В конце декабря 1939 года Главный военный совет вынужден был приостановить наступление наших войск, с тем чтобы более надежно организовать управление, заново спланировать операцию по прорыву линии Маннергейма и провести к ней соответствующую подготовку. Эти вопросы были рассмотрены на специальном заседании Политбюро ЦК ВКП(б) в первых числах января 1940 года. На него были приглашены командующий войсками и члены Военного совета Ленинградского военного округа, командующие войсками Западного и Киевского особых военных округов (они находились в декабре в качестве наблюдателей и советников в войсках Ленинградского округа), а также ряд ответственных лиц из Наркомата обороны и Генерального штаба. Подготовку заседания возложили на Шапошникова. Как раз тогда я был временно привлечен к работе в должности его заместителя по оперативным вопросам. Вспоминая то время, я снова и снова испытываю чувство глубокой благодарности к дорогому Борису Михайловичу за огромную помощь мне добрым словом, советами и наставлениями.
7 января 1940 года по предложению Генерального штаба был создан на Карельском перешейке для прорыва линии Маннергейма Северо-Западный фронт, командование войсками которого возложили на командарма 1-го ранга С. К. Тимошенко. Членом Военного совета фронта был назначен А. А. Жданов, а начальником штаба - командарм 2-го ранга И. В. Смородиной.
Окончательная разработка плана прорыва линии Маннергейма была возложена на С. К. Тимошенко и Генеральный штаб. После утверждения пересмотренного плана командование фронта, армий, Генеральный штаг и аппарат Наркомата обороны проделали огромную работу по подготовке прорыва и наступления в целом. На фронт прибыли новые войска и все необходимое. Действовавшие ранее войска, пополнившись, получили передышку. Кроме того, была произведена необходимая перегруппировка. В начале февраля подготовительные работы в войсках и штабах были закончены. 11 февраля 1940 года фронт перешел в наступление, прорвал оборону противника и успешно стал продвигаться вперед.
Видя неизбежность краха своих замыслов, правительство Финляндии обратилось к Советскому Союзу с просьбой о заключении мира,
8 апреле 1940 года в Кремле по решению мартовского Пленума ЦК ВКП(б) для подведения итогов зимней кампании и внесения необходимых коррективов в организацию, вооружение и боевую подготовку Красной Армии состоялось расширенное заседание Главного военного совета. В его работе участвовали члены Политбюро ЦК партии, руководители Наркомата обороны, командующие войсками, члены военных советов и начальники штабов военных округов и армий, командиры корпусов и дивизий, побывавших на фронте, руководители высших военно-учебных заведений и ответственные работники Генерального штаба. В ходе обсуждения вопроса "Об основных принципах организации боевой подготовки войск и штабов" был выработан ряд принципиальных решений, направленных на усиление обороноспособности и боеготовности Красной Армии. Особое внимание обращалось на подготовку войск к действиям в сложных условиях, на штабную подготовку командиров частей и соединений, работников штабов. Увеличилось число учений и маневров.
ЦК ВКП(б) и Советское правительство произвели значительные перемещения в руководящем составе Наркомата обороны. Реорганизация длилась фактически вплоть до начала Великой Отечественной войны. В мае 1940 года действовавший при Совнаркоме СССР Комитет обороны возглавил К. Е. Ворошилов, а наркомом обороны стал Маршал Советского Союза С. К. Тимошенко.
Оперплан занимал в те месяцы все наши мысли. Наиболее вероятным противником в нем называлась гитлеровская Германия. Предполагалось, что на ее стороне может выступить Италия, но она, как отмечалось в плане, скорее всего ограничится боевыми действиями на Балканах, созданием косвенной угрозы нашим государственным границам. По всей видимости, на стороне Германии могут выступить Финляндия (чьи руководители после разгрома Франции и краха английских войск под Дюнкерком взяли ориентацию на Берлин), Румыния (типичный "сырьевой придаток" Германии с 1939 года, а летом следующего года вообще отказавшаяся от нейтралитета в пользу фашистского блока) и Венгрия (в то время уже участник "Антикоминтерновского пакта").
Б. М. Шапошников считал, что военный конфликт может ограничиться западными границами СССР. На этот случай оперплан предусматривал концентрированно основных сил страны именно здесь. Не исключая нападения Японии на наш Дальний Восток, он предлагал сосредоточить там такие силы, которые гарантировали бы нам устойчивое положение.
Говоря далее о предполагаемом направлении главного удара противника, Борис Михайлович считал, что самым выгодным для Германии, а следовательно, наиболее вероятным является развертывание основных сил немецко-фашистской армии к северу от устья реки Сан. Соответственно в плане предлагалось развернуть и наши главные силы в полосе от побережья Балтийского моря до Полесья, то есть на участке Северо-Западного и Западного фронтов. Обеспечить южное направление должны были согласно плану также два фронта, но с меньшим количеством сил и средств. В целом предусматривалось, что Германии потребуется для развертывания сил на наших западных границах 10-15 дней от начала их сосредоточения. О возможных сроках начала войны в докладе ничего не говорилось. Таковы его общие контуры.
Проект и план стратегического развертывания войск Красной Армии в сентябре 1940 года был доложен И. В. Сталину в присутствии некоторых членов Политбюро ЦК партии. К великому нашему сожалению, в представлении ЦК партии этого важнейшего оперативного документа не участвовал один из основных его составителей и автор главных его идей, Борис Михайлович Шапошников. Дело в том, что в августе 1940 года на должность начальника Генерального штаба вместо него был назначен генерал армии К. А. Мерецков. Таким образом, от Наркомата обороны план представляли нарком С. К. Тимошенко, новый начальник Генерального штаба К. А. Мерецков и его первый заместитель Н. Ф. Ватутин.