Граф А. А. Аракчеев. Художник И. Б. Лампи Старший
Много препятствий пришлось претерпеть русским войскам, но Аракчеев действовал энергично, в результате чего выступившие 2 марта к Аландским островам русские войска быстро овладели ими, а 7 марта небольшой русский конный отряд уже занял на шведском берегу деревню Гриссельгам (ныне входит в коммуну Норртелье).
Во время движения русских войск к Аландским островам в Швеции последовала перемена в правлении: вместо Густава-Адольфа, свергнутого с престола, королем Швеции стал его дядя, герцог Зюдерманландский. Защита Аландских островов была вверена генералу Дебельну, который, узнав о стокгольмском перевороте, вступил в переговоры с командиром русского отряда Кноррингом о заключении перемирия, что и было сделано. Но Аракчеев не одобрил поступка Кнорринга и при свидании с генералом Дебельном сказал последнему, что он прислан от государя «не перемирие делать, а мир».
Последующие действия русских войск были блистательны: Барклай-де-Толли совершил славный переход через Кваркен, а Шувалов занял Торнео. 5 сентября был подписан русскими и шведскими уполномоченными Фридрихсгамский мир, по которому отошли к России Финляндия, часть Вестерботтена до реки Торнео и Аландские острова. Можно смело утверждать, что именно прибытие Аракчеева в действующую армию в качестве личного представителя императора ускорило завершение русско-шведской войны.
1 января 1810 г. Аракчеев оставил военное министерство и был назначен членом вновь учрежденного тогда Государственного совета (в 1810–1812 и 1816–1826 гг. он был в нем председателем департамента военных дел) с правом присутствовать в комитете министров и Сенате. На пост военного министра, уходя с этой должности, Аракчеев рекомендовал Барклая-де-Толли.
31 марта Аракчеев был освобожден от должности председателя военного департамента Государственного совета и 17 июня был назначен на должность начальника канцелярии Александра I. Теперь он был в курсе всех дел в стране. 7 декабря 1812 г. она была преобразована в Собственную Его Императорского Величества канцелярию — орган, который, как известно, сыграл огромную роль в истории страны. Аракчеев фактически стоял у его истоков, возглавляя его до 1825 г. Во многом его усилиями российская армия была хорошо подготовлена к Отечественной войне 1812 г.
14 июня 1812 г. ввиду приближения Наполеона граф Аракчеев был снова призван к управлению военными делами.
Во время Отечественной войны главным предметом забот Аракчеева было образование резервов и снабжение армии продовольствием. В ходе войны он ведал также комплектованием войск и пополнением артиллерийских парков, организацией ополчений и пр. После установления мира доверие императора к Аракчееву возросло до того, что на него было возложено исполнение высочайших предначертаний не только по вопросам военным, но и в делах гражданского управления. В 1815 г. Алексей Андреевич был назначен единственным докладчиком императору по делам Комитета министров и Государственного совета. С этого времени Александр I руководил империей через Аракчеева, который регулярно отчитывался перед ним, а фактически руководил страной. Аракчеев осуществил разработку необходимых нормативно-правовых актов, преобразовав все военное законодательство и завершив тем самым реформирование армии.
«С оного числа вся французская война шла через мои руки, все тайные повеления, донесения и собственноручные повеления государя»
Именно Аракчеев сумел уговорить императора отказаться от претензий на верховное командование русскими армиями в Отечественной войне. Он очень благоволил Кутузову, и не исключено, что именно благодаря Аракчееву Кутузов был назначен командующим всеми русскими армиями в августе 1812 г.
Строгость и непреклонность Аракчеева при реализации замысла императора стала одной из причин формирования негативного отношения к нему лично, распространения порочащих графа слухов. Для Александра I же Аракчеев был своего рода «экраном», заслонявшим царя от возмущения подданных его ошибками, промахами, отрицательными последствиями царствования.