Выдвигались и другие предложения относительно стратегии ведения войны. В частности, командующий 2-й Западной армии генерал Багратион предлагал наступательный план против Наполеона, который предусматривал выдвижение весной 1812 г. русских войск на линию Вислы с захватом Варшавы. Царь этот план не одобрил, поскольку к тому моменту Наполеон уже сосредоточил 220 тыс. солдат в укреплениях вдоль русской границы.
Александр запретил вести мирные переговоры до того времени, пока хотя бы один вражеский солдат оставался на русской земле.
Хотя по прибытии к действующей армии император не объявил М. Б. Барклая-де-Толли главнокомандующим, тем самым приняв командование на себя, однако в ночь на 7 (19) июля покинул армию и отбыл в Москву. Когда русская армия организованно отступала от Вильно в северо-восточном направлении, Александр, находившийся в отступающих войсках, был готов к такому развитию событий. Он хорошо усвоил уроки двух серьезных военных поражений — Аустерлица и Фридланда, многому научился с тех пор, став по-настоящему крупным политиком.
Оставив армию, император не позаботился назначить общего главнокомандующего. Отношения между Багратионом и Барклаем-де-Толли после отступления из Смоленска с каждым днем становились все напряженнее. Отсутствие единоначалия могло привести к катастрофическим последствиям. Для решения вопроса о реорганизации управления русской армией был учрежден Чрезвычайный комитет, и 17 августа на его заседании единогласно главнокомандующим был утвержден генерал от инфантерии граф М. И. Кутузов. 17 августа Кутузов в Царево-Займище принял армию. В этот день французы вошли в Вязьму. Кутузов сформировал свой штаб, используя штабы Западных армий. Генерал от кавалерии Беннигсен был определен на должность начальника главного штаба Кутузова, генерал-квартирмейстером всех армий стал М. С. Вистицкий 2-й, его помощником — К. Ф. Толь, дежурным генералом — полковник П. С. Кайсаров.
Большое превосходство противника в силах и отсутствие резервов вынудили Кутузова отступать вглубь страны, следуя стратегии своего предшественника Барклая-де-Толли. Дальнейший отход подразумевал сдачу Москвы без боя, что было недопустимо как с политической, так и с моральной точки зрения. Получив незначительные подкрепления, Кутузов решился дать Наполеону генеральное сражение, первое и единственное в Отечественной войне 1812 г.
Бородинское сражение, одна из крупнейших битв эпохи наполеоновских войн, произошло 26 августа. За день боя русская армия нанесла тяжелые потери французским войскам, но и сама, по предварительным подсчетам, к ночи того же дня потеряла почти половину личного состава регулярных войск. Русская армия показала себя при Бородине героически, за что Кутузов 30 августа 1812 г. произведен в генерал-фельдмаршалы. После кровопролитнейшей 12-часовой битвы, французы ценой 30–34 тыс. убитыми и ранеными потеснили левый фланг и центр русских позиций, но развить наступление не смогли. Русская армия также понесла тяжелые потери (40–45 тыс. убитыми и ранеными). Пленных почти не было ни с той, ни с другой стороны. 27 августа Кутузов приказал отступить на Можайск с твердым намерением сохранить армию.
1 сентября русская армия расположилась лагерем перед Москвой: правый фланг армии был у деревни Фили, центр между селениями Троицким и Волынским, левый фланг перед селом Воробьевым. Арьергард армии располагался на реке Сетунь. Осмотрев эту позицию с Поклонной горы, главнокомандующий и другие военачальники признали ее неприемлемой для сражения. В 5 часов того же дня в доме филевского крестьянина А. Фролова собрался военный совет, в ходе которого Кутузов прервал заседание и приказал отступать через Москву по Рязанской дороге.
После выхода из Москвы Кутузов скрытно совершил прославленный фланговый Тарутинский маневр, выведя армию к началу октября к селу Тарутино. Оказавшись южнее и западнее Наполеона, Кутузов перекрыл ему пути движения в южные районы страны.
Наполеон в горящей Москве. А. Адам
Потерпев неудачу в своих попытках заключить мир с Россией, Наполеон 7 октября начал отход из Москвы. Он пытался провести армию в Смоленск южным путем через Калугу, где имелись запасы продовольствия и фуража, но 12 октября в сражении за Малоярославец был остановлен Кутузовым и отступил по разоренной Смоленской дороге. Русские войска перешли в контрнаступление, которое Кутузов организовал так, чтобы армия Наполеона находилась под фланговыми ударами регулярных и партизанских отрядов, причем Кутузов избегал фронтального сражения большими массами войск.