Заключительный период Великой Отечественной войны и первые послевоенные месяцы Алексей Иннокентьевич провел в Генеральном штабе уже в качестве его официального начальника. В феврале 1945 года, в связи с тем, что Маршал Советского Союза А. М. Василевский стал командующим Третьим Белорусским фронтом, А. И. Антонов был назначен на должность начальника Генерального штаба, которую исполнял до 25 марта 1946 года. Когда А. М. Василевский вернулся на свой прежний пост начальника Генерального штаба, А. И. Антонов стал опять его первым заместителем и пробыл на этой должности до 6 ноября 1948 года, проработав, таким образом, в Генеральном штабе без малого шесть лет.
Около пяти лет А. И. Антонов служил в Закавказском военном округе. Он был назначен туда для получения командной практики. В течение года был первым заместителем командующего войсками Маршала Советского Союза Ф. И. Толбухина, а затем более четырех лет, до апреля 1954 года, командовал войсками этого округа. Он быстро освоился с делом и успешно выполнял свои обязанности. Ему помогла общая эрудиция, хорошее знание военного дела и большой опыт штабной службы. Следует заметить, что офицеры и генералы, имеющие опыт штабной службы, как правило, становятся хорошими командирами и командующими. Алексей Иннокентьевич с увлечением отдался новому делу, проводил учения, занятия с командирами, вносил много дельных предложений по организации и подготовке войск. Он оставил добрую память о себе в Закавказье у местных партийных и советских органов. Мне пришлось служить в Закавказье шесть лет спустя, и очень многие товарищи помнили Алексея Иннокентьевича и отзывались о нем с большой теплотой.
Начало пятидесятых годов нашего столетия было для Советского государства и других социалистических стран временем быстрого экономического подъема, широкого строительства и развития основ социализма, временем укрепления политического влияния в сфере международной жизни. Вместе с тем этот был исторический период, когда силы империализма перешли к новым формам активной борьбы против социалистической системы. Отчетливо проявились признаки назревания военной опасности и угрозы новой мировой войны.
Одним из наиболее существенных и грозных признаков военной опасности была политика создания агрессивных военных блоков, инициатором и главой которых являлись Соединенные Штаты Америки. Особенно опасным для дела мира было возникновение в 1949 году и быстрое развитие Североатлантического союза, известного под именем НАТО, который вобрал в себя также и 15 европейских государств. Теперь угроза безопасности странам социализма и всеобщему миру гнездилась уже непосредственно в центре Европы.
В блоке господствовали и продолжают хозяйничать США, проводившие политику "холодной войны" против СССР и стран социализма, политику гонки вооружений и раздувания военного психоза. Размахивая сверхмощным атомным оружием, Соединенные Штаты претендовали на мировое господство. Естественно, что к этой политике системой внутриблоковых обязательств и соглашений подключались все государства - члены НАТО с их высоким военным потенциалом. Положение усугубилось 5 мая 1955 года, когда членом НАТО стала Федеративная Республика Германии, руководящие круги которой вынашивали и провозглашали идею реванша. В ФРГ срочно формировался и вооружался бундесвер как будущее ядро ударных сил НАТО в Европе. С того времени руководящие круги ФРГ потянулись к ядерному оружию.
Пропаганда империалистических стран не скрывала, что острие Атлантического союза направлялось против Советского Союза и других социалистических стран. На глазах у всех блок НАТО усиливал подготовку к войне, наращивал вооружения, повышал боеспособность и боеготовность войск, создавал разветвленные органы военного руководства. Одновременно с этим продолжалась милитаризация экономики, росли военные бюджеты входящих в блок государств. Против социалистических стран и Советского Союза организовывались разного рода подрывные акции.
В то же время политика США, направленная на достижение целей мирового господства, как бы дублировалась в других районах земного шара. Там тоже под тем же руководством из Вашингтона и с той же антисоветской и антисоциалистической направленностью возникали военные блоки: в Юго-Восточной Азии - СЕАТО, на Ближнем Востоке - Багдадский пакт. Эти военные союзы, в свою очередь, нагнетали напряженность в районах своего влияния.
В создавшихся условиях у социалистических государств Европы не было иного пути, как сплотиться воедино на основе Договора о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи, который обеспечил бы отражение совместными усилиями возможной агрессии против них. И такой договор был заключен. Ныне его участниками являются Народная Республика Болгария, Венгерская Народная Республика, Германская Демократическая Республика, Польская Народная Республика, Социалистическая Республика Румыния, СССР и Чехословацкая Социалистическая Республика.
Существенным элементом организации Варшавского Договора явилось военное сотрудничество входящих в него стран. Такое содружество возникло впервые в истории человечества. Оно опирается на социалистические экономические системы, на власть народа во главе с рабочим классом при руководящей роли коммунистических и рабочих партий, на единую идеологию марксизм-ленинизм, на общие интересы по защите революционных завоеваний и национальной независимости от посягательств империалистического лагеря, на единую цель - коммунизм.
Дело строительства военной организации Варшавского Договора было новым и ответственным во всех отношениях. Коммунистическая партия и Советское правительство предложили доверить должность начальника штаба армий стран Варшавского Договора генералу армии А. И. Антонову. Выбор его кандидатуры определялся многими политическими и военными соображениями.
Руководство и управление военной организацией Варшавского договора представляло собой прежде всего очень тонкую и сложную задачу. Опыта военного сотрудничества на столь широкой основе у стран социалистического лагеря в то время не имелось. Все приходилось налаживать с самого начала. Нужно было создать тесное боевое братство и разработать сложные вопросы взаимодействия многих армий и родов войск, различных по своей национальной форме, но спаянных единством политических целей и задач. При этом требовалось сочетать национальные традиции, характерные для армий каждой социалистической страны, в рамках единых военных взглядов и договорных обязательств.