Большой террор вихрем пронесся по «красным профессорам», поскольку те были в той или иной мере близки ко многим «лидерам» различных оппозиций и уклонов в партии. Чистки непосредственно коснулись и нового центра исторической науки – Института истории. Сначала шли аресты рядовых сотрудников. Так, в одном Ленинградском отделении из 20 сотрудников арестовали 14, затем добрались и до руководства. Сначала отстранили, а затем арестовали первого директора – Н. М. Лукина (впоследствии расстрелян). Ему на смену был назначен историк «старой школы» Б. Д. Греков, специалист по русскому феодализму с сомнительной для новой власти биографией. Дело в том, что в годы Гражданской войны он работал в университете в Крыму, находившемся под властью белых. Грекова арестовывали и по «академическому делу», но по неизвестным причинам не репрессировали.
Если верить воспоминаниям его ученика Г. А. Абрамовича, Б. Д. Греков глубоко переживал аресты своих сотрудников, порой не вполне понимая логику происходящего:
Абрамович… неоднократно вспоминал, как он пришел страшным утром конца марта – начала апреля 1937 г. в кабинет директора ЛОИИ Б. Д. Грекова: накануне ночью были арестованы несколько сотрудников Института… Потрясенный событиями Греков, сидевший на своем рабочем месте, обхватив голову руками, обратившись к Абрамовичу и указывая на портрет Сталина, традиционно украшавший стены кабинета, воскликнул: «Вы же партийный человек, объясните мне, что ему надо!»
Знамением времени стало переиздание сочинений классиков дореволюционной исторической науки. Вышли в свет курсы лекций В. О. Ключевского, А. Е. Преснякова и С. Ф. Платонова. Вновь была опубликована монография С. Ф. Платонова «Очерки по истории смуты в Московском государстве XVI–XVII вв.». Публикации сопровождались введениями, где с марксистских позиций разъяснялись основные методологические «ошибки» авторов.
Переходу к новой концепции отечественной истории мешало наследие М. Н. Покровского. Для его дискредитации официально было объявлено, что характерной чертой «школы М. Н. Покровского» был «вульгаризаторский» взгляд на историю, а из‐за многочисленных методологических, фактических и политических ошибок самого историка и его учеников их труды не могут считаться марксистскими. В учебных и научно-исследовательских заведениях началась активная борьба с «представителями» «школы М. Н. Покровского», многие из которых, как это ранее случилось с историками «старой школы», были репрессированы. Ведущие специалисты, в том числе бывшие ученики М. Н. Покровского по Институту красной профессуры, подготовили два сборника с говорящими названиями: «Против исторической концепции М. Н. Покровского» (1939) и «Против антимарксистской концепции М. Н. Покровского» (1940).
Целью сборников являлась «зачистка» концептуального наследия свергнутого кумира. Теперь его интерпретация отечественной истории считалась чрезмерно нигилистической. В изданиях принимали участие как «историки старой школы», так и непосредственно ученики самого М. Н. Покровского. Авторы подчеркивали прогрессивную роль централизованного государства (С. В. Бахрушин), а Иван Грозный представал завершителем дела централизации (К. В. Базилевич). Патриотической реинтерпретации подверглась и история Смуты. Если ранее Минин и Пожарский считались контрреволюционерами, то теперь подчеркивалась связь Лжедмитрия с Польшей, а ополчение рассматривалось как проявление национального патриотизма (А. А. Савич). Культ сильного государства и государственного лидера утверждался в статье о Петре I (Б. Б. Кафенгауз). В. И. Пичета писал о народной войне, победившей Наполеона в 1812 году.