Пасьля вяртаньня ў Кракаў Батура склікаў на 1 сьнежня раду сэнату, якая мелася заняцца пытаньнем фінансавага забесьпячэньня кампаніі. Потым ён скіраваўся праз Горадню ў Вільню, дзе плянаваў сачыць за канчатковай стадыяй ваеннай падрыхтоўкі. Падчас падарожжа, у студзені і ў пачатку лютага 1579 г., ён прыняў канчатковыя рашэньні, якія тычыліся арганізацыі коньніцы і пяхоты, г. зн. вярбаваньня, памераў узнагароджаньня, раёнаў канцэнтрацыі, выдачы мабілізацыйных прадпісаньняў і да т. п.
Падрыхтоўка да вайны набыла хутчэйшы тэмп, пераходзячы ад фазы збору грошай і запасаў у фазу набору жаўнераў. У такім становішчы ўсё большае значэньне набывала пытаньне камандаваньня ўзброенымі сіламі.
Зразумела, рашэньне Батуры асабіста ўдзельнічаць у кампаніі азначала, што ён будзе галоўнакамандуючым. Кароль несумненна належаў да кола найвыдатнейшых вайскаводцаў і стратэгаў тагачаснай Эўропы. Свой ваенны досьвед ён здабыў у шматлікіх грамадзянскіх войнах у Вугоршчыне і баёх з Габсбургамі. Акурат гэты ваенны досьвед і быў адным з аргумэнтаў на карысьць яго абраньня каралём. Аднак трэба было прызначыць гетманаў, якія ў той час не выконвалі сваіх функцый пажыцьцёва і якія маглі б падтрымаць манарха як падчас кампаніі, так і ў працаёмкай падрыхтоўцы да вайны.
2 лютага 1579 г. у Варшаве Батура прызначыў вялікім гетманам каронным падольскага ваяводу Мікалая Мялецкага. Паводле Р. Гайдэнштайна, ваявода
адгаворваўся нездароўем і іншымі клопатамі, але нарэшце гетманства (…) прыняў.
Адмова сэнатара прыняць нейкую функцыю і ўвесь цырыманіял нават са шматразовымі намовінамі ў той час добра ўспрымаўся. Ён папросту належаў да тагачасных звычаяў. Зь іншых крыніц вядома, што насамрэч Мялецкі дабіваўся камандаваньня каронным войскам.
Прыдворнай коньніцай камандаваў амаль ад пачатку панаваньня Сьцяпана Батуры гнезьненскі кашталян і прыдворны гетман Ян Збароўскі. Вугорскія войскі кароль аддаў пад камандаваньне свайму земляку Касьперу Бэкешу. Камандаваньне пяхотай і нямецкай коньніцай прыняў палкоўнік Крыштап Разражэўскі. Вялікім літоўскім гетманам быў Мікалай Радзівіл Руды, а яго сын Крыштап заставаўся палявым гетманам. Такім чынам, як заўважыў Г. Катарскі,
на галоўным тэатры ваенных дзеяньняў было аж шэсьць вышэйшых вайскаводцаў з амаль раўнапраўнымі кампэтэнцыямі.
3аставаўся яшчэ палявы гетман каронны Мікалай Сіняўскі з кварцяным войскам і нядаўна прызначаны казацкі гетман Міхал Вішнявецкі, які камандаваў 530 рэестравымі казакамі. Яны павінны былі сьцерагчы Украіну і Падольле, таму ня ўзялі ўдзелу ў маскоўскай кампаніі.
Зразумела, занадта вялікая колькасьць вайскаводцаў магла ствараць пэўныя цяжкасьці падчас кампаніі, але, з другога боку, кожны зь іх меў вялікі вайсковы досьвед і мог камандаваць самастойнымі дзеяньнямі.
Вялікі гетман каронны Мікалай Мялецкі ў маладосьці быў на двары імпэратара Фэрдынанда ў Вене, а потым наведаў некалькі краін Заходняй Эўропы, атрымаўшы там адукацыю і добрыя манеры. У той час ён упершыню сутыкнуўся з вайсковай службай, калі ўдзельнічаў у 1555 г. у здабыцьці Сены імпэратарскімі войскамі. Вярнуўшыся ў краіну, ён быў прыняты ў шэраг прыдворных Жыгімонта Аўгуста падчас паходу на Пасволь (Пасваліс, Pozwol) у 1557 г. Празь некалькі гадоў ён біўся ў шэрагах каронных войскаў, якія падмацоўвалі ліцьвінаў у змаганьні з Масковіяй за Лівонію. Парадніўшыся шлюбам з Радзівіламі, ён атрымаў у 1567 г. войніцкае кашталянства, а неўзабаве — падольскае ваяводзтва.
Як самастойны вайскаводца Мялецкі праславіўся пад час інтэрвэнцыі ў Малдавію ў 1572 г. Хоць ён і не паставіў польскага кандыдата на тамтэйшы трон, але ў небясьпецы з боку большых турэцкіх сілаў адзначыўся вялікай вытрымкай і развагай, бясьпечна вывеўшы сваіх жаўнераў з-пад Ясаў да Хоціму. У час першага і другога бескаралеўя ахоўваў разам з гетманам Сяняўскім Украіну і Падольле ад татарскіх набегаў. Пра яго папулярнасьць сярод шляхты сьведчыць тое, што яго згадвалі як аднаго з прэтэндэнтаў на польскую карону. Батура ацаніў ваенны досьвед падольскага ваяводы, прызначаючы яго гетманам, хоць Мялецкі зь непрыхаванай непрыязнасьцю ставіўся да кандыдатуры ўладара Трансыльваніі.
Прыдворны гетман Ян Збароўскі належаў да адной з найбольш знакамітых магнацкіх сем’яў у тагачаснай Рэчы Паспалітай. Ён быў трэцім сынам Марціна, кракаўскага кашталяна, а вайсковую службу распачаў у першыя гады панаваньня Жыгімонта Аўгуста. На пасвольскую кампанію ў 1557 г. ён зьявіўся на чале коннай роты, пасьля чаго ў 1560-я гг. ваяваў у дапаможнай арміі, якую Карона паслала ў Вялікае Княства Літоўскае (у тым ліку пад Невелем). Атрымаўшы ад Батуры гнезьненскае кашталянства і годнасьць прыдворнага гетмана, ён даказаў свае таленты падчас вайны з Гданьскам. Пад Любяшовам ён здабыў выдатную перамогу, адолеўшы ў некалькі разоў большыя сілы Гданьску, чым даказаў сваю адпаведнасьць усім патрабаваньням, якія ставяцца перад самастойнымі вайскаводцамі.