Полиции очень скоро стало известно о деятельности Нечаева, и во избежание ареста, Нечаев бежал за границу, предварительно распространив слух, что он арестован и заключен в Петропавловскую крепость. А затем из за границы он написал товарищам, что ему при отправке из Петропавловской крепости в Сибирь удалось бежать. Этим он хотел, во-первых, поднять свой революционный престиж среди студентов, надеть на себя корону героя и мученика, а, во-вторых, вызвать этим возмущение против правительства. Нечаев собирался вскоре вернуться в Россию и стать там лидером революционного движения. Попав в эмиграцию, Нечаев стал искать поддержку у эмигрантов-революционеров, имена которых были широко известны в России и любимы молодежью.
Особенно Нечаев надеялся на помощь Михаила Бакунина, и он не ошибся в своем расчете. Бакунин, которому тогда было уже 56 лет, принял 22-летнего Нечаева с распростертыми объятиями и сразу подружился с ним. С большим воодушевлением Бакунин выслушал живой рассказ Нечаева об его аресте и побеге. И еще больше Бакунин воодушевился, когда Нечаев поведал ему тайну, что он стоит во главе большой революционной организации, которая послала его заграницу заручиться моральной поддержкой эмигрантов-революционеров, и в особенности его, Бакунина, которого они считают своим учителем.
Вся эта умелая ложь произвела на Бакунина сильное впечатление, и он сразу оказал Нечаеву свою, «моральную поддержку», выдав ему мандат от «Русского отдела Всемирного революционного Альянса», за номером 2771. На мандате была печать «Альянса» и подпись Бакунина. Так Нечаев, глава несуществующей революционной организации в России, получил от Бакунина мандат быть представителем «Всемирного революционного Альянса» который также существовал только на бумаге. Бакунин помог Нечаеву достать средства для издания брошюры, помог ему в выработке «Программы революционных действий» и в составлении «Катехизиса революционера». Через несколько месяцев Нечаев, снабженный мандатом, выданным ему Бакуниным, и «Катехизисом революционера», вернулся в Россию. «Катехизис революционера» состоял из 26 параграфов.
Первый параграф гласил:
«Революционер — человек обреченный: у него нет ни своих интересов, ни дел, ни чувств, ни привязанностей, ни собственности, или даже имени. Все в нем поглощено единственным исключительным интересом, единой мыслью, единой страстью — революцией».
Параграф четвертый «Катехизиса революционера» гласил:
«Революционер презирает общественное мнение. Он презирает и ненавидит во всех ее побуждениях и проявлениях нынешнюю общественную нравственность. Нравственно для него все то, что способствует торжеству революции. Безнравственно и преступно все то, что мешает ему».
Параграф седьмой гласил:
«Природа настоящего революционера исключает всякий романтизм, всякую чувствительность, восторженность и увлечение.
Она исключает даже личную ненависть и мщение. Страсть революционера, став в нем обыденностью, ежеминутностью, должна соединиться с холодным расчетом. Всегда и везде он должен быть не то, к чему его побуждают влечения личные, а то, что предписывает ему общий интерес революции».
Параграф двадцать третий гласил:
«Под революцией народною товарищество разумеет не регламентированное движение по западному классическому образцу — движение, которое, всегда останавливаясь с уважением перед собственностью и перед традициями общественных порядков так называемой цивилизации и нравственности, до сих пор ограничивалось везде низвержением одной политической формы для замещения ее другой и стремилось создать так называемое революционное государство. Спасительной для народа может быть только та революция, которая уничтожит в корне всякую государственность и истребит все государственные традиции, порядки и классы в России».
По возвращении на родину Нечаев поселился в Москве и сразу же приступил к осуществлению своего плана: создания строго централизованной тайной революционной организации, построенной на принципе строжайшей дисциплины и возглавляемой всесильным Центральным Комитетом из нескольких лиц. Члены Центрального Комитета должны быть диктаторами организации и обладать абсолютной властью. А остальные члены организации слепо исполняют все постановления Центрального Комитета. Вожди должны крепко держать в своих руках всех членов организации и не останавливаться ни перед чем для достижения своей цели.
В России Нечаев везде выдавал себя за агента всесильного Центрального Комитета. На самом деле всесильный Центральный Комитет — это был он сам, других лидеров в ЦК не было. Но ему удалось создать ряд революционных кружков, которые были всецело подчинены его диктатуре. И если кто-нибудь из членов кружка не хотел выполнять какое либо из его распоряжений, Нечаев грозил ему, что выдаст его Третьему Отделению, то есть царской Охране, указав на него как на опасного революционера. Для Нечаева все средства были хороши.
Он пользовался ложью, мистификацией и не останавливался даже перед убийством. Когда один член кружка, студент Иванов, не захотел слепо подчиниться Нечаеву, Нечаев организовал его убийство. Это повело к раскрытию организации. Сам Нечаев успел бежать за границу, но другие участники убийства Иванова были арестованы, судимы и приговорены к каторжным работам на разные сроки. (Как известно, революционная организация Нечаева и убийство Иванова послужили Достоевскому сюжетом для его романа «Бесы»).
На этот раз в кругах русской революционной эмиграции в Швейцарии отнеслись к Нечаеву с крайним недоверием, а когда стало известно об убийстве им Иванова, то его прямо обвинили в провокации. В конце концов, и Бакунин порвал с ним.
Нечаев вскоре был арестован в Цюрихе и выдан швейцарским правительством русскому правительству с тем, чтобы его судили только как уголовного преступника (за убийство Иванова). В 1873 году Московский окружной суд приговорил Нечаева к 20 годам каторжных работ. Нечаев был посажен в Алексеевский равелин Петропавловской крепости, где умер около 1882 года.