Активна державницька позиція П. Болбочана викликала невдоволення у проросійськи налаштованих колах гетьманського уряду. Неодноразово робилися спроби спровокувати конфлікт між Гетьманом та єдиною на той час національною збройною силою — Запорізьким корпусом. Окрім намірів проросійських сил налаштувати П. Скоропадського проти командування корпусу — З. Натієва та П. Болбочана (які начебто перетворили цю військову частину на «якийсь зброд революційних елементів» 96 ворожий і небезпечний для влади, отже такий, що має бути негайно розформований), — запорожцям шкодили деякі військові посадовці, що намагалися усунути їх як небажаних суперників у можливості впливати на політичні рішення влади.
Крім цих двох сил, як вважав С. Шемет — автор нарису про П. Болбочана, існувала ще третя, яка також намагалася посварити командування корпусу з Гетьманом — ліві партії та партія соціалістів-самостійників. Вони весь час штовхали командира запорожців на повстання проти державної влади 97. Як уже згадувалося, провід УПСС постійно намагався представити Запорізький корпус як свою партійну власність, а П. Болбочана — діяльним членом партії, що не відповідало дійсності, однак викликало велику недовіру з боку гетьманського уряду. Дещо згодом, після згаданої ситуації навколо особи Габсбурга, генерал К. Прісовський приватно попередив П. Болбочана про одержану П. Скоропадським інформацію, що полковник в Олександрівську нібито оголосив себе гетьманом України. Командир запорожців одразу прибув до Києва і з’явився на аудієнцію до П. Скоропадського, намагаючись тим самим припинити інтриги проти нього й спростувати неправдиві чутки 98.
У червні 1918 р. на північних кордонах Української Держави розпочали свої військові акції червоноармійські загони. П. Скоропадський, вважаючи недостатньо сильними німецькі частини, відправляє на зміцнення протибільшовицького фронту українські військові формування. У середині червня за наказом Гетьмана Запорізька дивізія під командуванням П. Болбочана приєдналася до свого корпусу, що охороняв українсько-російський кордон на північ від Слов’янська99. У середині липня Запорізький корпус був перекинутий в Куп’янський повіт: запорожці відбивали більшовицький наступ на Харківщині на лінії Старобільськ-Білолуцьк 100. Рівень їхньої боєздатності був високий: військовий міністр Української Держави О. Рогоза, провівши в ст. Сватове Куп’янського повіту огляд частин Запорізького корпусу, високо оцінив підготовку та озброєння військ. Міністр висловив жаль у зв’язку з намірами уряду розформувати корпус. Невдовзі він доповів про боєздатність запорожців гетьману П. Скоропадському. О. Рогоза не лише особисто симпатизував З. Натієву та П. Болбочану, але й доклав чимало зусиль, щоб зберегти корпус від ліквідації 101.
У серпні 1918 р. 2-й Запорізький полк під командуванням П. Болбочана з двома гарматними батареями було перекинуто на протибільшовицький фронт на Чернігівщину в район Новозибків-Новгород-Сіверський у розпорядження командування розташованої на кордоні з радянською Росією німецької військової частини. У цей період внаслідок інтриг подався до демісії командир Запорізького корпусу генерал З. Натієв, якого замінив проросійськи налаштований генерал JI. Бочковський. Він намагався витравити національний дух запорожців і застосовував систему звільнення від служби та пониження у військових рангах особливо активних українців. Повідомлений про цю ситуацію в корпусі, П. Болбочан, який знаходився разом із полком на Чернігівщині, вдруге відвідав гетьмана П. Скоропадського, переконав його у недоречності дій JI. Бочковського і домігся відміни руйнівних та дискримінаційних наказів генерала 102.
На чернігівській прикордонній смузі запорожці протягом трьох місяців вели виснажливі бої з червоноармійськими загонами. За виявлені мужність і героїзм 9 жовтня 1918 р. гетьман П. Скоропадський оголосив подяку «старшинам і славним запорозьким козакам» 2-го Запорізького пішого полку, наказав міністру військових справ нагородити їх військовими відзнаками, а командира П. Болбочана підвищити у військовому званні — до полковника 103.