Через год дивизия Барклая принимает участие в последней войне между Россией и Швецией. Ареной боевых действий становится хорошо знакомая Михаилу Богдановичу Финляндия. В первых боевых столкновениях 6-я дивизия в отличие от прочих русских соединений добивается значительных успехов. Однако неудачи русских войск на других участках фронта приводят к затягиванию войны. К концу 1808 г. Барклай получает в командование отдельный Экспедиционный корпус и выступает с предложением нанести удар по противнику в том месте, где его никто не ожидает, — в проливе Кваркен. Речь шла о том, чтобы в зимних условиях перейти по льду расстояние в 100 километров. Соратники генералы, ревниво относившиеся к стремительной карьере Барклая, не стали отговаривать от плана, казавшегося им безумной авантюрой.
Для генерал-лейтенанта Барклая-де-Толли это был шанс проявить себя в руководстве самостоятельной боевой операцией. Потратив месяц на подготовку, корпус Барклая сумел с минимальными потерями совершить переход через пролив и в марте 1809 г. объявиться в предместьях шведской столицы, что стало последней каплей к началу мирных переговоров. По сути, отдельная операция вылилась в окончательную победу, даровавшую Российской империи новую территорию — Финляндию. Награжденный за беспримерный переход орденом Св. Александра Невского и чином генерала от инфантерии, Михаил Богданович становится в мае 1809 г. финляндским генерал-губернатором и главнокомандующим войсками в Финляндии.
На этом посту ему пришлось проявить в полной мере свои административные способности и особый такт по отношению к местному населению, разделенному на приверженцев Швеции, России и самостоятельности Финляндии. Редко кому из губернаторов удавалось в короткий срок восстановить мир и покой в землях, где еще недавно грохотала война. Эти качества заставили русского монарха обратить еще более пристальное внимание на генерала от инфантерии, и в январе 1810 г. Барклай-де-Толли был призван на пост военного министра.
Он возглавил военно-сухопутные силы империи в довольно трудное время. После поражения Австрии в войне с Наполеоном 1809 г. стало предельно ясно, что в будущем прямого столкновения России и Франции не избежать. На долю Михаила Богдановича выпала трудная задача подготовить вооруженные силы к будущей войне. На новой должности Барклай завершает устройство военного министерства и издает его «Учреждение» — правило функционирования военной системы государства. Также он составляет «Учреждение для управления Большой действующей армией» — своего рода инструкцию для военачальников в Отечественной войне 1812 г. Занимаясь переустройством армии, министр вводит корпусную организацию наподобие системы наполеоновской армии, где отдельный корпус сочетал в себе все рода войск. Полностью завершается переход к постоянной дивизионной системе, создается корпус внутренней стражи, ставший в будущем источником пополнения действующей армии в военное время. Барклаю-де-Толли удается добиться увеличения ассигнований на содержание вооруженных сил, он улучшает довольствие войск и увеличивает их численность до 1 275 000 человек. Наконец, военный министр большое внимание уделяет восстановлению крепостей на западной границе, превращая их в современные фортификационные сооружения.
Карта Бородинского сражения
Имеет Барклай-де-Толли и свое видение в отношении будущей войны. В марте 1810 г. он предоставляет Александру I особый доклад «О защите западных пределов России», в котором развивает свой план «скифской войны». Взгляды Барклая на способ ведения боевых действий встречают поддержку у царя. Более того, назначая Михаила Богдановича в преддверии французского вторжения в Россию командующим 1-й Западной армией с сохранением поста военного министра, царь словно дал понять генералу, что целиком разделяет его план военных действий. Покидая ряды вооруженных сил после начала боевых действий летом 1812 г., Александр обратился к Барклаю со словами: «Поручаю вам мою армию. Не забывайте, что у меня нет другой, и пусть эта мысль вас не покидает». Исполняя волю царя, русский главнокомандующий действует с предельной осторожностью и начинает приводить свои замыслы в исполнение.