Во время войны П. К. Пономаренко входил в состав военных советов Западного, Центрального и Брянского фронтов, сохраняя также и пост Первого секретаря ЦК КП(б)Б. Как известно, именно в Белоруссии партизанское движение приняло наиболее широкий размах. Для координации и руководства партизанским движением на всех оккупированных территориях 30 мая 1942 года в Москве был создан Центральный штаб партизанского движения, который подчинялся Ставке Верховного Главнокомандования. Начальником этого штаба стал Пономаренко, получивший в 1943 году звание генерал-лейтенанта. Он немало потрудился над развертыванием партизанского движения, и не только в Белоруссии. В середине 1944 года Пономаренко вернулся к исполнению обязанностей Первого секретаря ЦК КП(б) Белоруссии, заняв также и пост Председателя Совета Народных Комиссаров БССР.
В 1948 году, когда позиции Маленкова в окружен Сталина стали укрепляться, Пономаренко перебрался Москву уже как один из секретарей ЦК ВКП(б). В Политбюро именно Маленкову Сталин поручил общее руководство сельским хозяйством, хотя Маленков имел о нем лишь самые поверхностные знания. Сталинская администрация делала главный упор не на производство, а на заготовки сельскохозяйственных продуктов, и Пономаренко, оставаясь секретарем ЦК ВКП(б), был назначен также и министром заготовок СССР. После XIX съезда Пономаренко вошел в состав расширенного Президиума ЦК КПСС, но в марте 1953 года он был выведен из Президиума, хотя и остался кандидатом в член этого высшего органа партийного руководства. Состав Совета Министров СССР в эти месяцы был также сокращен, а министерство заготовок ликвидировано. Тем не менее, по рекомендации Маленкова П. К. Пономаренко был назначен на пост министра культуры. Надо сказать, что, по свидетельству всех людей, знавших Пантелеймона Кондратьевича, он был человеком очень образованным, и потому назначение его министром культуры не вызвало никаких кривотолков. Но если Маленков явно благоволил к Пономаренко, то Хрущев относился к нему резко отрицательно и явно не хотел оставлять его в группе руководящих работников в Москве. (Сын Никиты Сергеевича, Сергей Хрущев, с которым отец часто беседовал на политические темы, и сейчас считает отношение Хрущева к Пономаренко довольно необычным. Как рассказывал автору книги Сергей Никитич, его отец обычно аргументировал свое отношение к тому или иному человеку, приводил разного рода конкретные факты. Между тем от разговоров о Пономаренко он уклонялся, ограничиваясь общими словами.)
Решение направить Пантелеймона Кондратьевича в Казахстан вряд ли открывало для него какие-то особые возможности. Иное дело Л. И. Брежнев. Новое назначение было для него переходом от фактического прозябания в Политуправлении Советской Армии и ВМФ к активной политической и хозяйственной деятельности. После недолгих сборов 52-летний Пономаренко и 47-летний Брежнев вылетели в Алма-Ату.
В сущности, у них не было ни времени, ни возможности познакомиться с республикой, ее проблемами и кадрами, так как уже 5 февраля 1954 года в Алма-Ате начал работу 9-й пленум ЦК КП Казахстана. Этот пленум обсудил вопрос «о ходе дальнейшего развития сельского хозяйства СССР» и принял постановление, главным пунктом которого являлся, естественно, пункт о подъеме целинных земель. Ни Пономаренко, ни Брежнев не выступали на этом пленуме, который тем не менее избрал по рекомендации ЦК КПСС П. К. Пономаренко Первым секретарем, а Л. И. Брежнева вторым секретарем ЦК КП Казахстана. Одновременно были освобождены от этих постов Д. Шаяхметов и И. Афонов. Еще через десять дней в Алма-Ате был досрочно созван VII съезд Компартии Казахстана, который ввел Пономаренко и Брежнева в состав ЦК КП Казахстана и признал работу прежнего руководства республики в области сельского хозяйства неудовлетворительной. Съезд одобрил политику по освоению целинных земель, хотя это и вызывало недовольство части казахского населения.