Ухудшилось положение и под Ленинградом. Ставка приняла решение назначить командующим Ленинградским фронтом генерала армии Жукова. Вместо Буденного главкомом Юго-Западного направления назначался Тимошенко, Западного фронта - генерал-лейтенант Конев. Шапошникову и мне было приказано вызвать Тимошенко в Ставку и продумать вместе с ним предложения по Юго-Западному фронту.
Примерно в то же время Сталин, считавший исключительно тяжелым положение Ленинградского фронта, отдал распоряжение возвратившемуся из Ленинграда наркому Военно-Морского Флота Н. Г. Кузнецову относительно Балтийского флота:
- Ни один боевой корабль не должен попасть в руки противника.
Затем распорядился, чтобы была подготовлена телеграмма командующему с приказанием все подготовить на случай уничтожения кораблей.
Рассказывая об этом эпизоде в своих воспоминаниях, Кузнецов пишет, что он отказался подписать такую телеграмму, мотивируя это тем, что Балтийский флот оперативно подчинен командующему Ленинградским фронтом и потому такая директива может быть дана только за подписью Верховного Главнокомандующего. Сталин после короткого размышления приказал Кузнецову отправиться к начальнику Генерального штаба и заготовить телеграмму за двумя подписями: Шапошникова и Кузнецова. Однако Борис Михайлович отказался поставить свою подпись под телеграммой. Составив ее текст, он отправился к Сталину вдвоем с Кузнецовым. Выслушав доводы начальника Генштаба и наркома ВМФ, Сталин оставил документ у себя.
Вплоть до 17 сентября Сталин отказывался серьезно рассматривать предложения, поступавшие к нему от главкома Юго-Западного направления, члена Ставки Жукова, Военного совета Юго-Западного фронта и от руководства Генерального штаба. Объяснялось это, на мой взгляд, тем, что он преуменьшал угрозу окружения основных сил фронта, переоценивал предпринятое Западным, Резервным и Брянским фронтами наступление во фланг и тыл мощной группировке врага, наносившей удар по северному крылу Юго-Западного фронта. Сталин, к сожалению, всерьез воспринял настойчивые заверения командующего Брянским фронтом Еременко в безусловной победе над группировкой Гудериана. Этого не случилось.
Не имея возможности убедить Верховного, Борис Михайлович говорил мне, когда мы возвращались из Кремля:
- Ну что поделать, голубчик. На войне очень многие люди оценивают обстановку и предлагают возможное решение. Но решать-то приходится одному. Иначе невозможно. Ох и нелегкая эта обязанность! И если мы с вами считаем, что принятое решение не было оптимальным, значит, не все, что от нас требовалось, сумели сделать. А делать нужно...
Только 17 сентября Верховный Главнокомандующий, окончательно убедившись в невозможности разрядить ситуацию на юго-западе, разрешил Юго-Западному фронту оставить Киев. В ночь на 18 сентября командование фронта отдало приказ выходить с боем из окружения. Однако вскоре связь штаба фронта со штабами армий и Ставкой была утеряна... Выход из окружения осуществлялся в крайне тяжелых условиях. Войска раздробились на многочисленные отряды и группы, которые пробивались самостоятельно. 20 сентября погибли в бою командующий войсками Юго-Западного фронта генерал-полковник М. П. Кирпонос, член Военного совета, секретарь ЦК КП(б) Украины М. А. Бурмистенко и начальник штаба генерал-майор В. И. Тупиков.
Враг добился успеха дорогой ценой. Советская Армия в ожесточенных боях за Киев разгромила свыше десятка его кадровых дивизий. Противник потерял более 100 тысяч солдат и офицеров. Более месяца сдерживали советские войска группу армий "Центр" действиями на киевском направлении. Это было очень важно для подготовки битвы под Москвой.
Октябрь и ноябрь 1941 года для Генштаба и его начальника были еще более напряженными, чем предыдущие месяцы войны. Стратегическое положение Советской Армии к первой военной осени оставалось крайне тяжелым. Гитлеровские войска еще не утратили полностью своих преимуществ. Несмотря на огромные потери, которые с начала агрессии составили к концу сентября 1941 года свыше полумиллиона человек, они продолжали продвигаться на восток. Фашистская армия по-прежнему владела стратегической инициативой, имела превосходство в силах и средствах, удерживала господство в воздухе. На северо-западе мы не сумели предотвратить прорыв фашистов к городу Ленина, началась ленинградская блокада. Серьезная неудача, постигшая наши войска на южном крыле советско-германского фронта, создала реальную угрозу Харьковскому промышленному району и Донбассу. Под ударом оказались отрезанные от своих соседей наши войска в Крыму.
После того как наши войска беспримерной стойкостью в обороне и решительными контрударами нанесли весьма чувствительные удары войскам группы армий "Центр", их первая попытка прорваться с ходу к Москве была сорвана. Вместе с тем в Генштабе отдавали ясный отчет в том, что переход врага здесь от наступления к обороне носил сугубо вынужденный и временный характер. Центр развернувшейся борьбы продолжал оставаться на Западном стратегическом направлении, и именно здесь, на московском направлении, гитлеровцы намеревались быстро решить судьбу войны в свою пользу.
30 сентября - 2 октября 1941 года противник нанес сильные удары по советским войскам, прикрывавшим московское направление. Три наших фронта вступили в тяжелое, кровопролитное сражение. Началась великая Московская битва. Противнику удалось прорвать нашу оборону и окружить значительную часть оборонявшихся на московском направлении советских войск в районе Вязьмы. Неудача, постигшая нас под Вязьмой, в значительной мере была следствием не только превосходства противника в силах и средствах, отсутствия необходимых резервов, но и неправильного определения направления главного удара противника Ставкой и Генеральным штабом, а стало быть, и неправильного построения обороны.