Іван Жахлівы застаўся пад Полацкам яшчэ на некалькі дзён, выдаючы шэраг распараджэньняў наконт адбудовы і арганізацыі абароны гораду. За ўсімі працамі мусілі сачыць Петар Зайцаў і дзяк Барыс Шчэкін. Спачатку яны засяроджваліся ў асноўным на рамонце ўмацаваньняў Замку, які ўсё часьцей называўся Верхнім або Высокім. Асаблівая ўвага зьвярталася на аднаўленьне вежаў і брамаў. Апошніх мусіла быць цяпер чатыры: Вусьціцкая (Вусьцейка), Вялікая (даўняя безыменная, якая выходзіла на спалены Вялікі пасад), Сафійская і Багародзіцкая. На спаленых тэрыторыях Вялікага пасаду ўжо не адбудоўвалі гораду. Царскія камандзіры, якія патрапілі тады пад Замак, палічылі, што яго трэба перанесьці за раку Палату. Такім чынам на правым беразе Палаты паўстала т. зв. Запалоцьце. Аднак нельга было пакідаць Верхні Замак без абароны з усходняга боку. Найверагодней, ужо ў наступным годзе на папялішчах Вялікага пасаду пачалі ўзводзіць новы замак, які з часам сталі называць Стралецкім Замкам.
Цар не забыўся забясьпечыць крэпасьць адпаведнай колькасьцю абаронцаў. Ужо ў лютым 1563 г. князі Шарамецеў, Сярэбраны і Шуйскі былі абавязаныя вылучыць са сваіх палкоў пэўную колькасьць «баярскіх дзяцей» і стральцоў, якія пасяліліся б у Верхнім Замку разам зь сем’ямі і складалі яго залогу. Іншыя баяры мусілі даць людзей для абароны гораду. Адначасова выбралі сотнікаў, гараднічых, вызначылі сыстэму вартаваньня, мабілізацыі на выпадак атакі і прызначылі адказных за догляд за асобнымі ўчасткамі ўмацаваньняў. Мяшчанам дазволілі жыць толькі на тэрыторыі Запалоцьця, але толькі частку зь іх складалі даўнія жыхары Полацку. Большасьць складаў элемэнт, прыбылы з суседніх царскіх уладаньняў. Недавер кіраўніцтва маскоўскай дзяржавы да былых падданых Жыгімонта Аўгуста праявіўся ў загадзе, каб
людзей літоўскіх у горад [тут — у Высокі Замак — Д. К.], як прыежджых, так і тутэйшых (…) аднолькава не пускаць, а калі будзе якое вялікае сьвята, то тых, што просяцца ў сабор сьв. Сафіі, мудрасьці Божай, людзей літоўскіх можна пусьціць у горад, але няшмат, зборышча тады зрабіць вялікае ў горадзе, камандзіраў на ўсе месцы паставіць і пільнаваць, каб бязь ведама баяраў і бяз прыстава ніводзін літоўскі чалавек, шляхціц ці мяшчанін, не хадзіў.
Аднак тых літоўскіх людзей у Полацку не магло быць шмат. Як ужо згадвалася, амаль усіх жыхароў Полацку выслалі да розных, далёкіх ад мяжы гарадоў.
Лёс палонных у маскоўскай няволі ў той час быў страшны. Дзясяткі іх ня раз цягам аднаго дня гінулі ў жудасных турэмных лёхах, іх прадавалі і дарылі, быццам мёртвыя прадметы ці быдла. Літоўскіх татараў, якія адмаўляліся прыняць праваслаўе, тапілі, польскіх палонных цар разам з коньмі і птушкамі слаў у падарунку хану, іх прадавалі на рынках, нібы свойскую птушку групамі па дзесяць зь нечым і больш паганскім пасланцам і купцам.
Толькі шляхта магла разьлічваць на крыху лепшае абыходжаньне, бо ў тым выпадку была надзея атрымаць водкуп. Але і зь яе часам зьдзекаваліся, а на яе лёсе адбіваўся няўдалы паварот перамоваў ці паразы царскіх войскаў. Польскі бок не сьпяшаўся з выкупам палонных, бо таксама цар часам выстаўляў розныя дзіўныя патрабаваньні. У такім становішчы мала каму ўдалося вярнуцца ў Літву.
Ваявода Станіслаў Двойна адпакутаваў у няволі чатыры гады, пакуль яго не абмянялі на маскоўскага ваяводу Чэмкіна, аднак жонка Двойны, Пэтранэла Радзівілаўна, памерла ў няволі.
Частка полацкай шляхты здолела ўцячы зь зямель, што апынуліся пад пагрозай царскага нашэсьця, і схавалася далей у Літве. Іншыя ратаваліся, прымаючы царскае падданства, але гэта не давала поўнай бясьпекі. Кожны мог быць сасланы ўглыб маскоўскай дзяржавы, а летам 1567 г. царскія жаўнеры забівалі насельніцтва цэлых вёсак, западозраных у сымпатыях да караля. Амаль няспынныя ваенныя дзеяньні і некалькі эпідэмій дапоўнілі спусташэньне Полаччыны. Урэшце вайна і царскія загады прывялі да заняпаду Полацку. З найвялікшага ў Літве гандлёвага і рамесьніцкага цэнтру ён стаў амаль выключна памежнай маскоўскай крэпасьцю.