытия бога-творца, бога-перводвигателя.