В возрасте двенадцати лет Золя был еще в восьмом классе. Хотя он и был невелик для своего возраста, там он выделялся, будучи на голову выше всех малышей. Он был близорук, краснел, когда с ним заговаривали, в общем, был он из таких, кого обычно называют маменькиными сынками, и действительно, положение усугублялось еще его матерью и бабушкой, которые каждый день приходили проведать мальчика. Среди жителей Экса он выделялся акцентом и к тому же шепелявил и, что хуже всего, был очевидным образом весьма беден. Он жил в бедном районе около Понде-Беро, а когда его мать переехала на улицу Беллегар, ситуация не стала намного лучше. Хотя семья меняла жилье и вела нелегкий образ жизни, он сам жил в убежище вымышленного, играя на берегах Торса среди беззаботных мечтаний о животных и цветах. В возрасте семи с половиной лет он все еще плохо знал алфавит, но в двенадцать он начал исторический роман, основанный на «Истории крестовых походов» Мишо, и Поль, став его другом, открыл новый мир фантазий и интересов. В свободные от занятий праздничные дни они отправлялись в те места, где Золя играл ребенком. Истинные городские дети, они не боялись, когда в них бросали камни. (Золя тоже пережил нападение на него: когда ему было пять лет, в 1845 году, его родители прогнали слугу-араба, подростка двенадцати лет, за попытку причинить насилие ребенку.)
Отец Золя, чьи предки были выходцами из Зары в Далматин и который сам был венецианцем, был романтиком с огромным вкусом к жизни. Однажды он увидел девушку лет девятнадцати, выходившую из церкви, влюбился, побежал за ней и женился. Она была гречанка с острова Корфу. После завоевания австрийцами Венеции Золя перебрался в Австрию, потом в Голландию и Англию. В двадцать шесть лет он прокладывал в Австрии одну из первых в Европе железных дорог, позже он служил офицером в Иностранном легионе в Алжире, но вынужден был спешно покинуть его ввиду приключившейся с ним любовной истории. Приехав в Марсель в 1833 году, он поселился в окрестностях и разрабатывал множество грандиозных прожектов, среди которых его внучка упоминает следующие: «план фортификации Парижа; использование разных машин для вычерпывания земли — предшественник наших паровых землечерпалок; строительство нового порта в Марселе и, наконец, план, который был в действительности претворен в жизнь, — канал для снабжения Экса питьевой водой во время засух».
Эмиль родился в Париже в апреле 1840 года и был привезен в Экс в 1843-м, когда его отец поселился там со своей новой женой (которая по случайности носила в девичестве ту же фамилию, что и мать Поля, — Обер). В следующем году королевский декрет утвердил строительство канала, и наконец в феврале 1847 года план во всех деталях был принят. Была основана компания с капиталом в 600 тысяч франков. Но беспокойный и непредусмотрительный инженер, измотанный долгой борьбой, подхватил воспаление легких и умер в Марселе 27 марта 1847 года в возрасте пятидесяти двух лет. Золя навсегда запомнил комнату в гостинице на улице Арбре, где он увидел тело отца, и в течение многих лет самое слово «смерть» сокрушало его.
Канал был прорыт, он и по сей день действует, плотина в его начале носит название «Плотина Золя», а в Эксе один бульвар назван именем Франсуа Золя. Но вдова его наследовала весьма немного — в основном массу долгов и судебных предписаний. Она решительно боролась за выправление ситуации, прибегнув к помощи своих родителей, которые переехали в Экс, дабы соединиться с ней.
После того как Эмиль прошел начальную школу и пансион при соборе Нотр-Дам, его в октябре 1852 года отдали в Коллеж Бурбон, то есть в то же время, что и Поля.
Гаске передает нам, что Поль говорил позже: «В школе Золя и я считались феноменами. Я запросто в два счета мог выучить сотню латинских стихов, я был вполне деловым человеком, когда был молод. Золя совершенно ничем не интересовался. Он мечтал. Он был абсолютно необщителен, этакий меланхоличный бедняк. Знаете, того типа, который ребята обычно ненавидят. Без всяких на то оснований они его травили. И с этого началась наша дружба. Вся школа, большие ребята и малыши, устроили мне как-то взбучку за то, что я не участвовал в их остракизме. Я плевал на них — подошел и поговорил с ним, как обычно. Славный товарищ. На следующий день он принес мне корзину яблок. Вот они откуда, яблоки Сезанна! Они восходят к старинному времени».
Как обычно, записи Гаске не вполне точны, но суть передана правильно, вне всяких сомнений. Экские мальчишки дразнили Золя Марсельцем и Франком (Franciot).