После Октябрьской революции его карьера резко пошла вверх. Он стал важным руководителем науки и образования в Советской России: заместителем наркома просвещения РСФСР (1918–1932), председателем президиума Социалистической (Коммунистической) академии, ректором Института красной профессуры, председателем Общества историков-марксистов, заведующим Центрархивом РСФСР и СССР. Разумеется, именно ему было уготовано место главного историка страны. Стержнем его исторической концепции стала теория торгового капитализма, которому противостоял промышленный (производительный) капитал. Согласно его теории, многое в русской истории с древнейших времен объяснялось интересами торгового капитализма. С точки зрения Покровского, на протяжении большей части русской истории государство обслуживало интересы торгового капитализма: «В мономаховой шапке ходил по русской земле именно торговый капитал, для которого помещики и дворянство были только агентами, были его аппаратом». В качестве популярного пособия по истории он опубликовал «Русскую историю в самом сжатом очерке» (1920–1923), одобренную самим В. И. Лениным.
Пожалуй, главной задачей исторических трудов М. Н. Покровского стало разоблачение монархической и буржуазной историографии. Русских монархов он рисовал людьми недалекими и полностью лишенными исторической субъектности. Так, о Петре I, одном из ключевых героев-символов дома Романовых, он беспардонно писал:
Царь умер от последствий сифилиса, полученного в Голландии и плохо вылеченного тогдашними медиками. При гомерическом пьянстве петровского двора и лучшие врачи, впрочем, едва ли сумели бы помочь.
С нескрываемым удовольствием разрушал он и миф об особой, цивилизующей роли Российской империи на национальных окраинах, подчеркивая колониальный характер территориальных захватов на Кавказе, в Сибири и Средней Азии. Согласно Покровскому, русская буржуазия и помещики пытались решить свои экономические проблемы через эксплуатацию этих территорий. Великодержавие империи также ставилось им под сомнение. Оценивая общий итог экономического развития России, историк приходил к выводу, что, несмотря на отдельные достижения, русская экономика носила «полуколониальный» характер, служа поставщиком сырья и рынком сбыта для ведущих западных держав.
Старая академическая элита оценивала нового классика крайне негативно. С. Ф. Платонов за глаза называл его «гнусом», а однокашники по Московскому университету говорили о нем как о «позоре московской исторической школы», но вынуждены были сотрудничать со всесильным «комиссаром образования и науки».
Революция и Гражданская война тяжело сказались на академическом корпусе: профессура резко обеднела, несколько известных ученых, в том числе историков, скончались от голода и болезней. Немало ученых эмигрировало. Большевики смотрели на старую профессуру как на своих потенциальных противников. Та, в свою очередь, не была склонна принимать новую власть, которую винила ни много ни мало в конце российской науки и культуры. Новая власть тоже не собиралась мириться со своими антагонистами, о чем свидетельствуют знаменитые «философские пароходы» 1922 года. Сильным ударом по научно-исторической среде дореволюционной России стало закрытие историко-филологических факультетов.
Однако немало было и точек соприкосновения. Ученые продолжали следовать этосу служения государству, обществу и культуре, то есть видели себя в качестве хранителей знания в условиях апокалипсиса. Многие думали, что большевики долго не продержатся. В свою очередь, новые власти не могли сразу отказаться от «старых спецов» и готовы были работать со всеми, кто проявит хотя бы видимую лояльность, которая, в свою очередь, покупалась просто: в условиях разрухи новая власть становилась единственным источником дохода и пропитания.
Большевики смотрели на науку в том числе и как на витрину нового строя. Так, они использовали 200-летний юбилей Академии наук в 1925 году для того, чтобы продемонстрировать всему миру, что наука в СССР не разрушена и даже процветает, более того – молодое Советское государство стремится строить новое общество на научных основах. На юбилей были приглашены иностранные гости, а мероприятия широко освещались в прессе. В июле 1928 года в Берлине была проведена неделя советских историков и выставка «Историческая наука в Советской России 1917–1927 гг.». На ней советская власть стремилась показать терпимость к инакомыслию и, в частности, к «историкам старой школы».