В мае 1989 года он приехал с комиссией в Грузию, чтобы расследовать события 9 апреля. И хотя ситуация уже была урегулирована — именно Шеварднадзе начал вновь разжигать скандал вокруг нее, отменил введенное в Тбилиси чрезвычайное положение — и дал команду и возможность информационно атаковать и руководство республики, и армию за их действия по наведению порядка в городе.
Дело в том, что когда Горбачев забирал его в Москву, генсек поинтересовался, кого Шеварднадзе предлагает оставить во главе ЦК республики вместо себя. У Шеварднадзе были два секретаря ЦК, которые могли бы его заменить: Патиашвили и Хабиашвили. Он предложил второго. Горбачев, естественно, выбрал первого. И тот, Джумбер Патиашвили, возглавив ЦК, в духе времени начал шаг за шагом распутывать нити коррупции, которые остались от Шеварднадзе. К 1989 году Хабиашвили оказался под следствием — и начал давать показания. Против Шеварднадзе.
Патиашвили же, проводя взвешенный курс, одновременно и отстаивая интересы Грузии, и сохраняя интернационалистскую линию и ориентацию на сохранение Союза с осени 1988 года обрел в Грузии особую популярность.
Для Шеварднадзе он становился опасен — и, позволив развиться в самой Грузии истерике по поводу событий 9 апреля и объявив виновными в них руководство армии и Патиашвили, «хитрый лис» избавлялся от опасного лидера республики. На самом деле, «трагедия 9 апреля» — пропагандистский миф, созданный Шеварднадзе. От непосредственно действий военных в тот день не погиб ни один человек. Но потом этот миф был подкреплен фальсификациями комиссии Собчака и утвержден под давлением противников СССР решениями Съезда депутатов. Что привело к победе на выборах 1990 года националиста Гамсахурдия и отделению Грузии от СССР.
К осени 1990 года для Шеварднадзе уже не было места в Грузии — но он чувствовал себя дискомфортно и в Москве. Он понимал, что либо в стране нужно твердой рукой наводить порядок — либо пребывание в руководстве СССР может через некоторое время стать опасным. Но еще он к этому времени понимал, в частности, что и порядок наводить может быть опасно — и главное, что опасным становится сам Горбачев, способный на любой предательство.
Шеварднадзе знал, что был план отрешения Горбачева от должности на Съезде депутатов СССР в декабре 1990 года. И ждал, чем это окончится. Но, когда замысел, по ряду причин о которых нужно говорить особо, не удался (в решительный момент испугался Николай Рыжков, который должен был быть избран на пост Президента СССР) — Шеварднадзе понял, что пора выходить из игры и публично заявил о своей отставке, сказав, что в стране готовится переворот и диктатура, в которых он принимать участия не хочет. Дело в том, что Горбачев планировал его рекомендовать на введенный пост вице-президента страны, который в итоге достался Янаеву — и хитрый Шеварднадзе понял, для чего это делается. И что Горбачев поручит ему ввести чрезвычайное положение — но, скорее всего, его же и предаст. Денег у него было достаточно, подарки от зарубежных лидеров были разнообразны — и пенсия Шеварднадзе не пугала.
Но к осени 1991 года он был не нужен уже никому — ни в Тбилиси, ни в Москве. Союз был разделен на части. А ведомая Гамсахурдия Грузия не вошла даже в СНГ. В Тбилиси последним были недовольны слишком многие. Экономика рушилась. В Осетии была развязана гражданская война — и она, и Абхазия заявили, что если Грузия выходит из СССР, то они имеют право выйти из Грузии — кстати, из СССР эти республики выйти отказались. В Тбилиси жить становилось просто невозможно. Но оппозиция, состоявшая из националистов, социалистов, сторонников союза с Россией и много кого еще — была не организована и одни ее участники были не согласны признать других лидерами. И тогда пресс-секретарь Круглого стола, в рамках которого осуществлялись консультации оппозиционных сил, выдвинула идею призвания Шеварднадзе — и убедила в ней и лидеров партий, и лидеров боевых подразделений — Иоселиани и Китовани. Страна приняла возвращаемого Шеварднадзе, потому что видела в нем образ той «Золотой Грузии» и ее процветания, которое было связано с расцветом СССР, и ждала, что бывший лидер компартии вернет его республике. Поскольку пресс-секретарь была сторонником восстановления единства Союза, ей удалось добиться от Шеварднадзе вступления в СНГ — но именно как сторонник Союза, как противник и пророссийский политик она воспринималась Китовани и Иоселиани — и была удалена под их давлением из руководства и вынуждена уехать в Россию.