Доу Дж. Портрет М. Б. Барклая-де-Толли
После польского похода батальон Барклая квартирует в Прибалтике. Он переформируется в 4-й егерский полк, которым командует уже полковник Барклай-де-Толли. Смерть императрицы Екатерины и воцарение ее сына Павла I не затронули стоящего в Полангене (совр. Паланга) егерского полка. Многие знаменитые деятели екатерининской эпохи, не исключая генерал-аншефа А. В. Суворова, при Павле впали в немилость. Что же касается Барклая-де-Толли, то в суровые для многих дворян годы павловского царствования он неустанно занимался полковыми делами.
Следует отметить, что в 4-м егерском полку служба заметно отличалась от остальных частей. Она начиналась с того, что полковой командир Барклай лично отправлялся в депо, где сам отбирал в егеря рекрутов. Когда последние появлялись в полку, он сам проводил с ними первоначальное обучение, стремясь возбудить в новобранцах бодрость духа и охоту к службе. Всякие злоупотребления и оскорбления в адрес рекрутов в 4-м егерском были строжайше запрещены. Будучи христианином-протестантом, Барклай с детства считал справедливость вершиной всех добродетелей и сам был для офицеров и солдат образцом соблюдения того, что позже назовут моральным кодексом. Его полк жил большой дружной артелью, и это во многом определяло успехи в службе. По итогам трех инспекций 4-й егерский полк из хорошего превратился в лучший, а затем — в самый лучший. Довольный действиями Барклая генерал-губернатор Литвы князь Репнин произвел его в генерал-майоры, а 24 марта 1799 г. император Павел Петрович высочайше утвердил производство, ибо высоко ценил в офицерах трудолюбие, педантизм и преданность.
Не будучи причастным к столичным генеральским группировкам, Барклай спокойно пережил все перипетии павловского царствования и очередную смену властителей, когда Павел I был убит заговорщиками, а на российский престол вступил его сын Александр. Новый монарх, несмотря на пленявшие окружающих изысканные манеры — казалось бы, такие далекие от военной службы, — большое внимание уделял армии.
Полку Барклая-де-Толли не довелось принять участие в австрийском походе. Без него русские войска под командованием генерала от инфантерии М. И. Кутузова вступили в пределы Австрийской империи и после блистательных маневров и ряда арьергардных боев потерпели сокрушительное поражение 2 декабря 1805 г. под Аустерлицем. Для Барклая новая военная страда началась 14 октября 1806 г., когда Наполеону объявило войну Прусское королевство. В течение двух недель в двух сражениях прусская армия была наголову разбита, и русскому императору пришлось двинуть на помощь прусскому королю свою армию под командованием генерала Л. Л. Беннигсена. В этой кампании Барклай отличился уже как командир самостоятельного отряда. Он принимает участие в сражении при Пултуске в декабре 1806 г., сражаясь против корпусов французских маршалов Ожеро и Ланна. Это было первое сражение, в котором французам не удалось, как раньше, одержать полной и сокрушительной победы. За успех в отражении неприятельских войск генерал-майор Барклай-де-Толли был награжден орденом Св. Георгия 3-й степени. Новый 1807 год, по мнению императора французов, должен был положить конец затянувшейся кампании.
26 января 1807 г. егерский отряд генерала Барклая-де-Толли получил приказ войти в город Прейсиш-Эйлау и удерживать его во что бы то ни стало. Через некоторое время в утреннем тумане он был атакован силами корпусов маршалов Ожеро и Сульта. В течение нескольких часов отряд Барклая сдерживал натиск превосходящих сил противника. Даже когда командир был тяжело ранен, егеря не покинули сожженного Эйлау. Раненый Барклай был отправлен в Кенигсберг, а затем — в Мемель, где находился на излечении более полугода. За это время русская армия под командованием Беннигсена потерпела поражение 14 июня 1807 г. под городом Фридландом, ознаменовавшее окончание войны. Вскоре в Тильзите русский и французский императоры заключили мир.
Проездом в Тильзит Александр I посетил в Мемеле героя Эйлау. В приватной беседе, отвечая на вопрос царя о войне с французами, Барклай впервые высказал план «скифской войны». Уже тогда раненый генерал отметил, что при вторжении неприятеля в Россию следует применить стратегию отступления вглубь территории, растягивая коммуникации противника, а затем уже, собравшись с силами, нанести ему сокрушительный удар. Именно тогда молодой царь начал выделять Барклая-де-Толли из общей плеяды русских военачальников. Вскоре тот был награжден орденами Св. Анны 1-й степени и Св. Владимира 2-й степени с производством в генерал-лейтенанты и назначением на должность начальника 6-й пехотной дивизии.