Отечественная война 1812 г. стала самой яркой страницей в военной биографии М. Б. Барклая-де-Толли. Зная стратегию императора Наполеона — разбить противника в генеральном сражении на границе и принудить его к миру, — Барклай начинает отступление, чтобы соединить распыленные русские силы и не дать французским маршалам разбить их по частям. Подобные действия встречают протест как среди генералитета, так и среди офицеров и солдат. Причем против Барклая выступает не только командующий 2-й Западной армией генерал от инфантерии П. И. Багратион, но и начальник штаба 1-й армии А. П. Ермолов. Отовсюду слышаться обвинения Барклая в измене, на имя императора пишутся жалобы и доносы. Под Смоленском, где двум русским армиям наконец удается соединиться, Багратион прямо бросает в лицо своему начальнику слово «предатель». В подобной ситуации Барклай педантично продолжает отступление, ставшее путем французских завоевателей к могиле.
Великая армия Наполеона вынуждена догонять русских, погружаясь в русские пространства. Ее коммуникации растягиваются, от тяжелого климата и непривычной пищи пехота и кавалерия постоянно несут потери. Уже у Смоленска войска Наполеона сократились вдвое, и французам не удалось взять этот город с ходу. Сражение под Смоленском обескровило войска Наполеона и заставило их на некоторое время приостановить наступление. Однако последующий отход русской армии не прибавил славы главнокомандующему Барклаю. Его отставки уже требовало все русское дворянство, и царь был вынужден уступить общественному мнению, назначив на эту должность М. И. Кутузова. 17 августа 1812 г. Барклай сдал армию новому главнокомандующему. Более того, он обратился к Александру с письмом, в котором просил увольнения от службы, однако оно осталось без ответа.
В Бородинском сражении Барклай-де-Толли командовал правым флангом русской армии, и его единственным желанием было умереть на поле боя. Вот каким запомнили его очевидцы в тот памятный день 26 августа: «Одетый в вышитый золотом генеральский мундир, при всех орденах и звездах, в шляпе с огромным черным плюмажем — так, чтобы представлять собою яркую, хорошо заметную мишень для неприятельского огня, Барклай руководил под Бородином действиями 1-й армии с таким искусством, энергией и жаром, ища в то же время со светлым, спокойным лицом смерти, что вернул себе доверие армии и примирил с собою своего главного противника — Багратиона». После завершения Бородинской баталии на знаменитом военном совете в Филях 1 сентября 1812 г. Барклай первым высказался за оставление Москвы, правда, он также сказал о возможности перехода к наступлению после перегруппировки сил по выходу из столицы, но его последние слова не были услышаны.
Бородинское сражение
Этим актом завершилось участие Барклая-де-Толли в Отечественной войне. 15 сентября 1812 г., получив извещение об отставке от должности военного министра без единого слова благодарности за проделанную работу, он заболел лихорадкой и оставил ряды армии. Барклай ехал в имение своей матери, осыпаемый по дороге проклятиями черни, а кое-где и камнями. Он командовал русской армией ровно сто дней, за которые успел сделать очень много, фактически предопределив победоносный исход войны. Новый главнокомандующий пользовался плодами победы, дерево которой взрастил Барклай-де-Толли. О знаменитых «ста днях Наполеона» сейчас знает почти каждый, о «ста днях Барклая» мало кому известно до сих пор.
И вечно актуально будет звучать вопрос, благодаря чему или кому русский народ победил в Отечественной войне 1812 года, заданный некогда А. С. Пушкиным:
После окончания Отечественной войны и в связи с вступлением русских войск в Германию Барклай снова был вызван в действующую армию. Он принял командование 3-й армией, во главе которой руководил осадой и штурмом города-крепости Торн. После кончины М. И. Кутузова 17 апреля 1813 г. новым главнокомандующим был назначен генерал граф П. X. Витгенштейн.
8 и 9 мая 1813 г. в сражении при Бауцене Барклай командует правым крылом русской армии. Хотя Наполеону удалось одержать победу, за это дело Михаил Богданович удостаивается ордена Св. Андрея Первозванного и 19 мая становится во главе объединенной русско-прусской армии.