Материалы «Сёку нихонги» использовались и цитировались средневековыми авторами. Однако обычно ссылка идет не непосредственно на «Сёку нихонги», а на «официальные национальные истории» (кокуси). Дело в том, что после того, как Сугавара Митидзанэ (845–903) составил «Руйдзю: кокуси», где статьи «шести официальных хроник» (риккокуси) были распре-делены в соответствии с принятой им рубрикацией, средневековые авторы обычно пользовались не оригиналами хроник, а работой Митидзанэ. Кроме того, следует иметь в виду, что, за исключением «Нихон секи», где повествуется о начале мира и становлении японского государства, остальные хроники воспринимались не как самостоятельные произведения, а как одно сочинение. Представляется важным и следующее соображение: японское средневековье ценило историю (исторический прецедент), но сформировавшаяся к тому времени система управления воспринималась элитой как имевшая мало общего с институтами и структурами периода раньше IX–X вв. — более ранняя история представлялась слишком чуждой, а бурные события политической истории VIII столетия давали мало оснований для того, чтобы посчитать этот век «золотым». В то же самое время «Сёку нихонги» продолжали читать и переписывать. Так, из дневника императора Ханадзоно (1297–1348) известно, что он читал хронику. Но так же ясно, что количество списков, находившихся в реальном информационном обороте, было не так велико.
Правительство сёгуната Токугава уделяло большое внимание копированию, сохранению и изданию старых рукописей. Большую роль в этом деле играл сам Токугава Иэясу (1542–1616). В 1612 г. ему была доставлена рукопись «Сёку нихонги», которая ранее находилась в знаменитом книгохранилище Канадзава Бумпо:. В этой рукописи отсутствовали первые 10 свитков. По распоряжению Иэясу эти недостающие 10 свитков были переписаны с другой рукописи и добавлены в этот список, который до сих пор считается одним из основных при любых современных изданиях «Сёку нихонги». После смерти Иэясу рукопись оказалась в княжестве Овари, где по инициативе Токугава в 1646 г. был составлен классифицированный по отдельным темам текст всех древних официальных хроник («Руйдзю: нихонги»). Поскольку в княжестве Мито был предпринят грандиозный проект по созданию «Истории великой Японии», требовалась огромная работа по приведению в порядок подготовительных материалов и источников. Известно, что Токугава Мицукуни (1628–1700), глава княжества Мито, сам проводил сверку текста «Сёку нихонги».
В период Токугава, когда политическая система древней Японии становится предметом научного изучения, «Сёку нихонги» попадает в поле зрения таких знаменитых ученых конфуцианского направления, как Огю: Со:рай (1666–1728) и Ито: То:гай (1670–1736). Ученые «национальной школы» (кокугаку) и, в первую очередь, Мотоори Норинага (1730–1801), также не обошли «Сёку нихонги» своим вниманием. Критикуя составителей «Нихон секи» за «китайщину» (карагокоро), Норинага в духе своих идеологических представлений ценил «Сёку нихонги» прежде всего за те императорские указы, которые были записаны по-японски (сэммё:). Его прочтение сэммё: до сих пор остается основой для их изучения.
В последующее время были предприняты значительные усилия по изучению «Сёку нихонги». Текст был издан ксилографическим способом, появлялись исследования и комментарии. После «обновления Мэйдзи» правительство, озабоченное конструированием национальной идеологии, придавало огромное внимание древним штудиям. Созданное при правительстве Историографическое управление (Сю:сикёку) активно занималось сбором и упорядочиванием источников. В 1887 г. при токийском Императорском университете было учреждено историческое отделение (сигакука), работа которого строилась в соответствии с принципами современной западной историографии и источниковедения.
В отличие от «Кодзики» и «Нихон секи», которые считались столпами «национального духа», хроника «Сёку нихонги» счастливо избежала чрезмерной идеологизации — содержащийся в ней разнообразный, разнохарактерный и разноречивый материал давал для этого гораздо меньше оснований.