Менее чем за год до начала Великой Отечественной войны Шапошников был назначен заместителем народного комиссара обороны. На него было возложено руководство созданием оборонительных сооружений, деятельностью Главного военно-инженерного управления и Управления строительства укрепленных районов. Он приложит немало, усилий, чтобы укрепить оборонительную линию на западной границе.
С февраля 1941 года Германия начала переброску войск к советским границам. Поступавшие в Генеральный штаб, Наркомат обороны и Наркомат иностранных дел данные все более свидетельствовали о непосредственной угрозе агрессии. В этих условиях Генштаб в целом и наше Оперативное управление вносили коррективы в разработанный в течение осени и зимы 1940 года оперативный план сосредоточения и развертывания Вооруженных Сил для отражения нападения врага с Запада. Дел было очень много, и как-то незаметно сложилось, что с весны 1941 года, особенно второй ее половины, все работники Оперативного управления без каких-либо приказов сверху почти безотлучно находились на своих служебных местах.
В один из таких вечеров я встретил Бориса Михайловича. Заместитель наркома только что возвратился из инспекционной поездки к нашим западным границам. Рассказ свой он начал с сообщения о том, что в Западном особом военном округе строительство полевого фронтового командного пункта развернулось полным ходом (такое указание западным приграничным округам было дано Генштабом 27 мая).
Телефонный звонок прервал нашу беседу. Уже положив трубку, Борис Михайлович вдруг закашлялся, что часто с ним случалось в последнее время при длительных телефонных переговорах. Не желая затруднять его продолжением разговора, я встал, чтобы уйти. Он поднял на меня усталые глаза и, как бы извиняясь за свою слабость, сказал:
— Так вот, голубчик вы мой... Возвращайтесь к своим делам...
В роковую ночь начала войны командование приграничных округов держало непрерывную связь с руководством Наркомата обороны и Генеральным штабом. В 4 часа с минутами 22 июня 1941 года нам стало известно от оперативных органов окружных штабов о бомбардировке немецкой авиацией наших аэродромов и городов. Одновременно или несколько ранее эти данные стали известны руководству Наркомата обороны и почти тут же Советскому правительству. Отборные фашистские орды, обладавшие двухлетним опытом ведения современной войны, обрушились на наши пограничные войска и войска прикрытия. Началась Великая Отечественная война.
22 июня 1941 года руководство вооруженной борьбой осуществлялось Главным военным советом. На следующий день была создана Ставка Главного Командования. Одновременно при ней был создан институт постоянных военных советников, в который наряду с другими военными, партийными и государственными деятелями вошел Шапошников.
По указанию Ставки в помощь командованию фронтов была направлена из центрального аппарата Наркомата обороны группа ответственных работников. Днем 22 июня И. В. Сталин позвонил Г. К. Жукову, бывшему в то время начальником Генштаба, и сказал:
— Наши командующие фронтами не имеют достаточного опыта в руководстве боевыми действиями войск и, видимо, несколько растерялись. Политбюро решило послать вас на Юго-Западный фронт в качестве представителя Ставки Главного Командования. На Западный фронт пошлем Шапошникова и Кулика. Я их вызывал к себе и дал соответствующие указания.
В тот же день генерал армии Жуков вылетел в Киев, а на Западный фронт отбыли заместители наркома обороны Б. М. Шапошников и Г. И. Кулик. Наше оперативное управление превратилось в некий улей, куда прилетавшие с линии фронта «пчелы» доставляли информацию, подлежащую немедленной обработке. Информация распределялась по трем отделам, сложившимся соответственно трем главным направлениям боевых действий: Северо-Западному, Западному и Юго-Западному. Не переставая, работали «бодо» — телеграфные аппараты, отправлявшие сразу несколько телеграмм по встречным курсам. Бывшие окружные штабы, а ныне фронтовые управления, слали нам свои донесения. Мы передавали распоряжения Центра в войска. Людей не хватаю.
Надо иметь в виду, что в первый день войны из Генерального штаба на Юго-Западный фронт уехал не только его начальник Жуков, находившийся там до 27 июня. Уехали и другие руководители Генштаба.
Главная работа Оперативного управления сосредоточилась в большом зале, куда были стянуты основные кадры, обслуживавшие связь с войсками. Всюду карты — географические и топографические, разных масштабов и предназначений. Непрерывные донесения. Телеграфные или доставляемые самолетами связи, самолетами-разведчиками. Информация, как можно более полная и точная, необходима как воздух. Что происходит на фронтах, где находятся войска, наши и вражеские, на каком рубеже идут бои? Куда направить подкрепления, где и какая необходима техника? Лишь бы не сбиться с ритма, не опоздать, вовремя дать сведения Ставке...
В первые дни войны, когда руководящие лица Наркомата обороны и Генштаба по приказу Сталина были посланы на основные направления фронтов, все остававшиеся в распоряжении Наркомата обороны средства связи были брошены на установление с ними немедленного контакта. У нас, работников Генерального штаба, невольно создавалось впечатление, что Генеральный штаб в самый ответственный момент оказался предоставленным самому себе. Все решения принимались наверху помимо него, и он был лига т передаточной инстанцией.
Однако, когда попытки Главнокомандования остановить быстрое продвижение в глубь нашей страны мощных группировок врага силами не изготовленных к этому и понесших серьезные потери войск приграничных округов не удались, оно пришло к единственно правильному в тех условиях решению — использовать подходившие из глубины страны отмобилизованные эшелоны войск для создания нового стратегического фронта обороны. Главное командование решило в связи с этим ряд новых и довольно сложных проблем. Срочное их решение потребовало от него немедленного привлечения к ответственной и кропотливой работе соответствующим образом организованного аппарата, военных специалистов и прежде всего аппарата Генерального штаба. В связи с этим структуру Наркомата обороны и Генерального штаба, существовавшую до начала Великой Отечественной войны и не совсем отвечавшую требованиям развернувшейся войны, пришлось перестраивать. Решением ЦК партии и ГКО были реорганизованы отдельные центральные управления Наркомата обороны и Генерального штаба. Шаг за шагом Генштаб превращался в рабочий орган Ставки, ибо никакого другого специального аппарата для этой цели она не имела.
В числе мероприятий, направленных на улучшение работы Генштаба применительно к потребностям начавшейся войны, я считаю, одним из весьма важных было решение Ставки, принятое в ночь на 30 июля 1941 года, о назначении начальником Генерального штаба Маршала Советского Союза Шапошникова. Сталин предпочел использовать командный опыт Жукова непосредственно в войсках, назначив его командующим Резервным фронтом. Этот фронт был образован в разгар Смоленского сражения, 30 июля, чтобы надежнее прикрыть направление на Москву и создать здесь более глубокую оборону.
Во главе всего штабного аппарата встал тот, кто в те месяцы мог, пожалуй, лучше, чем кто-либо, обеспечить бесперебойное и организованное его функционирование. В своих «Воспоминаниях и размышлениях» Жуков рассказал, как при очередном своем докладе в Ставке он попросил Сталина освободить его от обязанностей начальника Генерального штаба и послать на фронт, где он, видимо, смог бы принести больше пользы Родине. Сталин отпустил Жукова, не дав определенного ответа на его просьбу. Примерно через полчаса он снова пригласил Жукова к себе.
— Вот что, — сказал Сталин, — мы посоветовались и решили освободить вас от обязанностей начальника Генерального штаба. На это место назначим Шапошникова. Правда, у него со здоровьем не все в порядке, но ничего, мы ему поможем. А вас используем на практической работе. У вас большой опыт командования войсками в боевой обстановке. В действующей армии вы принесете несомненную пользу. Естественно, что вы остаетесь заместителем наркома обороны и членом Ставки.