Под рукой жандармов старой школы подрастало молодое поколение деятелей политического розыска, которым покровительствовал В. К. Плеве. Один из наиболее ярких его представителей, Г. П. Судейкин, развернул широкомасштабную вербовку внутренней агентуры «нового образца» из числа ренегатов революции. Их внедрение в организационные структуры нелегальных партий позволяло не только контролировать революционное движение, но и манипулировать им. Даже «провал» секретного сотрудника правительства был бы ему на руку, подтачивая силы революционного лагеря, сея в нем подозрительность и неуверенность в своих бойцах. Повальные обыски и скоропалительные аресты сменила тщательно продуманная филерская опека над объектом наблюдения, предварительное установление его связей и т. д. При самой массовой ликвидации о ком-то намеренно забывали — свечу оставляли гореть на подоконнике, увлекая все новые жертвы в искусно расставленные сети. Результаты не заставили себя ждать. К середине 80-х «Народная воля» была разгромлена и организация подобного масштаба (ПСР) смогла появиться лишь в начале XX в.
Революционное движение не ограничивалось Петербургом и Москвой, что требовало реформирования структуры политического сыска. В 1902 г., по образу и подобию столичных, были образованы Охранные (розыскные) отделения в губернских городах. Их начальники являлись офицерами Корпуса жандармов, «в строевом отношении прикомандированные к жандармским управлениям», фактически подчинялись Департаменту полиции. Такое положение вещей, позволявшее Департаменту эффективно координировать деятельность сыска в масштабах империи, нередко вызывало серьезные проблемы во взаимоотношениях местных органов политической полиции, негативно влиявшие на их взаимодействие.
Во вновь созданных структурах сосредоточивалась розыскная работа, их важнейшими подразделениями являлись агентурные отделы. Оперативно реагировать на все изменения в революционном лагере помогала налаженная система учета и обобщения информации (знаменитые «разноцветные» досье — красные карточки на эсеров, зеленые на анархистов и т. д.), обязателен был и обмен розыскными данными между заинтересованными учреждениями. Служба наружного наблюдения, созданная задолго до организации Департамента полиции, была централизована с появлением в 1894 г. при Московском охранном отделении Летучего отряда филеров.
С увеличением значения в деле политического розыска охранных отделений усиливается соперничество между ними и ГЖУ. Конфликтные ситуации вызывались нередким несоответствием чина и властных полномочий, а также тесным переплетением служебных функций представителей ГЖУ и ОО. Руководители охранных отделений, которые являлись офицерами Корпуса жандармов, в строевом отношении были подчинены начальникам ГЖУ. Начальники ГЖУ (обычно полковники или генерал-майоры), в свою очередь, в служебном отношении нередко подчинялись младшим по чину начальникам ОО. Функции ГЖУ (наблюдательная деятельность и проведение дознаний) и ОО (розыскная работа) формально были разведены, однако на практике отделить одно от другого оказывалось невозможно, да и нецелесообразно.
Революционный 1905 год принес новые проблемы, вплоть до таких трудновообразимых, как едва не разразившаяся стачка филеров. Глава петербургской охранки А. В. Герасимов вспоминал: «Когда летом 1905 года один из них был убит на окраине города революционерами, то остальные пытались устроить совещание и выработать требования, чтобы их не заставляли ходить в рабочие предместья, особенно по ночам…»[3].
Положение усугублялось тем, что осенью 1905 г. ЦК Партии социалистов-революционеров — одного из приоритетных объектов внимания политической полиции — сообразуясь с новыми политическими реалиями (Манифест 17 октября, подготовка к созыву Государственной думы), принял решение приостановить террористическую деятельность и распустить Боевую организацию. Вскоре, в связи с установкой I общепартийного съезда (декабрь 1905 — январь 1906) на вооруженное восстание, в преддверии которого вновь возрастало значение террора как фактора дезорганизации власти и агитационного воздействия на массы, БО была восстановлена. Непоследовательный курс руководства ПСР вызвал к жизни множество оппозиционных групп эсеровского толка (в 1906 г. они объединились в Союз эсеров-максималистов), а их несогласие с тактической линией ЦК привело к взрыву терроризма, который приобрёл децентрализованный характер.