Статус и полномочия госкомитета прямо противоречили основной идее административной реформы - разделению правительственных ведомств на разработчиков отраслевой госполитики (министерства), госконтролеров (службы) и ведомств, оказывающих услуги (агентства). Госкомитет (ГК) - федеральный орган исполнительной власти, который одновременно осуществлял функции по выработке госполитики и нормативно-правовому регулированию, контролю и надзору, а также по оказанию государственных услуг и управлению госимуществом, «если это предусмотрено положением об указанном федеральном органе исполнительной власти».
Помимо этого госкомитеты располагали и другими полномочиями министерств - имели право вносить в правительство нормативно-правовые акты, предложения по федеральному бюджету (в части, касающейся сферы деятельности госкомитета). Особо было отмечено в сентябрьском президентском указе, что председатель ГК «пользуется иными правами федерального министра». В постановлении правительства, принятом в начале апреля 2008 года, закреплялись и развивались положения президентского указа, особенно в части закрепления за ГК полномочий всех трех уровней правительственных структур.
Однако при формировании новой структуры правительства была сделана ставка на отказ от ГК - имевшиеся два ведомства были преобразованы в агентства и подчинены соответствующим министерствам. Еще одна тенденция - сокращение числа агентств. В частности, в структуре правительства ликвидированы Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию (Росздрав), Федеральное агентство по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству (Росстрой), Федеральное агентство по промышленности (Роспром) и Федеральное агентство по энергетике (Росэнерго), а их функции переданы соответствующим министерствам. При этом процесс сокращения числа агентств не носил тотального характера. В частности, даже было создано Федеральное агентство по делам Содружества Независимых Государств (СНГ), подведомственное МИДу.
Между тем тенденция к выстраиванию вертикали подчинения в рамках правительства и отказ от самостоятельности агентств и служб просматриваются довольно четко.
В частности, если раньше главы министерств могли давать профильным ведомствам поручения и контролировать их исполнение, то в настоящее время они спускают сверху обязательные для исполнения указания. Кроме того, сокращение числа ведомств пока не завершено. Осенью должно состояться упразднение Федеральной регистрационной службы, Роснедвижимости и Роскартографии с передачей их функций переименованному Федеральному агентству по управлению госимуществом. Также правительство избавилось от еще одного рудимента - специализированного госучреждения в лице РФФИ, чьи функции были переданы ФАУГИ.
Практически сразу после обнародования состава правительства было объявлено о формировании его президиума, куда помимо вице-премьеров вошли несколько ключевых министров. Такой ход обусловлен логикой последних структурных изменений в исполнительной власти, в частности увеличением количества заместителей главы кабинета министров. За счет этого Владимир Путин дистанцируется от текучки, а также ограничивает прямой доступ к своей персоне второстепенным членам правительства, поскольку заседания этого органа в полном составе будут проводиться примерно раз в месяц. Экс-президент сосредоточится на решении стратегических задач, в то время как рутинные вопросы будут решаться на уровне его заместителей.
Другая задача формирования президиума - получение части полномочий, ранее закрепленных за президентом. Примечательно, что в состав президиума вошли главы Минобороны, МВД и МИДа, то есть ведомств, подчиненных непосредственно президенту РФ.
В пользу предположения о том, что Владимир Путин намерен сохранить полный контроль над силовым блоком, свидетельствует и факт назначения одного из лидеров силовиков Виктора Иванова главой Госнаркоконтроля.
Также следует отметить, что протеже Дмитрия Медведева, министр юстиции Александр Коновалов, не вошел в состав президиума, хотя раньше глава этого ведомства имел такую прерогативу. В частности, последний раз президиум правительства был сформирован в январе 2000 года во главе с тогдашним премьер-министром Владимиром Путиным. В его состав вошли шесть вице-премьеров, а также министр путей сообщения, глава
МИДа, руководитель аппарата правительства, руководители МВД и Минобороны, министр юстиции и министр экономики. Таким образом, новый путинский президиум копирует модель восьмилетней давности, за исключением МПС и Минюста. Кроме того, по сравнению с предыдущим вариантом к числу членов президиума добавились главы Минздравсоцразвития, Минрегиона и Минсельхоза.