М. Шинкар став відомим ще за часів Центральної ради, коли після проголошення 3-го Універсалу очолив Київський військовий округ і відіграв певну позитивну роль в організації українського війська. Під час антигетьманського повстання він зник з Києва і, підбурений українськими лівими есерами, очолив повстанський комітет, який закликав до збройної боротьби проти Директорії. Сучасні дослідники звертають увагу на той факт, що кандидатура М. Шинкаря висувалася лівими есерами на посаду міністра військових справ у разі відновлення в Україні влади рад. П. Брицький та Є. Юрійчук наводять факти жорстокої розправи М. Шинкаря над представниками гетьманської адміністрації і штабу 6-го Полтавського армійського корпусу після захоплення Полтави. Як стверджують дослідники, був розстріляний командувач корпусу генерал-лейтенант В. Слюсаренко, командир пішої дивізії JI. Богаєвський і 100 старшин українського війська. Це був безпрецедентний факт масового знищення офіцерських кадрів української армії співвітчизниками 116. Лише за цю акцію П. Болбочан мав усі підстави заарештувати М. Шинкаря.
Саме в цей час з Радянської Росії в Україну було направлено сотні агентів, що закликали до повалення Директорії і встановлення влади рад. Про дії більшовицької агентури згадував у своїх спогадах і командувач Українського революційного штабу В. Антонов-Овсієнко: «Старанно працювала агентурна розвідка повстанських ревкомів, з якими ми перебували в постійному зв'язку… ми встановили точний «контроль» над телеграфним зв’язком отамана Болбочана, який командував петлюрівськими військами на Лівобережній Україні…» 117. Водночас розпочалася військова агресія: збройні сили Радянської Росії, порушуючи Берестейську угоду, перейшли у наступ проти України і загрожували Харкову. Попри удавану спільність дій проти Гетьмана більшовицьке керівництво Радянської Росії докладало зусиль, щоб перешкодити встановленню влади Директорії на Лівобережній Україні. Російські меншовики, які всупереч забороні П. Болбочана скликали в Харкові «робітничий з’їзд», де відкрито закликали до повалення Директорії, також були зацікавлені в збереженні «єдиної і неподільної» Росії. Враховуючи складність військової ситуації в підконтрольній йому прифронтовій смузі та необхідність формування місцевих органів влади, які визнавали б українську владу, полковник П. Болбочан наказав розігнати з’їзд з огляду на його виразну антиукраїнську спрямованість. Згодом він те саме вчинив зі з’їздом Селянської спілки на Полтавщині, що був скликаний українськими лівими есерами, які також закликали до боротьби з Директорією. Як засвідчує Н. Авраменко, ад’ютант 2-го Запорізького полку, «з паперів, одібраних у Шинкаря, виникало, що Червона армія прийде на поміч повстанцям визволятись з ярма поміщиків, буржуїв і капіталістів, що сидять в Директорії» “118. Конкретні антиукраїнські прояви змушували полковника П. Болбочана вдаватися до рішучих заходів з метою збереження української державності.
Водночас він вживає заходів, які мали сприяти подоланню анархії в армії. Враховуючи посилення наступу червоноармій-ських частин та німецьку присутність на території Лівобережної України, П. Болбочан намагається не допустити пробільшовицької агітації та рішуче обмежити вплив деструктивних політичних сил у військових частинах. Він постійно підкреслює, що українська армія стоїть на захисті національних інтересів української держави. Наприкінці листопада П. Болбочан видає наказ, яким оголошує, що «ніяких рад робітничих депутатів, монархічних організацій і взагалі організацій, що намагаються захопити владу» він не допустить. «Підкреслюю, що ми боремося за самостійну демократичну Українську Республіку, а не за єдину Росію, яка б вона не була, монархічна чи більшовицька», — наголошувалось далі в документі 119.
Про те, що запорожцям П. Болбочана доводилося воювати на два фронти — проти більшовицьких та проти добровольчих військових формувань — свідчать записи у щоденнику відомого українського громадсько-політичного діяча Євгена Чикаленка: «…Коли почався в Селещині під Полтавою бій добровольців з Болбочаном, то місцеві більшовики організували революційний комітет на чолі з Шинкарем — українським лівим есером і порозсилали по селах посланців скликати селян брати Полтаву». Посилаючись на інформацію очевидця подій, Є. Чикаленко пише: «Через години три після наїзду селян, розбивши добровольців, в'їхав в город Болбочан і, роззброївши селян, розігнав їх, а у добровольців одняв зброю і порадив їм як найшвидше виїхати з України». За словами того ж джерела, після цих подій до війська П. Болбочана пристало «багато селян і добровольців» які, «записавшись у військо, муштруються на всіх площах Полтави» 120.