Желая видеть на посту главнокомандующего талантливого командира и преданного революции человека, Реввоенсовет Северного Кавказа предложил этот пост Ковтюху, но он был еще настолько слаб после болезни, что отказался. К тому же Епифан Иович считал себя слишком неподготовленным для поста главкома.
Смятение, вызванное провокациями и изменой Сорокина, имело тяжелые последствия для фронта. Был сдан Армавир, а Таманская армия, которой временно командовал помощник Ковтюха М. В. Смирнов, оказалась окруженной в районе Ставрополя. Тут, несмотря ни на какую слабость, Ковтюх поднялся с постели и выехал командовать Северным фронтом, куда входила прорвавшаяся с большими потерями из окружения Таманская армия. Епифану Иовичу удалось несколько стабилизовать положение на фронте и даже организовать переход таманцев в контрнаступление, но силы покинули его. Еще не оправившись от тифа, он заболел в середине декабря воспалением легких.
Январь 1919 года был тяжелым временем для советских войск Северного Кавказа, объединенных в XI армию. Под напором превосходящих сил деникинцев XI армия отступила от Святого Креста на Астрахань через калмыцкие степи. Сильные метели заносили бредущие по безлюдной степи колонны.
Ели лошадей, которых варили на кострах из повозок. Тиф, цинга и черная оспа косили людей тысячами. Обозы, где раненые и больные лежали вперемежку с умершими, едва ползли по бездорожью, отмечая каждую версту новыми трупами. На одной из таких телег лежал то и дело терявший сознание Ковтюх. Верные таманцы, насколько это было в их силах, выхаживали больного командира. В Астрахань Епифана Иовича удалось доставить живым.
Долго пролежал Ковтюх на госпитальной койке. После выздоровления его вызвали в Москву, в Реввоенсовет республики, для доклада о боевых делах таманцев. Это было в сентябре 1919 года, в то трудное время, когда враг подошел к Орлу и угрожал Москве. В докладе Реввоенсовету Епифан Иович просил разрешения возродить отдельное соединение таманцев (все части, отступившие в начале 1919 года в Астрахань, были переформированы). Приказом РВСР от 9 сентября Е. И. Ковтюху поручалось сформировать
Таманскую дивизию, которой передавались славные боевые знамена бывшей Таманской армии. Ядром дивизии должны были стать пехотная бригада и два кавполка. Кроме того, Ковтюху было разрешено обратиться ко всем таманцам и кубанцам с призывом собираться в Вольске, где был центр формирования. Со всех фронтов сначала одиночками, а потом группами стали собираться в Вольске ветераны.
В конце октября новые формирования Ковтюха были слиты с частями 50-й стрелковой дивизии в одну 50-ю Таманскую дивизию, насчитывавшую до 10 тысяч штыков и сабель. Дивизии под командованием Ковтюха совместно с дивизией под командованием Павла Дыбенко было приказано отбить у белых занятый ими с лета 1919 года Царицын.
В ту зиму Волга долго не замерзала. По реке плыли, цепляясь одна за другую и с хрустом ломаясь, льдины.
Епифан Иович внимательно разглядывал с левого берега реки раскинувшийся перед ними город, и он понимал, что взять Царицын, защищаемый двумя белыми дивизиями, можно будет только с помощью точно рассчитанного и внезапного удара.
— Как только Волга станет, надо будет начинать переправу, — решил Ковтюх. — А так как лед будет еще недостаточно прочен, сделаем заранее переносные мостки через неокрепшие места и «лыжи» из бревен для артиллерии.
С помощью рабочих царицынского артиллерийского завода в город проникли разведчики, которые установили расположение белых сил, узнали, где враг заложил фугасы.
Наконец Волга стала. Поздно вечером 2 января 1920 года по орудийному выстрелу началась переправа. Ворвавшиеся в город пехотинцы в жестоком рукопашном бою выбили белых из Царицына, а бойцы кавбригады перерезали железную дорогу на Тихорецкую. В результате таманцы захватили 60 эшелонов с войсками и имуществом. За героическое взятие Царицына московский пролетариат прислал Таманской дивизии Красное знамя.
Для преследования отступавшего противника был создан сводный кавкорпус из всех кавалерийских частей XI армии во главе с Ковтюхом. За 20 дней, несмотря на бездорожье и отсутствие продуктов, корпус с боями прошел около 270 километров и, уничтожив две белые дивизии, достиг реки Маныч.
В начале марта соединения получили приказ взять Тихорецкую — важный железнодорожный узел и последний серьезный рубеж обороны белых на Северном Кавказе. Таманцы, ослабленные передачей почти всей кавалерии другим частям, подошли к Тихорецкой днем 7 марта. До вечера Ковтюх ждал подхода других соединений, но их почему-то не было. И хотя в Тихорецкой стоял конный корпус генерала Попова в 7 тысяч сабель, а у Ковтюха было не больше 4 тысяч бойцов, Епифан Иович решил выполнять приказ своими силами.
Стояла непролазная грязь; чтобы тащить пушки, пришлось припрягать по 10–12 пар волов. Бойцы оставили при себе только боеприпасы. С трудом пробираясь по хляби, таманцы прошли за ночь на 8 марта 13 километров и достигли станицы Тихорецкой. Сторожевое охранение белых, положившись на погоду, спокойно отдыхало в домах и не заметило, как таманцы окружили станицу. На рассвете, поддержанные энергичным артиллерийским огнем, бойцы Ковтюха ворвались в Тихорецкую. В панике белые бежали на станцию под защиту своих трех бронепоездов. Но и они не помогли: к вечеру станция также была взята.
После падения Тихорецкой белые части покатились к морю. Преследуя их, таманцы дошли до Екатеринодара. В это время Епифан Иович заболел возвратным тифом. Уже без него дивизия прошла до Туапсе, а оттуда к Сочи, где вместе с 34-й дивизией заставила в начале мая капитулировать остатки белых сил. Так закончился замечательный, полный беспримерного героизма двухтысячеверстный победоносный поход красных таманцев от Кубани до Волги и обратно.
Но гражданская война не закончилась. В Крыму укреплялась белая армия генерала Врангеля. Рассчитывая поднять, на Кубани новую волну антисоветских мятежей, 14 августа 1920 года Врангель высадил близ станицы Приморско-Ахтарской десант численностью около 8 тысяч солдат во главе с генералом Улагаем. Надежды белых на массовые восстания провалились, но все же врангелевский десант представлял собой серьезную угрозу. Требовалось быстро и решительно покончить с ним. Реввоенсовет Кавказского фронта поручил Ковтюху, бывшему в то время комендантом Екатеринодарского укрепленного района, организовать контрдесант, который на пароходах и баржах должен был скрытно пробраться по рекам Кубани и Протоке в глубокий тыл врангелевцев — к станице Ново-Нижнестеблиевской, где находились их штабы, и нанести неожиданный и сокрушительный удар.
В распоряжении Ковтюха было очень мало войск, и он обратился с призывом к таманцам снова собраться под боевые знамена. Таманцы и кубанская беднота сразу откликнулись на зов своего командира. Был усилен екатеринодарский гарнизон и в станице Славянской сформирована Таманская пехотная бригада. Кроме того, в станицах прифронтовой полосы таманцы объединились в отдельные станичные гарнизоны.
В 4 часа дня 26 августа вниз по Кубани без гудков и свистков отошли пароходы «Илья Пророк», «Благодетель» и «Гайдамак» с четырьмя баржами. На них плыли специально отобранные Ковтюхом красные десантники. В их рядах было много коммунистов, а комиссаром десанта шел бывший комиссар Чапаевской дивизии Дмитрий Андреевич Фурманов.
Пароходы были старые, изношенные. 130 километров до станицы Славянской шли полдня и всю ночь. Здесь десант пополнился бойцами Таманской бригады и вырос до 1 050 штыков, 155 сабель при 15 пулеметах и 4 орудиях.
Перед отплытием из Славянской Ковтюх созвал совещание командиров и политработников. Машинально покручивая рыжие усы, Епифан Иович говорил:
— От Славянской до Ново-Нижнестеблиевской шестьдесят верст. Река узкая, мелкая, кругом болота да камыши. Поставят беляки пару пулеметов — и всем нам конец. Надо послать разведку по берегам.