Пол Пот четко представлял себе идеал кхмерского общества. Будущую Камбоджу он видел крестьянской страной, в которой искоренялось всякое иностранное влияние. Для этого необходимо ликвидировать города с их буржуазно-иностранными веяниями: «Освобождение кхмерского народа — это не только борьба патриотических сил против западных стран и их приспешников, это также борьба сельских масс против чужеродного явления — городов, которые символизируют угнетение, ростовщичество и коррупцию. <…> Наличие городов порождает неравенство».
В 1963 году Пол Пот и Йенг Сари ушли в джунгли жить среди племен, совершенно не адаптированных к современным условиям жизни. Позже Пол Пот говорил, что движение «красных кхмеров» «вышло из джунглей отдаленных регионов Камбоджи». Пол Пот подчеркивал, что выходцы из «лесных племен» становились его самыми преданными сторонниками.
В 1965 году Пол Пот впервые посетил Ханой, где встречался с генеральным секретарем ЦК ПТВ Ле Зуаном. Пол Пот договорился с руководителями ДРВ о направлении в школу партизанской войны под Ханоем боевиков из Камбоджи. В 1966 году спецслужбы ДРВ создали подразделение Р-36, в котором проходили военную подготовку бойцы вооруженных формирований ПКК, в основном кхмае-кром из Южного Вьетнама.
Однако в целом вьетнамцы довольно сдержанно восприняли революционный энтузиазм Пол Пота, поскольку для руководства ДРВ, ведшего изнуряющую войну с Южным Вьетнамом и США, благожелательный нейтралитет королевской Камбоджи имел важное стратегическое значение. Ханой опасался, что его открытая и активная поддержка радикальной ПКК могла подтолкнуть королевское правительство Камбоджи к союзу с США, что существенно затруднило бы для северовьетнамцев ведение боевых действий в Южном Вьетнаме.
Ле Зуан беспощадно раскритиковал революционную наивность Пол Пота и подарил ему книгу Ленина «Детская болезнь левизны в коммунизме». Глубоко оскорбленный Пол Пот затаил обиду на своего вьетнамского коллегу. Вьетнамский отчет о беседе Ле Зуана с Пол Потом заканчивался многозначительной фразой: «Пол Пот покинул встречу, не проронив ни слова». Но в тесном кругу соратников Пол Пот все же проговорился: «Мы должны полностью порвать с Вьетнамом».
В конце 1960-х годов между вьетнамскими и кхмерскими коммунистами вновь проявились серьезные противоречия. Вьетнамцы придерживались плана поэтапной социалистической революции в странах Индокитая: в первую очередь — во Вьетнаме, затем — в Лаосе и напоследок— в Камбодже. ПКК выступала за немедленную революцию в Камбодже.
Несмотря на возражения вьетнамцев, ведомая Пол Потом ПКК предприняла первую попытку самостоятельного вооруженного восстания. Поводом послужили волнения среди этнических меньшинств Камбоджи, начавшиеся в феврале 1967 года. «Лесные племена» проявляли недовольство политикой ассимиляции, проводившейся королевским правительством, которое старалось приобщить их к цивилизации. В марте 1967 года партийная конференция ПКК оценила обстановку как революционную ситуацию и одобрила курс на «вооруженное восстание против правящего класса Камбоджи».
Об этих планах ПКК вьетнамцы узнали только в октябре 1967 года, когда случайно перехватили письмо Пол Пота китайскому руководству, в котором говорилось о намерении кхмерских коммунистов развернуть в Камбодже народную войну. Такой оборот дела не на шутку встревожил вьетнамцев, которые потребовали от кхмеров отчета о своих действиях. Камбоджу посетили эмиссары ЦК ПТВ, которые тщетно пытались убедить Пол Пота отказаться от преждевременного восстания.
Как раз в это время Сианук, предвидя победу коммунистов во Вьетнаме и желая подстраховаться на будущее, разрешил поставки оружия из ДРВ в Южный Вьетнам через камбоджийскую территорию. Две трети всего оружия, проходившего в те годы через камбоджийский морской порт Сиануквиль, предназначались для коммунистических партизан Южного Вьетнама. На территории Камбоджи создавались склады, госпитали и тыловые базы южновьетнамских партизан. И в этих условиях Пол Пот затеял революцию, которая могла стать поводом для вторжения американских войск в Камбоджу. Это сделало бы невозможным проведение вьетнамскими соединениями крупномасштабных боевых операций в густонаселенных районах Южного Вьетнама.