Несправедливо обвинять Берию и в огромном количестве расстрелов во время войны. Действительно, с 1941 по 1945 г. к высшей мере наказания в СССР было приговорено свыше 258 тыс. чел., что существенно превышает показатели всех воюющих стран, вместе взятых. Но около 85 % от этой огромной цифры к Берии отношения не имели, а приходились на военные трибуналы и «Смерш», которые подчинялись непосредственно Сталину. По окончанию войны Лаврентий Павлович и вовсе был освобождён от непосредственного руководства спецслужбами и в течение семи лет сосредоточился на грандиозном ядерном проекте.
Трудно переоценить вклад Лаврентия Берии в битву за Кавказ. Остро нуждавшийся в топливе Гитлер сосредоточил на этом направлении огромные силы.
Прибыв по указанию Сталина на фронт 21 августа 1942 г., Берия моментально принял множество организационных решений, по сути замкнув на себя военное командование и взаимодействие с руководителями кавказских республик. Без лишнего шума был «убран» с должности командующего Северо-Кавказского фронта друг Сталина по Гражданской войне маршал Семён Будённый. Вслед за ним были немедленно сняты ближайшие помощники командующего Закавказским фронтом генерала Тюленева: начальник штаба фронта, начальник оперативного управления и заместитель командующего войсками фронта, начальник разведотдела, командующие 9, 46, 47‑й армиями. Уже 31 августа Ставка приняла решение об объединении обоих фронтов.
Берия, будучи уверен, что его подчинённые более квалифицированны и сообразительны в условиях горной войны, чем большинство армейских командиров, едва не сдавших Кавказ, создал две самостоятельные структуры управления войсками: обычную армейскую и по линии НКВД. Но на высшем уровне оперативные группы войск возглавлялись генералами НКВД. По требованию Берии его заместителем Кобуловым был создан штаб НКВД по обороне Кавказа.
Оперативную группу по обороне перевалов при Закфронте, которой подчинялись и армейские войска, также возглавил генерал-майор НКВД И.А. Петров, имевший богатый опыт пограничной службы. Он был одновременно и заместителем командующего единым Закавказским фронтом. Северной группой войск руководил генерал-лейтенант НКВД И.И. Масленников. Свои действия он обычно согласовывал с Берией, а иногда даже и с самим Сталиным. В тот момент времени нефть Кавказа была для вождя вопросом № 1.
Кругозор и влияние Берии как недавнего хозяина этого края были огромны. Только он мог мобилизовать Закавказье на изыскание человеческих и материальных ресурсов. Созданная Берией уникальная система управления, сжавшая в единый кулак НКВД и армию, исключала главный изъян больших структур — дезинформацию и долгий поиск виновников промахов.
Где имеет место соревнование и конкуренция, там, естественно, не обходится без позиционных конфликтов. Но в результате качество управления, несомненно, выиграло, и буквально за месяц пребывания Берии на Кавказе наметился существенный перелом в нашу сторону.
Командиры дивизий войск НКВД одновременно являлись начальниками особых оборонительных районов, на них возлагалась вся полнота ответственности за подготовку к обороне. Берия жёсткой рукой выстроил под себя уникальную систему управления войсками и обширным кавказским регионом. Для сооружения в короткие сроки мощных оборонительных укреплений вдоль рек Терек и Урух необходимо было в первую очередь установить прифронтовой порядок и пресечь действия диверсантов, бандгрупп, уклонистов от призыва в армию и дезертиров. Эта задача была также немедленно решена.
Огромное внимание уделялось специальной альпинистской подготовке. В августе — сентябре 1942 г. инструкторы-альпинисты подготовили 12 горнострелковых отрядов численностью 3457 чел. Но это было всё же далеко не 22 тыс. профессионалов, сражавшихся во вражеской дивизии «Эдельвейс», которая брала своё начало ещё в Первую мировую.
В составе войск НКВД также действовали сформированные из горцев добровольческие отряды. К сожалению, даже эти факты не учитывались при массовой сталинской депортации кавказских народов.
Берия существенно усилил инженерные войска и в кратчайшие сроки организовал возведение заградительных сооружений. В несколько дней в Тбилиси был освоен выпуск непростого альпинистского снаряжения.