В составе КПНЕК «красные кхмеры» получили ряд важных постов: Кхиеу Самфан — вице-премьера и министра обороны; Ху Ним — министра информации; Ху Юн — министра внутренних дел; Тхиун Мум — министра экономики и финансов; Чау Сонг — министра по особым поручениям; Тхиун Прасит — министра координации национальной борьбы; Чан Юран — министра образования (позже его заменила Йенг Тхирит); Чу Чет — министра по религиозным и социальным делам.
23 марта 1972 года был объявлен состав Высшего военного командования НОАК, полностью состоявший из «красных кхмеров»: Кхиеу Самфан (председатель), Пол Пот (командующий), Со Пхим (заместитель командующего), Нуон Чеа (начальник политического отдела), Та Мок (начальник службы снабжения), Сон Сен (начальник генерального штаба), Сок Тхуоть (начальник службы безопасности). Все входившие в Высшее военное командование были членами или кандидатами в члены ЦК Коммунистической партии Кампучии.
Йенг Сари с 20 октября 1971 года находился в Пекине в качестве специального представителя внутренней части НЕФК. Фактически он стал выполнять функции посланника «красных кхмеров» по иностранным делам.
Полная поддержка заявлению Сианука о начале вооруженной борьбы против режима Лон Нола была выражена правительством Демократической Республики Вьетнам 24 марта, а Временным революционным правительством Южного Вьетнама — 26 марта 1970 года. После этого вьетнамцы начали переговоры с «красными кхмерами» о формах и методах вооруженной борьбы в Камбодже, в которой, как предполагалось, за вьетнамцами сохранялась бы руководящая и направляющая роль. Но «красных кхмеров» не устраивала подобная перспектива.
На переговорах в Ханое Пол Пот отклонил предложение руководства ДРВ о создании смешанного военного командования в Камбодже. Радикальное руководство «красных кхмеров» предпочитало самостоятельность и независимость своих действий.
В июне 1970 года Пол Пот перенес штаб-квартиру «красных кхмеров» из приграничного с Вьетнамом района в глубь страны. В октябре 1970 года на заседании ЦК ПКК было принято решение: «Строго придерживаться во всех отношениях позиции независимости и суверенитета, опоры на собственные силы и ответственности за собственную судьбу. Вопрос о солидарности с Вьетнамом отделить от позиции независимости, суверенитета и постоянной бдительности».
«Красные кхмеры» отказались подчинить свою тактику боевых действий решению стратегических задач вьетнамцев в Южном Вьетнаме. Кроме того, лидеры «красных кхмеров» предупредили вьетнамцев о недопустимости проведения подрывных действий среди кампучийцев и бойцов революционной армии, намекая на провьетнамскую агитацию, которую вели примерно тысяча иссараковцев, прибывших в Камбоджу после многолетнего сидения в Северном Вьетнаме.
В мае 1971 года ЦК ПКК напечатал брошюру, в которой подчеркивалась вторичность иностранного участия в кампучийской революции. В июле 1971 года в джунглях на севере Камбоджи прошла партийная конференция, делегаты которой единодушно подтвердили, что только руководители ПКК «имеют право контролировать все аспекты кампучийской революции». В состав ЦК партии не избрали ни одного иссараковца или симпатизировавшего Вьетнаму члена ПКК. 30 сентября 1971 года состоялся очередной съезд ПКК, в решениях которого Вьетнам объявлялся опасным врагом. С этого времени начинается постепенное вытеснение провьетнамских элементов из руководящих структур «красных кхмеров».
22 декабря 1972 года в Пекине в госпитале скончался патриарх кхмерского коммунистического движения Сон Нгок Минь, которого, по одной из версий, отравили лазутчики «красных кхмеров». В Ханое прошла пышная церемония его похорон. Смерть Сон Нгок Миня стала своеобразным сигналом к началу открытого давления на иссараковцев, девяносто процентов которых было направлено на перевоспитание в сельскую местность в глухие отдаленные районы Камбоджи.
Дело дошло до того, что иссараковцы не чувствовали себя спокойно даже во Вьетнаме. В 1973 году Йенг Тхирит, руководившая находившейся в Ханое радиостанцией «красных кхмеров», уволила сотрудников, заподозренных в чрезмерных симпатиях к Вьетнаму.
Ханой почти не вмешивался в межфракционную борьбу среди «красных кхмеров». Для вьетнамцев было крайне важным сохранение партнерских отношений с ними в преддверии решающих боев по уничтожению проамериканского режима в Южном Вьетнаме. Но в беседе с послом СССР в Хнное Ильей Щербаковым генеральный секретарь ЦК ПТВ Ле Зуан и признал: «Инициатива в камбоджийских делах не в наших руках».