Усе оточення П. Болбочана відзначало його послідовну державницьку позицію, хоча часом з цього робилися не зовсім адекватні висновки. Сотник 4-го Запорізького полку ім. Б. Хмельницького Б. Монкевич писав, що полковник симпатизував Українській партії соціалістів-самостійників. Останні ж, за його словами, «старалися скрізь поширити чутки, що вся запорозька дивізія належить до самостійників і виконує їхні накази» 31. Слід зазначити, що П. Болбочан не належав до жодної політичної партії, більш того, як згадує той же таки Б. Монкевича, він постійно підкреслював, що «військо мусить бути аполітичне і що всілякі заходи ввести до війська політику і партійність будуть у самій основі своїй викорінені» 32.
На цьому ґрунті у командирів запорожців неодноразово виникали тертя з військовим і політичним керівництвом Центральної ради. Під час відступу українських військових частин з Києва на початку 1918 р. мали місце принципові розходження між генералом К. Прісовським і підполковником П. Болбочаном з одного боку та С. Петлюрою — командиром Гайдамацького коша Слобідської України, який брав участь у прикритті евакуації уряду з Києва, — з іншого. Це виявилося на нараді у с. Гнатівка поблизу Києва в ніч з 8 на 9 лютого 1918 р., де зібрались командири та отамани збройних загонів, що вціліли після боїв з більшовиками! Мета наради — обговорення можливості об’єднання військових частин для продовження спільних воєнних дій. П. Болбочан вимагав, щоб гайдамаки коша Слобідської України увійшли до складу Окремого Запорізького загону та діяли спільно під єдиним командуванням генерала К. Прісовського. С. Петлюра відмовився, і П. Болбочан, за словами Б. Монкевича, закинув йому звинувачення в тому, що «він (Петлюра. — Авт.) зі своііх персональних дрібних мотивів став на перешкоді тому об’єднанню, що одно могло врятувати останки української збройної сили від знищення» 33. На думку деяких дослідників українського військового руху, зокрема О. Войнаренка, Б. Монкевича, Я. Штендери та ін., саме від «Гнатівської наради» «датується чисто персональна недовіра (Петлюри. — Авт.) до Запорожців та особисте вороже відношення до Болбочана» 34.
Колишній вояк Окремого Запорізького загону Н. Авраменко у своїх спогадах наводить данні про кількісний склад цього збройного формування. Зокрема, він пише, що під час скликання наради у с. Гнатівка, де «зібралась вся військова сила Української Народної Республіки» (близько 4 тис. «піхоти, кінноти, артилерії, обозу, помічної частини, Вільного козацтва і штабів»); під командуванням П. Болбочана знаходилось 1500 вояків: 1. Республіканська сотня — 400 багнетів, командир — капітан Кіріков; 2. Волонтерська — 350 багнетів, командир — Ушаков; З.Наливайківська — 450 багнетів, командир — Зільницький; 4.Богунівська — 300 багнетів, командир — підполковник Кондратюк 35.
Окремий Запорізький загін разом з урядом Української Народної Республіки, Центральною радою, прикриваючи їхній відступ з Києва, відійшов до Бердичева, згодом — до Житомира. П. Болбочана було призначено на посаду губерніального військового коменданта Волині. Відомий український вчений В. Верига зазначав, що «це був перший комендант від початку революції, котрий, замість мітингів, почав творити лад і порядок» 36.
З ініціативи П. Болбочана в губернії розпочалася мобілізація в українське військо. При цьому він враховував потреби Запорізького загону й одночасно створював частини для охорони населених пунктів. Така діяльність не пройшла повз увагу військового відомства УНР, яке, залишаючи П. Болбочана губернським військовим комендантом, призначило замість нього командиром 2-го Запорізького пішого куреня прапорщика Мицюка. Сотник Б. Монкевич, який служив тоді у лавах запорожців, а згодом став одним із перших хроністів Запорізького корпусу та біографом П. Болбочана, писав, що підполковник, «не маючи морального права залишити свою частину», в той же час не міг не підкоритися наказу уряду. Він скликав старшинське зібрання, яке й поінформував про ситуацію. Старшини звернулись до уряду з проханням залишити П. Болбочана командиром куреня. Однак до призначення свого заступника на посаді коменданта, він змушений був залишатися в Житомирі та виконувати обов’язки губернського військового коменданта. Лише після того, як частина зазнала страшних втрат, а новопризначений командир куреня прапорщик Мицюк фактично покинув її напризволяще, П. Болбочан передав справи коменданта заступнику та приєднався до своїх бойових товаришів 37.