Я приехал в штаб Приволжского военного округа начальником отдела боевой подготовки в 1934 году, спустя два года после того, как Шапошников был переведен из этого округа на должность начальника и комиссара Военной академии имени М. В. Фрунзе. Ровно год командовал войсками Приволжского военного округа Шапошников. Но память о себе он оставил у всех добрую. Во время проходившей в декабре 1933 года чистки партии товарищи из комиссии по чистке отмечали: "Борис Михайлович пришел в партию под влиянием серьезных внутренних убеждений... Беспредельно предан делу рабочих и партии. За год пребывания в Приволжском военном округе переродил весь округ. Многоумеющий и многознающий..."
Заключая прения, председатель комиссии сказал: "Я считаю, что если и впредь вы будете работать так же, то будете достойным членом партии". Одно лишь замечание было сделано тогда Борису Михайловичу - больше следить за своим здоровьем: "Вы мало бережете себя. Вам надо работать так, чтобы не надорваться". Однако щадить себя он не умел, целиком отдавался делу, которое поручала ему Коммунистическая партия.
Вступая в ее ряды, Борис Михайлович писал в заявлении, с которым 28 сентября 1930 года обратился в партийную ячейку Штаба РККА: "13 лет идя рука об руку в своей работе с Всесоюзной Коммунистической партией, проводя за это время неуклонно линию этой партии во всей своей жизни, борясь вместе с ней на фронтах гражданской войны за дело Ленина, я прошу, если окажусь достойным, принять меня в ряды Всесоюзной Коммунистической партии, дабы до конца своей жизни трудом и кровью защищать дело пролетариата в его железных рядах".
И он самоотверженно служил делу пролетариата до конца своей жизни. Шапошников был принят в партию решением Секретариата ЦК ВКП(б) в октябре 1930 года без прохождения кандидатского стажа. Оказанное ему высокое доверие он стремился оправдать, органически сочетая большую служебную работу с общественно-политической. В разное время он был членом Средне-Волжского краевого комитета ВКП(б), Красногвардейского райкома ВКП(б) (Ленинград) и Фрунзенского райкома ВКП(б) (Москва). XVIII съезд партии избрал Б. М. .Шапошникова кандидатом в члены Центрального Комитета ВКП(б). Неоднократно избирался Борис Михайлович депутатом Верховного Совета СССР.
На всех высших командных постах, которые занимал Б. М. Шапошников непосредственно в войсках Советской Армии, он, несомненно, проявил себя талантливым военачальником. И все же главной сферой его жизненной деятельности, в которой его талант военного руководителя проявился с наивысшей силой, была сфера деятельности штаба. Вспомним, как сам он в письме к Н. В. Пневскому говорил о том, какой характер службы в Красной Армии возможен для него: "Я мог бы занять и строевую должность, но должность Генерального штаба была бы для меня предпочтительней".
Коммунистическая партия и Советское правительство доверили Б. М. Шапошникову наивысшую в Советских Вооруженных Силах "должность Генерального штаба" - должность его начальника. В мае 1937 года после повторного двухгодичного командования войсками Ленинградского военного округа командарм 1-го ранга Б. М. Шапошников был назначен начальником Генерального штаба Красной Армии и заместителем народного комиссара обороны СССР.
Всей предшествующей своей жизнью Борис Михайлович был подготовлен к этой многотрудной деятельности. Надо сказать, что прекрасной школой для него в этом смысле была и работа в академии имени М. В. Фрунзе в 1932-1935 годах. За три с половиной года, в течение которых он руководил академией, сделано было многое. Существенно улучшился учебный процесс, учебные программы были приведены в соответствие с требованиями технической реконструкции Красной Армии. Значительно повышено качество учебных пособий, усовершенствована методика преподавания. Ведущей дисциплиной стала оперативно-тактическая подготовка слушателей академии. На более высокую ступень была поднята научно-исследовательская работа кафедр. Профессорско-преподавательский состав академии был пополнен людьми, обладающими опытом командования воинскими соединениями и частями в новых условиях.
Выражая свое мнение о задачах военной академии, Шапошников писал: "Академия должна, с одной стороны, готовить общевойскового и штабного командира, вооруженного знаниями современной теории военного искусства, а с другой - дать армии практика военного дела... Знание военного дела, знание технических родов войск и умение организовать их использование в боевых действиях составляют важнейший отдел обучения в военной академии".
Большое внимание Борис Михайлович уделял оперативно-тактической подготовке профессорско-преподавательского состава академии. Мастерски владея методикой организации военных игр на картах, он проводил эти игры весьма поучительно и с творческим вдохновением. Они содержали актуальные вопросы теории и практики применения крупных мотомеханизированных и воздушно-десантных соединений на различных театрах военных действий. Убедительные разборы игр, которые проводил Борис Михайлович, были весьма поучительны для слушателей и преподавателей.
Отмечая заслуги Шапошникова в преподавательской и научной деятельности, высшая аттестационная комиссия в мае 1935 года присвоила ему ученое звание профессора. В решении комиссии, в частности, отмечалось, что Шапошников - военно-научный работник исключительной эрудиции и больших обобщений. Под его командованием Военная академия имени М. В. Фрунзе достигла новых успехов, она удостоена высокой награды - ордена Ленина.